PBJ | 中国农业大学汪海团队开发成本仅6元/样品的转录组建库技术

学术 2024-10-28 08:31 湖北

转录组测序具有广阔的应用场景，包括基因组注释、eQTL分析、TWAS、反向遗传学中的新基因发掘、基因功能分析、有害变异分析、转录调控网络构建、基因-性状的共表达分析、细胞发育轨迹分析、基因型检测、疾病诊断等。随着二代测序成本的迅速降低，建库的人力、时间和经费消耗成为转录组测序的瓶颈问题。

中国农业大学国家玉米改良中心汪海团队近期在《Plant Biotechnology Journal》（IF=13.2）发表了一种新型RNA建库技术——QUIC-seq: Quick ultra-affordable high-throughput convenient RNA sequencing。该方法简化了转录组建库流程，即便在手动操作下，也能在4小时内完成大量样本的处理；如果结合自动化移液站，处理时间可进一步缩短。该技术将单个样本建库成本降至6元。QUIC-seq技术的优势主要体现在以下几个方面：1，将3'RNA-seq建库技术和RNA/DNA杂合双链建库技术相融合，使QUIC-seq兼具二者的优点；2，省略了传统转录组建库流程中的85℃反转录酶失活、Tn5酶失活和Bst3.0酶补缺口步骤，在不影响建库质量的前提下，简化了操作流程并降低了成本；3，在反转录引物中加入UMI（Unique Molecular Identifier），显著提升基因表达定量的准确性；4，增加了barcode组合数，提升了单个测序通道可承载的样本数量，从而降低了后续的测序成本。

QUIC-seq技术兼具高通量、低成本、操作方便的优势，适合大规模转录组分析。作为概念性验证，研究团队利用QUIC-seq在氮磷胁迫条件下成功鉴定出2477个差异表达基因，并利用该技术揭示了多个关键转录因子的表达调控网络。QUIC-seq在基因组学、群体遗传学、功能基因组学、分子生物学、发育生物学中具有广阔的应用潜力。此外，随着RNA提取流程的优化，QUIC-seq甚至可能在未来替代简化基因组测序技术（如GBS），用于育种群体的分子标记检测。

中国农业大学博士后滕守振、博士研究生王丹和钱毅恒为共同第一作者，汪海教授为通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、中国博士后科学基金的经费支持。博士研究生Revocatus Bahitwa、硕士研究生邵竞弘、博士研究生索明锐、徐铭池、杨辘源、李天祎、于秋莹参与了该研究工作。

植物生物技术Pbj 交流群

为了能更有效地帮助广大的科研工作者获取相关信息，植物生物技术Pbj特建立微信群，Plant Biotechnology Journal投稿以及文献相关问题、公众号发布内容及公众号投稿问题都会集中在群内进行解答，同时鼓励在群内交流学术、碰撞思维。为了保证群内良好的讨论环境，请先添加小编微信，扫描二维码添加，之后我们会及时邀请您进群。小提示：添加小编微信时及进群后请务必备注学校或单位+姓名，PI在结尾注明，我们会邀请您进入PI群。

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3MDEwNDEyMg==&mid=2247576481&idx=1&sn=806dbff88fc655b0b84ed595bfe19866

植物生物技术Pbj

本公众号致力于生物技术领域重要进展的推介，由 Plant Biotech. Journal杂志（2022年影响因子13.8，植物学研究型Top3 期刊）官方授权，华中农业大学为运营主体，PBJ杂志执行主编-华中农大金双侠教授担任总编辑

Nature Genetics | 中国农业大学徐明良团队报道玉米广谱数量抗性的分子机制

Nature Genetics | 基因组所周永锋团队建立葡萄全基因组选择育种体系

The Crop Journal | 华南农大揭示光呼吸支路高光效水稻结实率下降的机制

Nature Plants | 张鹏研究组揭示植物激素茉莉酸跨膜转运的分子机制

NBT | ReChb（Cas12a）扩展了核酸编辑和检测的靶标位点和底物识别

JACS | 刘天罡/鲁丽团队揭示艾蒿中高效驱虫成分艾蒿醇

Nature Communications | 浙江大学刘树生/潘李隆团队揭示植物病毒传播新机制

Nature Plants | 整合细胞壁完整性感知和免疫应答的关键分子模块：SCOOP18-MIK2

JIPB | 闽江学院联合福建省农业科学院揭示OsMAPK5-OsWRKY72模块调控水稻粒长和粒重的分子机制

PBJ | 宜春学院刘晓龙课题组利用CRISPR/Cas9敲除NADPH氧化酶编码基因OsRbohB提高水稻耐热性

Nature Communications | 中国农科院作物所报道可同时提高水稻的粒长与耐盐性基因GL12

Cell Reports | 中南林业科技大学等单位联合破译四倍体油茶复杂基因组

Plant Physiology | 中科院昆明植物所揭示玉米抗虫响应调控的新机制

JIPB | 中科院分子植物科学卓越创新中心万里课题组鉴定到刺吸式昆虫效应蛋白CSP在烟草中的NLR受体RCSP

PBJ | 华中农大谢为博团队联合美国加州大学贾震宇团队及中种集团王凯博士开发水稻抽穗期跨环境精准预测新方法

招聘 | 福建农林表观遗传课题组博士生招生/教师招聘

Plant Com | 中国农科院蔬菜花卉所构建辣椒“遵辣1号”的基因组完成图

JIPB | 北京农学院王绍辉/赵文超团队揭示miR396a-SlGRF8-SlSTP10模块在根结线虫与番茄互作中的作用机制

PP | 浙江大学徐娟课题组对MPK4在植物生长发育和免疫过程中的功能提出了新见解

PNAS | 全基因组分析揭示大豆WRINKLED1转录因子结合位点与种子脂质生物合成机制的关系

Cell | 一种全新的CRISPR功能类型

PNAS | 南京农业大学窦道龙团队基于疫霉菌特有甾醇感知利用途径挖掘到新药靶

JIPB | 华中农大李林团队联合西北农林和中国农科院作科所研究人员综述生物大数据与AI助力作物育种

Nature Plants | 植物免疫大牛Cyril Zipfel团队首次揭示植物细胞壁感知与免疫应答中的关键模块

PP | 浙江大学徐娟课题组对MPK4在植物生长发育和免疫过程中的功能提出了新见解

Nature Communications | 洛阳师范学院赵旭升/郭明欣课题组在枣驯化的遗传机理领域取得新的进展

Nucleic Acids Research:基于深度学习的方法能够自动且准确地组装染色体水平的基因组

招聘 | 德国明斯特大学Jörg Kudla课题组招聘CSC博士研究生

JIPB | 中国科学院华南植物园侯兴亮课题组综述光周期响应因子CO开花之外的角色

Nature Communications | 一种具有单细胞分辨率的植物基因表达记录器

PBJ | 柏连阳院士团队潘浪课题组揭示了杂草GST基因参与除草剂代谢抗性的全新分子机制

PBJ | 广州大学董利东/刘宝辉团队发现COL3a通过同时调控大豆开花期和分枝数进而提高大豆单株产量

PJ / PCE / TAG / JXB | 郑州大学农学院在作物耐盐机制取得系列研究进展

JIPB | 中国农业科学院郑州果树研究所王力荣团队揭示 “PdaWRKY-PdaCYP716A-桦木醇” 介导的桃抗蚜虫新机制

aBIOTECH | 黄三文课题组综述表观遗传助力番茄和马铃薯育种

PP | 西北农林科技大学李学军团队揭示抗旱基因TaFDL2-1A调控小麦地上部生长的分子机制

Nature Genetics | 华中农大棉花团队破解二倍体和四倍体棉花纤维品质形成的遗传调控共性和分歧

Trends in Plant Science | 植物侧根发生调控网络中的多层调控因子

Cell Reports | 李云海等团队合作发现了水稻和小麦种子大小和重量调控的新机制

JIPB | 中国农业科学院郑州果树研究所王力荣团队揭示 “PdaWRKY-PdaCYP716A-桦木醇” 介导的桃抗蚜虫新机制

PP | 西北农林科技大学李学军团队揭示抗旱基因TaFDL2-1A调控小麦地上部生长的分子机制

PBJ | 中国农业大学汪海团队开发成本仅6元/样品的转录组建库技术

The Innovation 署名项目文章 | 迄今为止全球首个、规模空前的植物超大基因组——兰州百合基因组（36.68 Gb）

Science Advances | 美国路易斯安那州立大学等研究揭示过度施肥正悄悄改变地球生态

The Plant Journal | 石河子大学生命科学学院李鸿彬/孟状团队甘草多倍体演化途径新发现

Microbiome | 南京农业大学韦中教授等在植物种间互作调控植物根际微生物组装配机理方面取得新进展

PBJ | |丝氨酸/甘氨酸代谢网络助推作物氮含量提升

JAR | 万向元团队揭示玉米穗腐病抗性与产量平衡调控机制及其在作物育种上的应用

Nature communications | 南京农业大学徐国华教授团队发现水稻分蘖和产量建成新机制

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉