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文献图片展示：
1、加载所需R包：
library(psych) # Procedures for Psychological, Psychometric, and Personality Research
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics
library(tidyr) # Tidy Messy Data
library(ggnewscale) # Multiple Fill and Colour Scales in 'ggplot2'2、加载测试数据并按照要求计算、处理数据：
##加载数据
#物种表格，并根据绘图需求对其进行编辑和转换
df <- read.table("Genus.txt",header = 1,row.names = 1,check.names = F,sep = "\t")
df <-data.frame(t(df))
#基因数据
Gene <- read.table("gene.txt",sep="\t",header = T,row.names = 1,check.names = F)
##将OTU数据与环境因子数据合并
df$sample <- rownames(df)
Gene$sample <- rownames(Gene)
data <- merge(df, Gene, by = "sample")
#将样本名赋值为行名并删除样本名列
rownames(data) <- data$sample
data <- data[-1]
#计算OTU与环境因子之间的spearman相关性
data2<-as.matrix(data)
cor<- corr.test(data2, method="spearman",adjust="BH")
##提取r值与p值
r.cor<-data.frame(cor$r)[1:11,12:23]
p.cor<-data.frame(cor$p)[1:11,12:23]
##将数据转换为长数据格式
r.cor$Species = rownames(r.cor)
p.cor$Species = rownames(p.cor)
p_value <- p.cor %>%
gather(key = "Gene", value = "p", -Species) %>%
data.frame()
cor.data<- r.cor %>%
gather(key = "Gene", value = "r", -Species) %>%
data.frame() %>%
left_join(p_value, by=c("Species","Gene")) %>%
mutate(
P_Value = cut(p, breaks = c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf),
labels = c("<0.01", "<0.05", ">0.05")) )3、绘图模板展示（模板部分注释源码及原始测试数据可在公众号后台查看具体获取方式）：
需要附带注释的源码及测试数据请查看下方绘图模板获取方式！！
PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享，仅供参考学习，欢迎大家一起交流学习。
「R绘图模板」跟着New Phytologist学绘图—共发生网络图的绘制！！！！！！
「R绘图模板」分组散点+配对连线+显著性！！！
「R绘图模板」并列柱状图+组内差异字母标记+组间差异字母标记！！！
「R绘图模板」中国地图+省份子图+采样点放大效果展示！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+子地图放大效果!!!
「R绘图模板」跟着Cell学绘图—双分组倾斜火山图！！！
「R绘图模板」并列箱线图+散点+气泡图+分组+显著性！！！
「R绘图模板」箱线图+散点+均值连线+显著性的箱上箱下标注！！！
「R绘图模板」环形多组火山图+标签！！！
「R绘图模板」组合图系列—相对丰度柱状堆积图+单组柱状图+显著性！！！
「R绘图模板」多变量热图+r值+p值+其他变量！！！
「R绘图模板」用于两组比较的多图形并列组合图-小提琴图+箱线图+散点图！！！
「R绘图模板」跟着Science学绘图—世界地图+采样点标记气泡图+分布频率注释侧图！！！
「R绘图模板」基因注释+箭头图+分面+标签！！！
「R绘图模板」组合图系列-箱线图+散点+分组散点注释！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+柱状堆积图！！！
「R绘图模板」环形无分组排序柱状堆积图！！！
「R绘图模板」环形分组气泡图（重发版-修改标题）！！！
「R绘图模板」蝶形图系列-并列箱线图与并列柱状图组合！！！
「R绘图模板」mantel test分析拓展——多样式多形式展示数据！！！
「R绘图模板」多层嵌套柱状图+字母标记+标签嵌套！！！
「R绘图模板」3D热图的绘制！！！
「R绘图模板」进化树+分组注释+配对连线！！！
「R绘图模板」组合图-并列柱状图+数字标签+误差棒+占比饼图！！！
「R绘图模板」箱线图+显著性差异着色+分组差异检验！！！
「R绘图模板」柱状堆积图+柱间连线+文本标签+误差棒+字母标记！！！
「R绘图模板」环形分组散点图+误差棒+分组标签+灰白间隔背景+辅助线！！！
「R绘图模板」箱线图+散点+配对连线+显著性+分面！！！
「R绘图模板」组合图-进化树+柱状图+箱线图+热图！！！
「R绘图模板」内向环形柱状图+分组+分面！！！
「R绘图模板」层级网络图的绘制！！！
「R绘图模板」世界地图+采样点标记+分组条形图+柱状图嵌套！！！
「R绘图模板」多分组箱线图+不同组字母标记+条纹填充！！！
「R绘图模板」并列柱状图+不同组字母标记+组间显著性标记！！！
「R绘图模板」mantel test拓展—多图绘制与组合！！！
配对连线+统计差异！！！
「R绘图模板」跟着Food Chemistry学绘图——散点+误差棒+折线+字母标记！！！
「R绘图模板」环状箱线图+分组+显著性+均值标记！！！
「R绘图模板」嵌套柱状图+显著性+字母标记！！！
「R绘图模板」跟着Nature Communications学绘图—世界地图+采样点标记+饼图+柱状图！！！
「R绘图模板」跟着Nature Communications学绘图—并列柱状堆积图+误差线+显著性！！！
R绘图模板——网络图+微生物丰度与基因间的相关性+正负相关（粉丝投稿）！！！
R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制柱状图（条形图）！！！
R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制箱线图（更新版）！！！
R可视化——一文带你打通ggplot2个性化绘制散点图！！！
