深度学习算法引领的新一次人工智能浪潮，正逐渐应用于普通大众的生活中，比如内容创作行中的AI画师、AI剪辑、AI绘图......，当然生命科学行业也不例外。
2024年8月1-4日，上海陶术生物科技有限公司特邀 复旦大学药学院人工智能药物设计团队 授课的第三期药物设计培训班将在上海丽昂豪生大酒店正式开班！
培训班师资队伍内容强大，三位老师均为药物分子设计领域的资深研究者，理论基础深厚且教学经验丰富。他( 她)们将带领学员系统地、全面的学习分子对接、虚拟筛选、大分子相互作用的基础理论和案例实操，提升对CADD方法的理解和实践能力，结合引领生物药物革命的AlphaFold3，助您跻身于研发领域的学术前沿。我们诚挚地邀请大家报名参与，学会CADD,发文更容易!报名信息详见文末!
第一天（2024.8.1）
CADD/AIDD药物设计概论
一、 计算机辅助药物设计的发源和基本概念
药物研发的历史演化
当代药物研发的典型流程
计算机辅助药物设计的常规装备
计算机辅助药物设计概念
计算机辅助药物设计能发挥的作用
计算机辅助药物设计的成功实例
CADD技术对新药研发产生的影响
二、计算机辅助药物设计中常用的计算方法
分子模拟介绍
分子模拟应用场景
量子力学介绍
分子力学介绍
分子力学和量子力学的应用
化学信息学介绍
基于靶标结构的药物设计方法
分子对接介绍
分子对接应用场景
虚拟筛选
配体分子的从头设计
基于配体分子的药物设计方法
基于配体分子的方法：2D-QSAR
基于配体分子的方法：3D-QSAR
基于配体的方法：药效团模型
计算机辅助药物设计的应用
ADMET
三、人工智能驱动的药物设计
AIDD发展历史
AIDD的应用
AIDD的案例
分子结构显示和处理方法
一、蛋白结构准备
RCSB PDB数据库介绍
UniProt数据库介绍
AlphaFold数据库介绍
用于存储有机分子结构的常见文件格式
常见文件格式解读
二、小分子结构的构建与优化
PubChem、ChEMBLE数据库介绍
分子指纹定义
分子指纹类型
不同分子指纹算法的特点总结
分子指纹的应用
数据库应用场景
PyMol介绍
三、实例讲解与练习
案例a
案例b
第二天（2024.8.2）
分子对接基本流程和技巧
一、分子对接基本流程
分子对接历史
分子对接原理
分子对接方法分类
代表性分子对接软件及部分软件介绍
考虑水分子的对接
共价分子对接
分子对接受体模型的建立
分子对接配体化合物库的准备
受体结合位点的确定
构象搜索与能量评价
分子对接方法性能的比较
打分函数评价体系CASF
二、AutoDock Vina软件执行分子对接
AutoDock Vina介绍
与AutoDock4的性能对比
AutoDock Vina安装
其他插件
三、分子对接结果的可视化分析
对接结果分析
对接结果展示
四、实例讲解与练习
案例a
案例b
虚拟筛选的基本流程和技巧
一、虚拟筛选基本流程
药物发现与药物筛选流程
高通量筛选 VS 虚拟筛选
虚拟筛选基本要素
虚拟筛选与分子对接区别
基于受体的虚拟筛选方法：分子对接
案例介绍
基于受体的虚拟筛选方法：多构象策略
基于受体的虚拟筛选方法：分子作用指纹
基于受体的虚拟筛选方法：药效团模型
基于配体的虚拟筛选方法：结构相似性搜索
基于三维形状相似性的虚拟筛选方法ROCS
基于形状匹配和分子对接的虚拟筛选工具比较
基于配体的虚拟筛选方法：2D-QSAR
3D-QSAR：比较分子场分析
基于配体的虚拟筛选方法：药效团模型
基于配体与受体联合的虚拟筛选方法
基于人工智能的虚拟筛选
虚拟筛选一般流程
虚筛前的准备工作
分子对接方法性能的比较
打分函数评价体系CASF
虚拟筛选模型的验证
人工检查
二、使用AutoDock Vina软件执行虚拟筛选
AutoDock Vina虚拟筛选需要的文件准备
AutoDock Vina虚拟筛选运行
三、虚筛的结果分析和技巧
虚拟筛选结果挑选
虚拟筛选结果保存
四、实例讲解与练习
案例a
案例b
第三天（2024.8.3）
分子动力学模拟基础
一、分子动力学模拟原理
分子动力学模拟定义
分子动力学模拟历史
分子动力学模拟原理
二、分子动力学模拟的一般流程
分子动力学模拟流程简介
力场的介绍
轨迹的介绍
力场和轨迹演化：键的拉伸
力场和轨迹演化：键角
力场和轨迹演化：二面角
力场和轨迹演化：Improper Dihedral
力场和轨迹演化：非键相互作用
力场和轨迹演化：静电相互作用
力场和轨迹演化：其他形式的力场
力场和轨迹演化：能量极小化
力场和轨迹演化：初始速度
力场和轨迹演化：积分算法
力场和轨迹演化：周期性边界
力场和轨迹演化：非键作用计算
力场和轨迹演化：温度和压强控制
力场和轨迹演化：整体流程
三、分子动力学模拟体系搭建
分子动力学模拟体系介绍
分子动力学模拟搭建体系搭建体系流程
分子动力学模拟搭建体系常见报错及解决方案
分子动力学模拟搭建体系检查
四、实例讲解与练习
案例a
案例b
分子动力学模拟进阶
一、分子动力学模拟增强采样方法
溶剂模型介绍
增强采样
增强采样：TMD
增强采样: SMD
增强采样: 伞抽样
增强采样: Metadynamics
增强采样: T-REMD
增强采样: Hamiltonian-REMD
增强采样: REST
增强采样: REST2
二、配体结合自由能计算：MM-GB/SA方法
配体结合自由能定义
配体结合自由能常见方法
MM-GB/SA介绍及使用
轨迹分析:Time correlation function
轨迹分析: principal component analysis
轨迹分析: source of error in MD
模拟硬件和软件
参考资料
三、实例讲解与练习
案例a
案例b
第四天（2024.8.4）
大分子药物设计
一、 蛋白-蛋白和蛋白-核酸分子对接
蛋白质结构
蛋白-蛋白对接常见的软件
蛋白-蛋白对接结果分析
核酸结构
蛋白-核酸对接常见的软件
蛋白-核酸对接结果分析
二、人工智能蛋白质结构预测
蛋白质结构预测方法进展
AlphaFold和RosettaFold介绍
蛋白质结构设计方法介绍
ProteinMPNN和RFDiffusion等方法介绍
三、实例讲解与练习
案例a
案例b
药物发现之旅
一、 化合物库的选择
Topscience database介绍
不同化合物的区别
建议的化合物库选择方式
硬件的选择
二、化合物的选择
化合物参数介绍
化合物参数的选择
三、ADMET
ADMET基本概念
ADMET预测原理
ADMET预测工具实战
培训老师介绍
往期评价
陶术药物设计培训课程目前已成功开展两期，教学内容受到了众多学员的高度赞赏，并且在课程结束后我们也会持续的为学员们解答相关疑问 。
报名及联系
费用：
4280元/人（含四日酒店午餐）双人成团可享88折噢~
6680元/人（含四日酒店住宿及早、中、晚餐）
活动安排可能调整，敬请关注最新通知 。
报名：
1.长按识别二维码直接报名
2.添加报名老师贾老师微信联系：166-3714-3973
本次活动获得MOE国内独家代理上海康昱盛公司的鼎力支持，为每位学者提供为期一个月的MOE正版软件的免费试用许可。
本次活动获得北京并行科技股份有限公司的鼎力支持，每位学者在培训期间可获得4090显卡云服务500元资源支持(每个账号单独赠送)。
