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文献图片展示：
1、加载所需R包：
library(MicrobiotaProcess) # A comprehensive R package for managing and analyzing microbiome and other ecological data within the tidy framework
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics
library(phyloseq) # Handling and analysis of high-throughput microbiome census data
library(ggtree) # an R package for visualization of tree and annotation data
library(ggtreeExtra) # An R Package To Add Geometric Layers On Circular Or Other Layout Tree Of "ggtree"
library(ggstar) # Multiple Geometric Shape Point Layer for 'ggplot2'
library(forcats) # Tools for Working with Categorical Variables (Factors)2、加载测试数据并根据绘图需求对数据进行处理计算：
##加载数据
sample <- read.table("sample.txt",check.names = F, row.names = 1, header = 1, sep = "\t")
OTU<- read.table("otu.txt",check.names = F, row.names = 1, header = 1, sep = "\t")
Tax <- read.table("tax.txt",check.names = F, row.names = 1, header = 1, sep = "\t")
##利用phyloseq包重新构造可转换为分析的数据格式
ps <- phyloseq(sample_data(sample),
otu_table(as.matrix(OTU), taxa_are_rows=TRUE),
tax_table(as.matrix(Tax)))
##转换数据格式
df <- ps %>% as.MPSE()
##计算物种相对丰度计算
df %<>%
mp_cal_abundance(
.abundance = RareAbundance
) %>%
mp_cal_abundance(
.abundance=RareAbundance,
.group=group
)
##结果提取
taxa.tree <- df %>%
mp_extract_tree(type="taxatree")
#读取注释信息
df_anno <- read.table("data.txt",check.names = F, header = 1, sep = "\t")
#转换为长数据格式
df_anno2 <- melt(df_anno, id.vars = c("OTU"), variable.name = "G")
#定义x轴与y轴的顺序
df_anno2$OTU <- factor(df_anno2$OTU, levels = df_anno$OTU)3、绘图模板展示（测试数据及附带注释的绘图模板代码只对购买合集的粉丝开放，大家可在公众号后台查看具体获取方式）！
需要附带注释的源码及测试数据请查看下方绘图模板获取方式！！
PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享，仅供参考学习，欢迎大家一起交流学习。
「R绘图模板」跟着New Phytologist学绘图—共发生网络图的绘制！！！！！！
「R绘图模板」并列柱状图+组内差异字母标记+组间差异字母标记！！！
「R绘图模板」中国地图+省份子图+采样点放大效果展示！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+子地图放大效果!!!
「R绘图模板」分组散点+配对连线+显著性！！！
「R绘图模板」并列箱线图+散点+气泡图+分组+显著性！！！
「R绘图模板」箱线图+散点+均值连线+显著性的箱上箱下标注！！！
「R绘图模板」环形多组火山图+标签！！！
「R绘图模板」组合图系列—相对丰度柱状堆积图+单组柱状图+显著性！！！
「R绘图模板」多变量热图+r值+p值+其他变量！！！
「R绘图模板」用于两组比较的多图形并列组合图-小提琴图+箱线图+散点图！！！
「R绘图模板」跟着Science学绘图—世界地图+采样点标记气泡图+分布频率注释侧图！！！
「R绘图模板」基因注释+箭头图+分面+标签！！！
「R绘图模板」组合图系列-箱线图+散点+分组散点注释！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+柱状堆积图！！！
「R绘图模板」环形无分组排序柱状堆积图！！！
「R绘图模板」环形分组气泡图（重发版-修改标题）！！！
「R绘图模板」蝶形图系列-并列箱线图与并列柱状图组合！！！
「R绘图模板」mantel test分析拓展——多样式多形式展示数据！！！
「R绘图模板」多层嵌套柱状图+字母标记+标签嵌套！！！
「R绘图模板」3D热图的绘制！！！
「R绘图模板」进化树+分组注释+配对连线！！！
「R绘图模板」组合图-并列柱状图+数字标签+误差棒+占比饼图！！！
「R绘图模板」箱线图+显著性差异着色+分组差异检验！！！
「R绘图模板」柱状堆积图+柱间连线+文本标签+误差棒+字母标记！！！
「R绘图模板」环形分组散点图+误差棒+分组标签+灰白间隔背景+辅助线！！！
「R绘图模板」箱线图+散点+配对连线+显著性+分面！！！
「R绘图模板」组合图-进化树+柱状图+箱线图+热图！！！
「R绘图模板」内向环形柱状图+分组+分面！！！
「R绘图模板」层级网络图的绘制！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+分组条形图+柱状图嵌套！！！
「R绘图模板」多分组箱线图+不同组字母标记+条纹填充！！！
「R绘图模板」并列柱状图+不同组字母标记+组间显著性标记！！！
「R绘图模板」mantel test拓展—多图绘制与组合！！！
配对连线+统计差异！！！
「R绘图模板」跟着Food Chemistry学绘图——散点+误差棒+折线+字母标记！！！
「R绘图模板」环状箱线图+分组+显著性+均值标记！！！
「R绘图模板」嵌套柱状图+显著性+字母标记！！！
「R绘图模板」跟着Nature Communications学绘图—世界地图+采样点标记+饼图+柱状图！！！
「R绘图模板」跟着Nature Communications学绘图—并列柱状堆积图+误差线+显著性！！！
R绘图模板——网络图+微生物丰度与基因间的相关性+正负相关（粉丝投稿）！！！
R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制柱状图（条形图）！！！
R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制箱线图（更新版）！！！
R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制散点图！！！
