聊聊合成生物学(三)——20世纪推动合成生物学发展的大佬们

文摘   科学   2024-08-29 11:52   江苏  

20世纪推动合成

生物学发展的大佬们

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谈起合成生物学的关键推动人,James Watson和Francis Crick是绕不开的两座丰碑,他们与Maurice Wilkins因发现DNA双螺旋结构获得了1962年诺贝尔生理学或医学奖。这项发现统一了生物学的底层逻辑,被誉为生物学历史上继进化论之后最重要的突破。

正在讨论DNA双螺旋模型的Watson (左) 和Crick (右)
一鸣惊人之后,Waston一直从事基因相关的研究,包括重组DNA技术、癌症相关研究,他还是人类基因组计划的倡导者之一。不过,晚年的Waston经常“语出惊人”,频繁发表关于种族(人种)间智商差异的言论而广受争议。
而物理学出身的Crick在发现DNA双螺旋结构之后,投入到蛋白质的生物合成研究中,并在1957年首次提出了生物学重要的“中心法则”,成为合成生物学的底层逻辑原则。此后Crick逐步转向神经科学的理论研究。

生物学中心法则

当然,让人意难平的是,在DNA晶体结构X射线衍射研究中上做出杰出贡献的Rosalind Franklin女士不幸于1958年因病离世,加之当时社会对女性科学家的歧视,未能在有生之年获得应有的认可。

英年早逝的Rosalind Franklin (1921-1958)

有史以来最美的一张X射线照片——DNA晶体X射线衍射照片51号

到20世纪60年代法国科学家Francois Jacob和Jacques Monod在研究大肠杆菌基因表达时提出了操纵子理论,认为基因表达在细胞内是受到严格调控的,奠定了设计和控制基因表达的理论基础。1965年他们因“有关酶的遗传控制和病毒合成的发现”而获得诺贝尔生理学和医学奖。
据Jacob的妻子回忆:1958年7月的某一天,Jacob与妻子在巴黎看电影时突然显得有些局促不安,他对妻子说:“我觉得我刚才有了个重要的想法。”他俩于是走出电影院径直回家。正如Jacob后来所写的那样,他领悟到了“那东西的本质”。
20世纪60至70年代,瑞士科学家Werner Arber、美国科学家Hamilton Smith和Daniel Nathans先后发现了限制性内切酶及其应用(详见 限制酶的前世今生),为基因工程提供了有力的工具。他们也因此获得了1978年诺贝尔生理学或医学奖。


1968年,Herbert Boyer从大肠杆菌中分离到了目前最常用的限制酶之一EcoRI。1972年11月,在夏威夷海滩的一家饭馆中,一群科学家(包括Herbert Boyer,Stanley Cohen等)在一张餐巾纸上写下了利用Boyer发现的限制酶EcoRI和Cohen分离的携带抗生素抗性基因质粒来进行基因克隆试验的疯狂想法。1973年初,他们开始试验验证,将EcoRI切割产生的两种质粒DNA片段在体外通过DNA连接酶共价连接,将连接获得的新质粒DNA转入大肠杆菌中,并通过抗生素抗性筛选,获得了导入外源DNA的大肠杆菌,开创了合成生物学的先河。

餐桌上提出的重组DNA新想法(图片来源:PNAS)

不过,Stanley Cohen更出名的是关于细胞生长因子的研究,其研究的EGFR后来成为最重要的癌症治疗靶点,他本人也因此获得了1986年的诺贝尔生理学或医学奖。而Herbert Boyer则更敏锐地抓住了基因重组技术的商业价值,1976年,一个失业的风险投资人Robert Swanson找到并说服了Herbert Boyer,成立了全球第一个生物技术公司——Genentech (Genetic engineering technology的缩写)。Herbert Boyer也被誉为“基因工程之父”

Genentech的第一个产品是只有14个氨基酸的人生长激素抑制素。Boyer从City of Hope医院招聘了两位化学家Arthur Riggs和Keiichi Itakura来完成这个项目。来自日本的Itakura专长合成DNA,Riggs则思维更加活跃。1977年,他们克服重重困难,成功地利用合成的DNA重组表达获得了人生长激素抑制素。随后他们迅速开始了生产人胰岛素的尝试。当时与他们竞争的还有另一位大牛,哈佛大学的Walter Gilbert(1980年诺贝尔化学奖得主),但是哈佛大学实验室受到诸多伦理规则的限制,反而是采用化学合成DNA的Genentech后来居上。1978年8月,Riggs带领团队率先使用大肠杆菌重组生产获得了人胰岛素,1982年获准上市,使人们摆脱了对天然牛胰脏的依赖,可以大量廉价生产胰岛素,造福成千上万的糖尿病患者。此后,Riggs又主持主导开发了重组生产人源化单克隆抗体的技术,为治疗癌症、自身免疫性疾病、失明和其他疾病奠定了重要基础。目前全球年销售额前10的药物中,半数以上都是单克隆抗体药物。虽然Genentech于2009年被Roche收购,成为Roche子公司,但生物技术老大哥的传说仍然在江湖上延续。

工作中的Arthur Riggs(右)和Keiichi Itakura(左)
Riggs的这两项杰出贡献,直接促成了价值至少5000亿美元的生物技术产业启动,成为合成生物学产业化的奠基人。更令人钦佩的是,Riggs博士除了致力于科研(他还是表观遗传学的先驱之一),还悄悄贡献了几乎全部发明创造所带来的财富(他曾经向学生自嘲:“我这辈子都在钱里洗澡”)。在过去的30年,Riggs博士个人向City of Hope医院捐赠共计超过3.1亿美元。

当基因工程发展如火如荼的时候,准确高效的DNA测序成为迫切需要解决的问题。1977年,Frederick Sanger发明了双脱氧链终止DNA测序法,成为第一代DNA测序的核心技术。这位大佬是个富二代,但并不是天纵奇才,博士毕业后求职时因为没有亮点成果,只好给教授们说当自带干粮、不拿工资的实验员。没想到,从此大力出奇迹,埋头做实验的Sanger先后发明了蛋白质测序技术和双脱氧终止DNA测序技术,从而于1958年和1980年两次摘得诺贝尔化学奖(如果不是慢了一步,1968年的诺贝尔生理学或医学奖可能也是他),成为历史上第4位两次获得诺贝尔奖的大牛。他有两名学生也获得了诺贝尔奖。

1983年的一天,正在做实验的Sanger突然感到自己已经老了,于是停下工作,走出实验室关上门,宣布退休,给世界留下了一个潇洒离去的背影。

退休后在自家花园的Frederick Sanger

DNA测序得到了解决,下一步就是如何快速大量获得DNA片段。从小就吊儿郎当,但天资聪颖的Kary Mullis横空出世。这位爷在本科学的是化学专业,经常自己合成致幻剂;研究生选择了生物化学专业,但其实并不太懂生物。一次嗑药之后,Mullis眼前出现了整个宇宙,仿佛看到了宇宙的源头,从幻觉中清醒过来后的Mullis迅速提笔记下在幻觉中看到的一切,最终写成了论文投给Nature,居然还发表了,于是稀里糊涂拿到了博士学位。

毕业之后的Mullis蹉跎了几年,进入一家生物公司Cetus工作。1983年春天的一个夜晚,磕过药的Mullis带着女友在公路上兜风,一个念头突然出现在他的脑海中——扩增DNA片段时,如果同时添加两条引物,分别扩增正义链和反义链,那么只要引物足够,岂不是可以无限循环地扩增下去!Mullis惊呆了,这么简洁的思路居然从来没人想到过!但是,拖延症严重的Mullis直到1983圣诞节前才成功完成了第一次聚合酶链式反应(PCR)。PCR技术使人们可以方便、快速获得大量DNA片段,是生物学的革命性技术,Mullis也因此获得1993年诺贝尔化学奖。


Kary Mullis

这些科学先驱在20世纪的努力,从理论和技术上都为合成生物学的诞生奠定了重要的基础。在世纪之交,现代意义上的合成生物学已经呼之欲出。




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秉承愚公移山的精神,愚公生物在国内首次实现了限制性内切酶的规模化生产。现拥有限制酶、PCR、等温扩增、逆转录、荧光定量PCR、修饰克隆、体外转录、速溶颗粒等10个系列上百种产品,进入多家行业龙头企业的供应链。



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