Kazantseva E, et al. (2024). Strainy: phasing and assembly of strain haplotypes from long-read metagenome sequencing. Nature Methods, doi: 10.1038/s41592-024-02424-1.
（2024年9月26日发表）
摘要参考翻译：微生物群落中的细菌物种通常由菌株混合物代表，以其基因组中的微小变异加以区分。短读长方法可用于检测菌株间的小规模变异，但无法将这些变异分型为连续的单倍型。长读长宏基因组组装工具可以生成连续的细菌染色体，但往往会suppress（译者注：抑制？隐瞒？）菌株水平变异，而倾向于物种水平共识。在此，我们介绍Strainy，这是一种利用Nanopore和PacBio读长进行菌株级宏基因组组装和分型的算法。Strainy将全新的宏基因组组装作为输入，识别菌株变异，然后将其分型并组装成连续的单倍型。我们使用模拟和模仿（simulated and mock）的Nanopore和PacBio宏基因组数据表明，Strainy能组装出准确、完整的菌株单倍型，在完整性和准确性方面优于目前基于Nanopore的方法，也可与基于PacBio的算法媲美。然后，我们使用Strainy组装了复杂环境宏基因组的菌株单倍型，揭示了细菌物种中独特的菌株分布和突变模式。
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