研究人員進行相關測試，尋找微波爐內的細菌，結果發現一個出乎意料的多樣化生態系統，能夠抵禦微波爐的高溫。
羅格斯大學專家夏夫納（Donald Schaffner）表示，微波爐的運作原理是透過讓食物中的水分子震動產生摩擦熱，以此加熱食物並殺死可能含有的細菌。
然而，俄亥俄州立大學食品微生物學教授優瑟夫（Ahmed Yousef）指出，家用微波爐加熱食物不均，若有食物從加熱容器中飛濺出來，可能含有細菌，落在微波爐內壁、角落或內部上方，而這些地方在設計時就不是用來接收微波能量，所以微生物可以生存。濺出的食物隨著時間變乾，也愈難殺死裡頭的細菌。
發表於「微生物學前沿」（Frontiers in Microbiology）期刊的研究中，西班牙瓦倫西亞大學(University of Valencia)研究員波卡(Manuel Porcar)和同事從30個微波爐中採集樣本，進行培養並分析他們發現的微生物DNA，三分之一的樣本來自家庭微波爐，三分之一來自共用的辦公室微波爐，其餘來自微生物學實驗室的微波爐，實驗室使用微波爐來加熱化學溶液。
研究人員總共發現747種細菌。根據該研究，家用微波爐含有的細菌如金黃色葡萄球菌，通常存在於人體皮膚上，可能對健康造成風險；實驗室微波爐(啟用時間更長)聚集能抵抗輻射和極端高溫的細菌，與在太陽能板或核廢料附近發現的細菌相似。
研究人員發現，廚房微波爐的微生物群體更大，而實驗室微波爐的微生物更多樣化。
雖然微波爐內的細菌污染食物的機率不高，但為減少抗熱細菌在微波爐潛伏，你可做幾件事。波卡表示，使用肥皂或稀釋的漂白劑即可清除微波爐內的細菌，「微波爐跟你家廚房餐桌的表面一樣髒，所以別忘了清理微波爐。」
此外，加熱食物時儘可能減少食物飛濺。喬治華盛頓大學食品安全學會主管巴佛爾（Janet Buffer）表示，使用有透氣孔的罩子蓋住食物，可降低污染的風險。
