看完这三篇孟德尔随机化+药靶+共定位的文章,恨不得穿越回2020

文摘   2024-07-24 10:00   上海  


孟德尔随机化+药靶也是很多人问的一个方向,船长看了下近期分享的相关主题较少,今天咱们就来看三篇比较“典”的文章吧!

这三篇都是来自eBioMedicine(柳叶刀子刊),影响因子目前是9.7分

因为不同的杂志可能要求不同,所以船长就选取同一本杂志上不同时期的三篇文章,这三篇文章看下来,肉眼可见的难度步步升级,如果不想发一篇水刊就算了的话,普通孟德尔随机化分析还是挺难发高分的。就算是已经是进阶的药靶+孟德尔随机化,随着时间线的拉长,难度和复杂度也是飙升的。看完这三篇我们可以很明显的体会到逐步进阶的感觉。

ps:孟德尔随机化正处风口,但是也越来越卷,好的选题越来越难找。如果觉得分析或者课题上有些困难可以直接来找船长哦。如果您已经设计好了方案,但是对其可行性拿不准,船长这边也可以帮您免费评估,后续的分析也可以找我们做!    

第一篇:Genetic insights into therapeutic targets for aortic aneurysms: A Mendelian randomization study(主动脉瘤治疗靶点的遗传学见解:孟德尔随机化研究)。

华中科技大学同济医学院国人团队,2022年8月份发表。

后台回复321获取原文献,文献编号240724-1

研究背景

当主动脉瘤(AAs)增大时,如果未被诊断或忽视,它们可能会变得危及生命。目前,缺乏根本性的治疗方法来预防疾病的进展。因此,作者的目标是确定能够减缓AAs进展的有效药物靶标。

研究思路

进行了一项孟德尔随机化(MR)分析,以确定与AAs相关的治疗靶标。从两个数据集获取了AAs的汇总统计数据:英国生物银行(2228例病例和408,565名对照)以及FinnGen研究(3658例病例和244,907名对照)。从eQTLGen Consortium检索到与药物靶标基因相关的顺式表达量性状位点(cis-eQTL),并将其用作遗传工具变量。执行了共定位分析,以确定与AAs和eQTL相关的单核苷酸多态性(SNPs)是否共享因果遗传变异。    

图1 技术路线

主要结果

表1 孟德尔随机化结果    

图2 SNP 与 PSMA4 和 PLAU 基因座关联的区域曼哈顿图   

图3 基因预测的 PSMA4 与其他心血管疾病之间的关联

图4 基因预测的 PLAU 与其他心血管疾病之间的关联

总结:与一般孟德尔随机化相比,这篇文章已经复杂多了。数据量也很大,除了孟德尔随机化+共定位,甚至还加了一丢丢验证实验,高分赛道是比较卷的。(想要复现这种思路欢迎直接咨询船长,我们的技术够专业!   

第二篇:Therapeutic targets for inflammatory bowel disease: proteome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses(炎症性肠病的治疗靶点:蛋白质组范围的孟德尔随机化和共定位分析)。

这篇是浙江大学医学院团队的,2023年2月份发表。

后台回复321获取原文献,文献编号240724-2

研究背景

迫切需要为炎症性肠病(IBD)鉴定新的药物靶点。蛋白质组是治疗靶点的主要来源。作者进行了一项全蛋白质组的孟德尔随机化(MR)和共定位分析,以鉴定IBD的可能靶点。

   

图1 技术路线

研究思路

从大规模蛋白质定量性状位点(pQTL)研究中提取了4907种循环蛋白水平的汇总数据,涉及35,559名个体。

从炎症性肠病遗传学联盟(IIBDGC)、FinnGen研究和英国生物银行研究中获取了与IBD及其亚型相关的遗传关联数据。

使用孟德尔随机化(MR)分析来估计蛋白质与IBD风险之间的关联。

使用共定位分析来检验识别的蛋白质和IBD是否共享因果变异。

主要结果

图2 曼哈顿图显示了遗传预测的1110种循环蛋白质水平与IBD及其亚型在MR分析中的关联

表1 IIBDGC 中炎症性肠病及其亚型的循环蛋白的孟德尔随机化分析和共定位    

图3 发现和复制数据集中循环蛋白与结果之间的共定位有很高的支持证据

总结:这篇文章看起来似乎比前一篇还简单,不过它创新性的应用了蛋白质组学结合孟德尔随机化+共定位,分析技术上是更有难度的(想做蛋白质组结合孟德尔随机化的研究可以来自船长哦!

第三篇:Mendelian randomization analysis of the brain, cerebrospinal fluid, and plasma proteome identifies potential drug targets for attention deficit hyperactivity disorder(大脑、脑脊液和血浆蛋白质组的孟德尔随机化分析确定了注意力缺陷多动障碍的潜在药物靶点)

这篇文章的主要团队是四川大学华西医院,2024年6月发表,很新的文章    

后台回复321获取原文献,文献编号240724-3

研究背景

对于注意力缺陷多动障碍(ADHD)的新治疗方法的需求是显而易见的。具有因果遗传证据的大脑、脑脊液(CSF)和血浆蛋白质生物标志物可能代表潜在的药物靶标。然而,尚未进行全面的蛋白质组筛查。

研究思路

采用了使用孟德尔随机化(MR)和贝叶斯共定位分析的三管齐下的方法。首先,使用MR分析研究了608种大脑、214种CSF和612种血浆蛋白质作为ADHD的潜在因果介质。其次,分析了在三种不同亚型的ADHD中发现的生物标志物的一致性:儿童期、持续性和晚诊断的ADHD。最后,检查了识别的生物标志物与图雷特综合症和广泛性自闭症谱系障碍(ASD)之间的相关性,这些状况通常与ADHD有关。为了验证MR研究结果,作者进行了敏感性分析。此外,对人类大脑进行了细胞类型分析,以识别在各种脑细胞类型中显著富集的风险基因。

主要结果

表1 代表 ADHD 因果介质的重要脑蛋白质摘要   

表2 代表 ADHD 因果介质的重要血浆和 CSF 蛋白质的摘要   

图1 脑、脑脊液和血浆蛋白的 MR 结果以及 ADHD 风险   

图2 已识别的生物标志物与 ADHD 亚型风险之间的关联   

图3 潜在风险基因的单细胞类型表达

总结:这篇文章相比第二篇又进阶了。大脑、脑脊液和血浆蛋白质组相比普通蛋白质组更难得(当然这三篇文章都属于二次分析公共数据库或他人公开的研究数据。最后这篇文章还应用了一个人类大脑单细胞RNA测序(RNA-seq)数据集,算是锦上添花吧。

总的来说,这三篇文章能一定程度反映现在高分期刊上的孟德尔随机化+药靶类的水平。看完这三篇文章觉得太卷了,有的小伙伴肯定要说:我看有的十几分的杂志工作量还没这个多呢。那是肯定存在同样工作量发不同分数的,各期刊的要求不一样。不然咋有这么多水刊呢~总之,如果有小伙伴想要加入药靶+孟德尔随机化的阵营卷起来,都可以来找船长,方案设计,数据分析都能帮您搞定!这些图咱们都能复现哦~

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