继联川星云（单细胞转录组、空间转录组、单细胞免疫组云分析平台）、联川沧海（转录组云分析）和联川苍穹（扩增子云分析平台）云分析问世，OmicStudio平台下的第四个IP——“联川玉嶂”（蛋白代谢云分析平台），在2024年8月29日正式上线，欢迎各位前往体验使用！
“玉嶂”这一词汇，原本描绘的是银装素裹、高耸入云的山峦，其“玉”之喻，彰显着纯洁无瑕与珍贵之质；而“嶂”之形，则描绘出山势之巍峨，令人心生敬畏。在蛋白代谢组学云平台的浩瀚宇宙中，每一份数据都如同那皑皑白雪覆盖的山峰，既是对未知的勇敢探索，也是对精准的不懈追求。于是，这里的“玉嶂”，成为了科研数据高峰的象征，代表着科研工作者在蛋白代谢组学领域的攀登与突破。
更进一步，“玉嶂”还寄托了我们对科研精神的崇高敬意，它象征着科研工作者不畏艰难、勇于攀登的坚韧品质，以及追求卓越、不断探索的科研情怀。希望在“玉嶂”的助力下，科研工作者们能以前所未有的热情和智慧，攀登过一座又一座科研高峰，为人类的知识宝库增添着新的宝藏。
质谱类组学如代谢组、蛋白质组，一直具有数据噪音高、高维、高变异性、稀疏性等特点，给数据分析带来了巨大挑战。如何从复杂的质谱组学数据中提取出有价值的信息，筛选出潜在的生物标志物是近年来质谱组学研究的热点和难点。
新上线的蛋白质组云平台基于全新分析流程研制，反复打磨工具使用逻辑细节，秉持了多场景、多功能的的理念，继续采用模块化的设计以及高可扩展性的工具箱体系。致力于为广大客户提供更好用、更完善的产品，从客户角度出发提供丰富的分析内容、深化数据挖掘以提供更好的服务体验。
在这里，繁琐的数据处理变得轻松自如，复杂的生物信息分析如同行云流水。联川玉嶂不仅支持大规模蛋白质组数据的快速处理，还能精准识别差异蛋白、预测蛋白功能、构建互作网络，让科研工作者能够以前所未有的速度和深度，挖掘出隐藏在蛋白质背后的生命奥秘。
蛋白质组云平台提供了以下6大分析模块：数据质控、功能注释和定量分析、差异蛋白分析、差异蛋白功能分析、多比较组分析、重分析。同时也提供了多元化的分析工具，一站式解决蛋白质组学的研究需求。
此外，蛋白质组云平台基于标准分析的报告进行设计，为了让广大用户更好的理解蛋白质组的常规分析和相关知识，除了以上的核心分析模块外，还提供【项目信息】和【附录】模块，其中包含了项目概括、分组信息、实验流程、分析流程、材料与方法、结果解读、常见问题等基本信息，也方便后续文章的撰写。
接下来，我们将逐一为您详细介绍每个分析模块的具体内容，让您能够更全面地了解这个蛋白质组云分析平台的优势和特点。
生物体或样本往往存在异质性，常常需要设置生物学重复（>=3），以确保不是个体的偶然变异对结果产生的影响，而相关性系数、主成分分析（PCA）和样本距离聚类树是评估组内样本重复性的最常用方法。
本模块下主要提供【相关性系数图】，该图通过样本的蛋白表达水平进行相关性分析，可以判断样本间的聚类情况，样本间的相关性系数越大，样本聚类越好。
蛋白表达定量是蛋白质组分析中的核心结果之一，也是很多下游分析的基础数据， 蛋白表达谱包含本次测序所有样本的蛋白表达定量信息与注释信息。此外，工具箱在此模块中也可以广泛使用，比如常见的热图、箱线图等等。【蛋白总表达谱】表格展示了蛋白的定量及注释结果，可以快速进行检索查阅。【蛋白功能注释】可以了解到鉴定的蛋白主要涉及的功能与参与的通路。
差异表达蛋白可能是细胞特异性或组织特异性的，可能是与疾病状态或实验处理相关的。通过蛋白差异分析可以为表型变化的分子机制研究提供候选目标，也可以通过分子层面的变化推测可能的表型变化，是需要重点关注的内容。
该模块包含了蛋白差异表达谱、组间PCA图、差异蛋白统计柱状图、差异蛋白亚细胞定位、差异蛋白火山图、差异蛋白热图。
此外，在差异蛋白表达谱页面，为了方便用户快速对差异结果进行锁定，另外提供了拓展筛选功能：
富集分析是高通量组学数据分析的常规手段之一，当通过不同的组学或分析获得较多数量的候选基因或蛋白后，如果想知道它们与什么生物学通路相关，不太可能将基因或蛋白一个一个去功能注释数据库或PubMed查询。通过基因/蛋白功能富集分析可以快速获得候选基因/蛋白集可能具有什么功能，可能参与哪些通路，以及与研究的生物学问题是否可能相关。通过基因功能富集分析可以将基因进行分类，结合富集分析结果和先验知识，可以大大缩小候选蛋白的范围。
本模块主要包含GO富集分析、KEGG富集分析、结构域富集分析、Reactome富集分析（针对部分物种）和DO富集分析（针对人），并提供三种常见可视化方式：
GSEA，即 Gene Set Enrichment Analysis，蛋白集富集分析，是一种计算方法， 可确定先验定义的一组蛋白（即蛋白集）是否在两个生物学（两个分组）状态之间显示出统计学上显著且一致的差异， 能够有效弥补传统富集分析对微效蛋白的有效信息挖据不足等问题， 更为全面地对某一功能单位的调节作用进行解释。
本模块主要包含GO条目GSEA分析、KEGG条目GSEA分析、Reactome条目GSEA分析（针对部分物种）和DO条目GSEA分析（针对人），并提供两种常见可视化方式：
本模块可以实现不同比较组的差异蛋白韦恩图和不同比较组的富集分析结果联合分析。
本模块可以实现样本重命名、样本重分组、增加差异比较组、离群样本剔除、差异表达蛋白阈值更换等分析需求，实现数据分析的个性化调整。
以上就是本次蛋白质组云分析的基本内容，更多高级内容将在工具箱体系中展现，敬请各位老师的体验，DEMO数据以及项目数据均已开放使用，详情请登陆联川生物 (omicstudio.cn)。
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