依据菲律宾国会第 9993 号共和国法案（也称为 2009 年海岸警卫队法）及其实施细则和条例的规定，菲律宾海岸警卫队主要职责是在菲律宾管辖海域内，开展海上安全行动，保障海上生命财产安全，保护海洋环境和资源。
第一、海事安全。2017年，在马拉维市危机之后，菲律宾海岸警卫队从海事工业局和菲律宾港口管理局接管了全国所有的港口的安全工作，通过14个港口控制中心和 29个港口控制中心分部，监守着外国船只进入菲律宾港口的第一道大门。
具体业务内容包括：港口船舶随机检查与安全评估，定期进行船舶安全检查；出港前船舶强制性检查，确保离港船舶的适航性，掌握货物装载情况；发布航海通告（NOTAM），实施和执行航行规则及指定并监督所有海上打捞作业；保证航道畅通，摧毁或拖走对航行造成危险的漂浮物，包括但不限于非法捕鱼设备和船只；根据《国际船舶和港口保安规则》的规定，在棉兰老岛所有港口制定并执行适当的保安级别；运营、维护全国565 座灯塔和 44 多个航行浮标。
第二、海上安全。海上安全是海岸警卫队的基础职能，包括打击海上盗窃、走私、非法捕鱼、非法入境等各种犯罪行为，负有确保该国海事管辖范围内勘探和资源利用活动安全的职责。
菲律宾为群岛国家，在履行这一职能时，菲律宾海岸警卫队通过定期巡逻、监视来维护海上秩序，确保船舶航行安全，保护船舶免受非法行为侵害，促进航行安全。由于受船舶、飞机等平台限制，这一职能很长时间局限在菲律宾毗连区以内范围，现正在向专属经济区拓展。
第三、海上搜索与救助。菲律宾自然灾害多发，包括台风、洪水等，救灾一度是海岸警卫队的主要职能。菲律宾海岸警卫队依据第 9993 号共和国法案，是该国的国家海上搜救专门机构。其职责之一是按照适用的国际公约，在菲律宾海事管辖范围内（包括公海）向遇险人员和船只提供援助，并对海上事故进行救助。在履行这一职能时，菲律宾海岸警卫队可以利用其他政府机构和商船队的资源。
在马尼拉的菲律宾海岸警卫队总部设立海岸警卫行动中心（CGCOMCEN），负责全国搜救行动的协调工作。15个海岸警卫队区在其职责范围内被指定为海上救援协调中心 (MRCC)， 下属海岸警卫站和分站被指定为海上救援分中心(MRSC)。海岸警卫区下属一个海岸警卫特别行动组，由特种作战组、医疗队、救援队员和警犬组成，当紧急情况发生时便可在第一时间参与到海上搜索与救助行动中。海岸警卫站中设有海上搜救组，这些小组每天24小时不间断地对本辖区进行监控。每个警卫站有一个海岸增援小组，以确保需要增援时及时赶到。
现在，菲律宾将全国救援资源，涵盖指挥权限、人员与物资部集中到了菲律宾海岸警卫队，提升救援行动效率。
第四、海事执法。菲律宾海岸警卫队依据第 9993 号共和国法案，受21个政府机构授权履行海上执法职能，旨在打击海盗、走私、偷猎、非法捕鱼、非法入境、人口走私、非法砍伐、贩毒、枪支走私和恐怖活动。
2004年3月17日，载有899名乘客和船员的“超级客轮14”号发生严重爆炸。为防范再发生类似事件，菲律宾海岸警卫队主导起“海上警察计划”，管理由菲律宾联邦警察、菲律宾国家警察和菲律宾海岸警卫队组成的综合安全部队，以保护国内航线载客船舶的安全。
第五、海洋环境保护。菲律宾是国际海事组织 1973 年和 1978 年《防止海洋污染公约》（MARPOL 73/78）的缔约国。菲律宾海岸警卫队是菲律宾唯一负责执行《防止海洋污染公约》的机构，负责实施海洋污染监测和控制、加强菲律宾海岸警卫队能力和石油泄漏应急处理行动以及执行所有海洋环境法律法规，防止、减轻和控制石油污染。
从职能角度看，菲律宾海岸警卫队处于扩权的过程，将一些国家分开设置的海事、海关、港口管理、航道管理、渔政等职能集于一身，为其进一步发展提供了便利。弊端也是显而易见，容易滋生腐败。
