1999年1月20日，学校新增应用物理学、应用化学、自动化等3个本科专业。3月2日，教育部对普通高等学校本科专业进行了整理和审核，并公布《普通高等学校本科专业整理审核总表》，经整理后，学校1998年之前原有的17个本科专业审核为12个：经济学、英语、数学与应用数学、物理学、化学、金属材料工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、测控技术及仪器、电子信息工程、计算机科学与技术、环境工程。
2000年，学校新增高分子材料与工程、飞行器制造等2个本科专业；次年3月26日新增艺术设计、工业设计、信息与信息管理、通信工程等4个本科专业。
2001年12月，中国加入世贸组织后，学校主动适应新变化，进一步调整优化学科专业结构和层次结构。调整的方向是：加强信息技术、材料科学、经济管理、外语等专业人才的培养能力，增设一批才市场急需的应用性专业，重点发展经济管理和文科专业，使学校在工学、理学、经济学、管理学、文学等5个学科门类中均有3个以上专业支撑，构成设置大学的基本框架。
2002年，新增社会工作、音乐学、信息与计算科学、生物医学工程、飞行器动力学、软件工程专业等6个本科专业。2003年，新增飞行器设计与工程、电子商务等2个本科专业。2004年，新增法学、教育技术学、社会体育、法语、新闻学、材料化学、焊接技术与工程、市场营销、公共事业管理等9个本科专业。2005年，新增德语、网络工程、工程管理等3个本科专业。2008年，新增播音与主持艺术、动画、给水排水工程等3个本科专业。2010年，新增光电信息工程、飞行技术、会计学等3个本科专业。至此，学校本科专业数达51个。
为了切实抓好新专业建设，2004年，学校组织新专业的建设规划制定工作，对2000年以来设置的14个新专业制定了三年建设规划，其中包括专业培养目标与特色、专业面向与定位、师资建设、实验室建设、课程建设、教材建设等项目。并于年底组织了文、理两个专家组，分别对文理科和工科新专业进行了审核和评议，进一步促进了各院(系)的新专业建设工作。
学校积极组织申报江西省第二批品牌专业，2002年6月3日，环境工程、测控技术及仪器、材料成型与控制工程、金属材料工程、电子信息工程、机械设计制造及其自动化等6个专业被评为首批全省高校品牌专业。8月28日，飞行器制造工程被国防科学技术工业委员会列为重点建设专业。2004年，自动化、电子科学与技术、焊接工程、英语、经济学等6个专业被评为江西省品牌专业，使学校省级品牌专业数达到12个。
同时，学校还加强了专科专业的建设。2005年，学校新增数控技术(数控加工)、焊接技术及自动化、电子商务、市场营销、物业管理等5个专科专业。2006年，新增酒店管理专业。
为探索适应21世纪社会发展需要的人才培养模式，1999年，学校在级材料成型及控制工程专业的3个班(990104、990105、990106)进行本科教学改革试点。试点班在课程设置、教学安排、教学管理等方面都作了相应的调整和改革。培养计划总学时较其他非试点班减少400学时左右。试点班新开设市场调查及产品方案设计、产品结构设计与工艺技术分析、产品工装及模具设计、产品制作实践等4个关联性较强的实践教学环节，以取代原计划中的社会实践、专业技能训练、专业课程设计、毕业实习等4个实践性环节，并从一年级暑假开始分步实施，提高了学生工程实践能力的培养目标和起点。与此同时，在试点班实行导师制，即，在学生整个学习期间，分成5至8人的课题小组，由专业教师组成的指导小组(铸、锻、焊3个教研室合作组建若干个小组)，具体指导学生完成上述4个实践环节及相关理论课的学习与课程的选修。同时，加强了试点班学生计算机、外语、写作、自学、社交等方面的能力和人文素质的培养。
随着专业数的大量增加，学校于2002、2005年先后两次集中制订和修改各专业的教学计划。按照培养“厚基础，宽口径，强能力，高素质”的复合型、应用型人才的指导思想，各教学单位下决心删除那些陈旧过时的内容，整合那些割裂、重复的内容，精选和更新教学内容，注重把体现当代学科发展特征与趋势的各学科交叉融合的知识成果反映到教学内容中来，在此基础上，实现了课程体系的整体优化。在课程设置和课时分配上注重加强基础，增强适应性，增加选修课，减少必修课。
2006年，学校对本科人才培养方案再次进行修订，强化了对学生创新精神、实践能力、综合素质等方面的培养，新方案突出了航空特色，注重因材施教，积极探索本科人才分类分级培养模式。
全体教师进—步转变教育观念，积极探索适应新时代要求的教学方法和教学手段的改革。提倡案例教学和课堂讨论，培养学生分析问题和解决问题的能力。加大对考试方法的改革，对考试内容和形式不断进行研究，提倡开卷考试和口试。教改研究取得了不少教学成果。2001年至2002年，学校申请到教育部教改课题2项、省教改课题27项、省教育科研项目14项（其中重点项目2项），获得江西省教学成果一等奖2项、二等奖2项、三等奖2项；2003年至2004年，申请到教育部教改课题2项、省教改课题48项、省教育科研“十五”规划项目13项（其中重点项目2项），获得江西省教学成果一等奖2项、二等奖2项；2007年至2010年，在江西省第十、十一、十二批高等教育省级教学成果将评选中，学校共获得一等奖8项、二等奖15项；2007年至2010年，在江西省高校省级教改立项项目评审中，共有170项获准立项，其中重点项目8项。
为了应对对外开放对人才培养的新需要，2002年学校在部分学院部分课程开展了双语教学的试点，首批参加试点的是2002级电子工程系电子信息工程专业两个班80名学生。主要课程采用国外原版教材进行教学。同时，从2002级新生起，适当增加外语教学的课时，外语系精心组织好大学英语教学，提高英语教学的效果，培养大学生的全面的外语能力。各系积极主动地开展大学生课外的外语学习活动，组织各种英语竞赛和英语演讲，抓好学生的早读，营造良好的外语学习氛围。
2009年9月，“回归工程的焊接工装设计教学改革与实践”和“高校思想政治理论课‘大思政’教学整体改革与实践”等两项教学改革项目同时获得第六届高等教育国家级教学成果二等奖。
学校积极探索普通高校人才培养模式多样化改革。从2008年开始，全体新生进行大学英语的分级教学，对电子信息工程学院和自动化学院两个学院的新生进行高等数学分级教学，并在部分基础课教学中逐步推行教师挂牌上课、学生自主选择教师听课制度。2009年，软件工程及焊接技术与工程专业获得省级人才培养创新试验区立项。同年，大学英语课程同时进行分级教学及新思维英语教学两种教学模式的改革，高等数学、大学语文、计算机文化基础也部分试行分级教学，体育课进行了项目选课模式改革。同年9月，多类型人才培养创新模式教学改革项目正式进入实施阶段，在航空制造工程学院、信息工程学院、飞行器工程学院，经过严格考核选拔了120名学生进入“春晓班”学习。“春晓班”学生从一年级新生中择优选拔，按照“加强基础，强化能力，注重科研”的原则制订培养方案，实行“2+2”的培养模式，一、二年级不分专业进行通识教育，打下扎实的基础，三年级进入专业教育，学生可在所在学院范围内重新自由选择专业。2010年，学校将“春晓班”推广至文管类学院进行试点。同年，学校在材料成型及控制工程、焊接技术与工程、测控技术与仪器、电子信息等专业的高年级中开设本科生工程应用能力强化提高班（应星班）。同年，焊接技术与工程专业正式从三年级开始选拔学生，实行“本科毕业证书+专业岗位资格证书”模式，与国际焊接工程师认证对接。此外，积极与科研院所、知名企业联合培养人才，飞行器动力工程、软件工程等专业实行“3+1”、“2+2”等培养模式。
2007年初，教育部、财政部联合下文，决定实施高等学校本科教学质量与教学改革工程，该工程是继“211工程”、“985工程”和“国家示范性高等职业院校建设计划”之后，我国在高等教育领域实施的又一项重要工程。
2007年11月，工程训练中心荣获国家级实验教学示范中心称号。同年12月，金属材料工程专业和测控技术与仪器专业被评为国家级特色专业。2008年9月，电子信息工程专业被评为国家特色专业。同年10月，大学物理实验中心荣获国家级实验教学示范中心称号。2009年12月，国防生培养创新实验区获批国家级人才培养模式创新实验区。2010年7月，材料成型及控制工程专业和软件工程专业获批国家特色专业，焊接工装设计获批国家精品课程，焊接技术与工程专业教学团队获批国家教学团队，理论力学获批国家双语示范课程。
至此，学校的国家级本科教学质量与教学改革工程项目达11个，其中国家级特色专业5个、国家级实践教学示范中心2个、国家级人才培养模式创新实验区1个、国家精品课程1门、国家教学团队1个和双语示范课程1门。
2007年至2010年，学校获得省级本科教学质量与教学改革工程项目共计38个，其中，省级特色专业8个、省级教学团队7个、省级双语教学示范课程4门、省级人才培养模式创新实验区2个、省级实验教学示范中心6个、省级教学名师6位、省级精品课程5门。
1999年1月20日，学校设立“江西南昌航院数控技术职业技能培训中心”，开展加工中心操作工(高级培训)计算机高新技术图形图像处理、模块培训。2003年6月18日，与上海宝钢集团公司签订协议，将宝钢列为学校的学生实习基地。至2010年，全校共建立了129个稳定的校外教学实习基地。
校内实习基地对大学生的动手能力和工程素养的培养有着重要的作用，学校的金工实习素来有较好的声誉。工程训练中心结合产品生产，接纳学生参加金工实习、电工实习、电子实习和机械类专业的实习，采用“一人一件、一人一机、真刀真枪”模式进行实践教学，学生在实际生产的真实环境中体验生产工艺过程，增强了综合工程意识，锻炼了实践动手能力。2003年10月，测控系813班学生李军设计的音频功率放大器获国家知识产权局签发的实用新型专利证书。2006年11月10至14日，在华东高校“数控车”教学比赛上，文杏坛老师荣获二等奖。
学生金工实习
2008年，全面启动实验（实践）教学体系、教学内容和方式方法改革，综合性、设计性、创新性和开放型实验项目明显增加，综合性设计性实验项目比例已经超过80％。2010年，学校独立设置的实践教学课程达62门，焊接与技术工程专业联合江苏华恒、软件工程专业联合东软集团、飞行器学院联合中国人民解放军5719厂、测控技术与仪器专业联合洪都航空集团申报了4个国家级“工程实践教育中心”。
2011年1月17日，引进了飞行模拟实验台，主要用于飞行器设计与工程专业的相关课程（如飞行力学、飞控系统等）教学实验和科研工作。该设备通过半实物模拟座舱和相应仿真软件，实现飞行任务模拟，进行教学演示试验、飞行性能课程教学实验、操稳特性课程教学试验、飞行控制原理教学等。
1999年扩招后，质量问题始终是学校各项工作的重点。为了解新形势下用人单位对人才培养的新要求，征询毕业生对母校教育及管理工作的意见和建议，深化教育教学改革和提高人才培养质量，学校于2004年暑假期间组织进行了第五次毕业生质量跟踪调查。本次调查由29人组成，分北方组、华东组、南方组、西南组、综合组等5个调查小组。由学校领导分别担任组长，有关专业(系)和职能部门的工作人员组成调查组。分赴北京、沈阳、哈尔滨、上海、南京、南昌、苏州、景德镇、合肥、广州、深圳、中山、顺德、东莞、株洲、长沙、贵阳、成都、安顺、平坝、襄樊、葛洲坝、汉中、西安、阎良等地对40多家单位的毕业生进行了半个多月的跟踪调查。调查对象为学院1993届至2003届的本科毕业生。调查形式以问卷调查和召开座谈会为主，辅之以非正式的交谈。毕业生调查问卷的内容共16项，涉及毕业生的知识结构、能力情况、现工作岗位与所学专业的相关程度、思想政治教育和管理工作、基础教育和专业教育情况、课程体系、与兄弟院校同期毕业生的比较情况、实践环节教育情况等。毕业生社会评估指标体系包括毕业生的思想素质、业务素质、人文素质和身心素质4个一级指标，22个二级指标，涉及毕业生的政治表现、事业心、理论基础和专业水平、各种能力情况、工作业绩情况、以及心理、生理素质等情况。本次调查，收回有效毕业生调查问卷306份和有效毕业生社会评估调查表359份。统计结果表明，用人单位对学院毕业生的整体素质评价良好。各用人单位普遍反映，毕业生政治表现和思想品德好，工作热情，责任心强；专业知识较扎实，动手能力强，能够较快地适应单位安排的工作岗位；身心素质优良；部分毕业生在工作中取得了比较突出的成绩，有的还成为所在单位的业务骨干或走上了中层以上领导岗位。调查显示，与其他院校相比，实践能力强仍然是毕业生的优势，有91.5％的毕业生认为这与“工程教育与工程训练相结合”的培养模式是分不开的，并认为这是学校本科教育的一个特色。但不容忽视的是，在外语能力、计算机能力、创新能力和科技开发能力以及组织管理能力等5个二级指标上，学院学生的得分偏低，尤其是外语能力仍是学院毕业生的弱点。在这次调查中，各用人单位对学校建校以来取得的成绩均给予了较高的评价，希望学校今后能为他们输送更多更优秀的人才。
2008年7月至8月，学校组织第六次大规模的毕业生质量跟踪调查，由学校领导亲自带队，分任华中组、华东组、北方组、南方组和西部组的组长，各二级学院院长和有关职能部门负责人共40余人参加，分赴北京、沈阳、上海、南京、江苏、湖南、湖北、河南、贵州、陕西、广东等13个省，20余个城市的39家企事业单位、科研院所，对学校1997届至2007届的本科毕业生进行了调查。本次毕业生质量调查以调查问卷和召开座谈会的形式为主，调查问卷的内容共18项，涉及毕业生的知识结构、能力情况、现工作岗位与所学专业的相关程度、学校的思想政治教育和管理工作、基础教育和专业教育情况、课程体系、与兄弟院校同期毕业生的比较情况、实践教学环节情况等。用人单位对毕业生的评价指标体系包括毕业生的思想素质、业务素质、人文素质和身心素质4个一级指标，22个二级指标，包括毕业生的思想政治表现、专业知识水平、工作成绩、各种能力、人文素质以及身心素质等情况。从本次调查了解的总体情况来看，各用人单位对学校一贯本着对毕业生、用人单位和社会负责的态度，长期采用毕业生质量跟踪调查这种方式了解毕业生质量和用人单位对人才的需求变化，适时深化教育教学改革，提高教学质量的做法表示了充分的肯定。用人单位普遍反映南昌航空大学毕业生政治思想素质好，组织观念、纪律观念强，专业知识水平较扎实，勤奋务实，动手能力强，吃苦精神好，有较强的环境适应能力，很多年轻毕业生正在成为企业的技术骨干或管理后备干部。但用人单位也同时反映学校毕业生仍存在着知识面不宽，人文科学素质不高，外语水平、计算机应用能力和创新能力需进一步加强等问题。
END
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