近日，一篇关于猴痘的报告发布在Nature Communications上。文章通过对深圳地区的猴痘病毒（MPXV）进行大规模基因组监测，发现了2023年期间病毒的显著进化变化。
研究表明，深圳的病毒可能来自多个输入源，并已形成了两个主要的传播链。特别是一个新的进化支系C.1.1的出现，标志着病毒在全球传播中的重要进化事件。这些发现有助于更好地理解猴痘病毒的传播和进化，为未来的疫情控制提供了重要参考。
2023 年深圳本地 MPXV 基因组序列的系统基因组树
猴痘（以前称为Monkeypox）是一种由猴痘病毒引起的疾病，症状与天花相似，偶尔会导致严重并发症，死亡率在3.6%到10%之间。历史上，猴痘主要在中非和西非国家流行，这些地区的病例通常与接触感染的动物有关。
自2022年5月以来，猴痘开始在全球范围内迅速传播，世界卫生组织（WHO）于2022年7月宣布这次疫情为“国际关注的突发公共卫生事件”（PHEIC）。
截至2024年8月，全球已有116个国家报告了99,176例确诊病例和208例死亡病例。由于猴痘出现新的更具传播性的变种，世界卫生组织（WHO）于2024年8月14日时隔一年又一次宣布猴痘疫情为“国际关注的突发公共卫生事件”（PHEIC）。
根据中国疾病预防控制中心（中国CDC）的数据，从2023年6月到11月，中国大陆确诊的猴痘病例总数已超过1610例。在此期间，深圳市作为一个重要的国际港口城市，也经历了一次本地疫情爆发。
研究表明，理解深圳的猴痘病毒传播和进化动态，对于评估病毒跨境传播的潜力至关重要。
然而，由于当前全球猴痘疫情主要发生在男男性行为者（MSM）群体，这为流行病学追踪带来了挑战。通过对深圳92个高质量猴痘病毒基因组序列的分析，结合来自GISAID和GenBank数据库的其他基因组数据，研究揭示了2023年猴痘病毒的进化轨迹及其关键事件，为未来的疫情防控提供了重要信息和参考依据。
研究对象有哪些特征
文中描述了深圳猴痘疫情中参与研究患者的基本人口统计特征。结果显示，所有患者均为男性，且大部分报告有男男性行为（MSM）的经历。约56.5%的患者被诊断出患有HIV感染，且大多数患者的皮肤病变主要集中在生殖器区域，提示性接触可能是高风险传播途径。
深圳的猴痘病毒长什么样
文中介绍了深圳猴痘病毒（MPXV）基因组的系统发育特征。研究表明，分析的92个深圳本地猴痘病毒样本均属于C.1支系，并进一步分为C.1和C.1.1两个亚支系。通过与参考基因组的对比，确定了这些病毒株的基因突变特征，支持了C.1.1新亚支系的出现。
2023年新发现的病毒支系意味着什么
文中探讨了C.1.1支系的出现，表明在2023年可能发生了猴痘病毒的一个重要进化事件。分析表明，这一新支系的出现与显著的基因突变有关，进一步表明病毒在全球传播过程中发生了适应性变化。
病毒是怎么通过突变进化的
文中讨论了猴痘病毒关键蛋白在进化过程中的分子变异。研究表明，蛋白质的突变累积与系统发育关系一致，随着病毒的进化，越来越多的蛋白质发生了大规模变异。这些突变可能对病毒的致病性和传播能力产生重要影响。
在2022至2023年期间，猴痘疫情的爆发中心从欧洲和美洲转移到了亚太地区，尽管该地区的总病例数相对较低。未来 MPXV 的传播轨迹仍存在很大的不确定性，因此理解 MPXV 的进化规律和方向至关重要。然而，自2023年以来，关于持续区域性 MPXV 全基因组监测的综合报告相对较少。
中国作为受猴痘影响最严重的十大国家之一，反映了2023年 MPXV 进化的持续特征和趋势，特别是在深圳这一中国大陆猴痘病例报告最多的开放港口城市。研究团队对深圳猴痘爆发期间的大规模基因组监测揭示了自2023年以来 MPXV 的显著分子进化。
此外，2022年以后的猴痘爆发表现出加速突变的特征和传播模式的变化。追踪病例报告的性网络接触存在挑战，因此大型基因组监测对疫情监控、追踪以及制定适当的公共卫生政策具有重要意义。
研究表明，中国大陆可能经历了多个独立的输入事件，特别是在深圳地区的 MPXV，可能具有三个不同的来源。基因组聚类结果显示，深圳的 MPXV 与亚洲地区（如韩国和日本）的病毒株具有高度相似性，此外，与葡萄牙的病毒株也存在密切关系。
这些发现表明，MPXV 在全球传播过程中，受到了不同的选择压力，导致了显著的进化变化 。
文章标题：Evolutionary trajectory and characteristics of Mpox virus in 2023 based on a large-scale genomic surveillance in Shenzhen, China
作者：Zhang, S., Wang, F., Peng, Y. et al.
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-024-51737-4
编译：松鼠哥
