导语:炎症性肠病(Inflammatory bowel diseases,IBDs)主要包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD),是自身免疫介导的慢性疾病,全球约有800万患者。但IBD的发病机制尚不明确,目前多认为是遗传因素导致的个体对肠道微生物的异常免疫造成的。为了补充对IBD特异性抗体表位的研究结果,来自荷兰Groningen大学的团队构建了含超过34万条肽的肠道微生物抗原多肽库(包含VFDB和IEDB等数据库数据),运用PhIP-seq技术检测了497例IBD患者与1326例对照者的血清抗体,全面比较了IBD患者与健康人群的抗体谱差异。
2023年6月,来自荷兰Groningen大学的研究团队在Immunity杂志上发表了探究IBD患者特异性抗体谱的研究。研究团队比较了497例IBD患者与1326例健康对照样本的血清抗体谱,发现了373种在IBD患者组中具有差异抗体反应的多肽(202种抗体反应更强和171种抗体反应更弱),其中17%同时存在于IBD的两种疾病类型CD和UC中,55%仅存在于CD,28%仅存在于UC;尤其对于CD患者,针对细菌鞭毛的抗体反应占主导,与回肠受累、纤维增生狭窄性疾病相关,且与粪便微生物组成无关。得到的IBD患者特异性抗体谱能够显著区分IBD与健康人(曲线下面积AUC = 0.98),且可作为诊断指标,为肠道微生物的异常免疫反应和IBD致病机制的进一步研究提供了依据。
【发表期刊】Immunity
【发布时间】2023年6月
【影响因子】25.5
【核心技术】PhIP-seq
研究背景
炎症性肠病(IBD)的发病机制被认为是遗传和环境因素、肠道微生物群和宿主免疫系统之间复杂相互作用的结果,患者的肠道微生物组成和功能上较常人发生变化,引发粘膜和系统性免疫激活。但人类肠道微生物群包含大量基因和物种,研究带来的工作量较为庞大。本文研究团队借助采用高通量PhIP-seq检测技术, 表征了IBD患者的特异性抗体免疫图谱,识别了特定的疾病特征。
研究路线
主要研究结果
针对细菌鞭毛抗体在CD患者中高丰度表达的结果,作者进一步探究了CD患者中表达量超过标准15倍的鞭毛抗体结合肽的相关信息(Fig.4A),发现这些鞭毛的蛋白肽可分为三个不同的簇,而这些簇有共同的保守基序,可能是源于鞭毛蛋白的抗体交叉反应(Fig.4B-C)。
Fig.3 IBD患者的抗体表位库与健康个体有显著差异。
Fig.5 抗体表位谱能够精确区分出不同类型IBD患者。
Fig.6 基于递归特征消除(RFE)选择的十大抗原肽,依然可以精确区分IBD患者
参考文献
Bourgonje AR, Andreu-Sánchez S, Vogl T, Hu S, Vich Vila A, Gacesa R, Leviatan S, Kurilshikov A, Klompus S, Kalka IN, van Dullemen HM, Weinberger A, Visschedijk MC, Festen EAM, Faber KN, Wijmenga C, Dijkstra G, Segal E, Fu J, Zhernakova A, Weersma RK. Phage-display immunoprecipitation sequencing of the antibody epitope repertoire in inflammatory bowel disease reveals distinct antibody signatures. Immunity. 2023 Jun 13;56(6):1393-1409.e6.
关于PhIP-seq技术
噬菌体免疫沉淀测序(Phage-immunoprecipitation sequencing, PhIP-seq)技术是一种高通量抗体谱检测技术,结合了高容量噬菌体展示多肽库、抗体免疫沉淀及高通量测序技术。该项技术可针对数十万种抗原进行血清抗体检测,全面绘制血清抗体谱,是免疫力相关研究的有力工具。
PhIP-seq技术原理
六大噬菌体展示肽库
PhIP-seq技术应用方向
关于公司
上海抗码芯瑞生物科技有限公司(简称“抗码芯瑞”),由上海交通大学知名教授领衔创立,深耕蛋白组、抗体组领域研究超过20年。公司一直致力于抗体组学前沿技术方法的持续开发及成果转化,建立了国内领先的噬菌体免疫沉淀测序(PhIP-seq)技术平台,独家定制六大抗原组库,并可提供定制化抗原建库服务。抗码芯瑞开展基于PhIP-seq平台的高通量筛选、数据分析及后续验证等技术服务,为抗体组学研究提供整体解决方案。
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