搞定两千款R包的安装

文摘   科技   2024-07-29 09:05   安徽  


一、写在前面


最近有粉丝要我们在西柚云环境中布置好的R环境,算是变相给我们来了波宣传。


如果你对下面的教程比较迷茫,那么你可以先行学习些编程基础:
R语言基础学习手册
十小时学会Linux
生信Linux及服务器使用技巧

如果你的计算机不足以支持下面流程的计算,可按需选用适合自己的计算资源:
共享(经济实惠):有root权限的共享服务器,报我名字立减200¥
独享(省电省心):生信分析不求人

实体(稳定高效):配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)

访问链接:https://biomamba.xiyoucloud.net/

更多内容可咨询客服微信[Biomamba_kefu]


其实获得环境中的R包即版本号的方法很简单,两行就可以搞定:
package_list <- installed.packages()write.csv(package_list,'package_list.csv')
package_list.csv的下载链接见下文,文件表头为:


其中的每一列的内容代表:
  1. Package:

  • 包的名称。

  • LibPath:

    • 包安装的库路径。这与 .libPaths() 函数返回的路径相关,显示了包所在的具体位置。

  • Version:

    • 已安装的包的版本号。

  • Priority:

    • 如果包是基本必须的(例如,base 或 recommended),这一列会标明其优先级。大多数包这一栏为空,表示它们不是基础包。

  • Depends:

    • 列出了安装和运行此包所依赖的其他包及版本。这有助于理解包之间的依赖关系。

  • Imports:

    • 列出了该包在函数中调用的其他包的函数或数据,不过这些包并不需要被加载为了该包的正常使用(不同于Depends,Depends的包需要被加载)。

  • LinkingTo:

    • 主要用于R包涉及到编译代码(如C, C++或Fortran)时,列出了需要链接到的其他包。

  • Suggests:

    • 包括那些不是必须的,但是增强包功能的建议包。这些包通常用于示例或扩展功能。

  • Enhances:

    • 列出了哪些包可能会被当前包增强功能。

  • License:

    • 包的许可证类型。

  • Built:

    • 这列显示了包是在哪个R版本下构建的。这有助于了解包与特定R版本的兼容性。

    大家可以对着上面的信息来安装指定的版本




    二、.libPaths


    另外我还从我的.libPaths中导出了R包相关文件

    tar -zcf site-libraray.tar.gz  /usr/local/lib/R/site-librarytar -zcf library.tar.gz /usr/lib/R/librarytar -zcf lib_site-library.tar.gz /usr/lib/R/site-library

    这三个R包路径有一些不同的用途和特点:

    1. "/usr/local/lib/R/site-library":

    • 这个路径通常用于存放系统级别的R包,这些包是由系统管理员安装的,供所有系统用户使用。

    • 位于/usr/local/lib的路径表明这些库可能是由管理员或通过超级用户权限安装的,通常不受R默认安装过程的影响,而是独立安装的包。

  • "/usr/lib/R/site-library":

    • 这个路径与/usr/local/lib/R/site-library相似,也是用来存放系统级的R包。

    • 位置在/usr/lib,这通常意味着这些包可能是由操作系统的包管理系统安装的(如使用APT或YUM的Linux系统),或者是系统在初始安装时预装的包。

  • "/usr/lib/R/library":

    • 这个路径是R的默认库路径,存放的是R的基础包和核心包,这些包随R软件一起被安装。

    • 这些包通常是R安装过程的一部分,是R运行的基本组件,包括了统计、图形处理等基础功能的包。


    列表和R包路径的文件都给大家准备好了,大家可以自行下载使用,使用教程请参考以下教程:

    在Rstudio中使用同一个R包的不同版本

     (解)压缩与md5值校验





    三、资料下载


    下载链接:

    https://pan.baidu.com/s/1NfiGlJQZDFu_y2xQzkJAlA?pwd=d9ia

    提取码:d9ia

    注意,我的环境是Ubuntu 20.04.5 LTS,R版本为4.2.2




    如何联系我们

    公众号后台消息回复不便,这里给大家留一下领取资料及免费服务器(足够支持你完成硕博生涯的生信环境)的微信号,方便各位随时交流、提建议(别问在么,添加时直接说来意)。此外呼声一直很高的交流群也建好了,欢迎大家入群讨论:

    永久免费的生信、科研交流群

    大家可以阅读完这几篇之后添加
    给生信入门初学者的小贴士
    如何搜索公众号过往发布内容

    您点的每个赞和在看,我都认真当成了喜欢


    Biomamba 生信基地
    本人为在读博士研究生,此公众号旨在分享生信知识及科研经验与体会,欢迎各位同学、老师与专家的批评指正,也欢迎各界人士的合作与交流。
     最新文章