学校进一步制定优惠政策，采取切实措施，引进高水平人才来校任教。1999年9月9日，在第15个教师节到来之际，为校本部高级专业技术人员配备个人电脑。2000年，制定《南昌航空工业学院教师奖教金条例》《南昌航空工业学院兼职教授待遇的规定》《南昌航空工业学院学科带头人和骨干教师选拔及管理办法》等，积极采取措施，通过引进、培养，使相关学科的师资队伍短时间内有了较大改善。2001年学校制定《学院引进人才的暂行规定》，明确规定引进人才的形式、范围和待遇，极大地促进人才的引进。
2008年是学校全面启动111360人才工程的第一年。1月30日，学校印发了《南昌航空大学“111360人才工程”实施方案》。为进一步落实该方案，3月20日，学校制定了《特聘教授聘任与管理办法》明确在10个省级重点学科中每个学科设立1个特聘教授岗位，实行岗位聘任制。9月5日，在《人民日报》等国家主流媒体刊登招聘启事，面向海内外公开招聘2个学院院长、2个省部重点实验室主任、8个重点学科学术带头人，标志学校正式启动了特聘教授招聘计划。当年引进特聘教授2名，分别是博士生导师李康平教授和博士生导师梅国雄教授。2009年成功引进特聘教授3名，分别是国家杰出青年基金获得者罗胜联教授，以及李文教授和杨春平教授。2010年，引进特聘教授4名，分别是博士生导师徐章程教授、博士生导师杨国为教授、高级工程师钟震晨以及覃峰教授。
这一时期，涌现出了一批教学科研的骨干。1999年，有2人入选江西省第三批主要学科跨世纪学术和技术带头人培养计划；2003年，入选第一届江西省高校名师获奖2人。2004年，新增4名江西省高校教学名师。2006年，有15名教师被评为全省高等学校新增中青年学科带头人，20名教师被评为中青年骨干教师。新增江西省高等学校教学名师奖2人。2008年，柯黎明入选江西省首届“井冈学者”，新增22人入选江西省高校中青年学科带头人，新增33人入选江西省高校中青年骨干教师，新增4人入选江西省新世纪百千万第一、二层次人才工程，新增政府特贴享受人员2人。2009年，新增江西省新世纪百千万第一、二层次人才工程人7人。2010年，新增江西省百千万人才第一、二层次人才工程人选6人，入选首批“赣鄱英才555工程” 10名。
学校坚持利用暑期组织新教师岗前培训，学校领导、主要职能部门负责人以及青年教学骨干为新教师授课，开设师德师风、教育教学原理规章、航空文化概论等课程和专题讲座，开展教学演练实践环节，聘请经验丰富的教学专家现场指导，大大地提升了新教师的教育教学能力。
学校积极鼓励和支持中青年教师在职或脱产攻读学位，为他们的学习创造条件。各系部、各教研室都制定了师资队伍建设计划，分期分批地将现有教师的学历提高。并规定逐步把硕士学位作为教授、副教授职务评聘的任职条件之一。由于措施得力，这一时期，中青年教师在职或脱产攻读学位人数明显增加。2001年至2002年的两年里就有53名教师在职或脱产学习，攻读学位，其中25人攻读博士学位。2008年起，学校在专任教师队伍中实施“博士化工程”。2008年至2010年，共引进培养博士206名，外语、体育、社会工作、数学、艺术、音乐等学科实现博士引进零的突破。截至2010年底，全校具有博士学位的专任教师已达到303名。同时，加强培养，明确规定40岁以下专任教师原则上5年内要攻读博士学位，35岁以下专任教师必须在5年内攻读博士学位。同时，大力资助优秀教师参加国内外研修项目和国际学术会议。
学校不断探索中青年教师实践能力培养的新模式。2007年9月1日，学校首批31名中青年教师被选派到贵航集团、凤凰光学、空空导弹研究院等单位参加科研挂职锻炼。为建立长效机制，学校出台了《关于加强中青年教师实践能力培养的实施办法》，每年都选派一批中青年教师赴生产一线挂职锻炼。
2009年6月，学校制定《“卧龙之星计划”实施办法》，面向全校遴选一批在教学科研上取得较大成绩、具有较大发展潜力的青年教师（35周岁以下），通过重点培养，造就一批学术和科技创新带头人，并使其迅速成长为省级以上各类高层次人才，为学校的可持续发展提供强有力的人才支撑。“卧龙之星计划”培养周期为3年，每年安排5万元培养经费，并在培训进修、职称评聘、岗位聘任、业绩考核、专家选拔等方面加大支持力度。2009年、2010年先后两届共评选出10名“卧龙之星”，他们是吴水龙、林翠、赵艳影、邹建平、伏燕军、涂新满、谢宇、江五贵、邱天、王润斌。
学校首批跨世纪骨干教师井冈山
深化人事和职称制度改革
加强和完善对教师的考核工作，把教学工作质量作为教师岗位聘任的重要标准，充分调动教师的教学积极性。对长期担任基础课教学的教师，在评职、聘岗等政策上有所倾斜。2002年4月，制定《关于发放南昌航院特殊津贴的办法》，加大对教师的倾斜力度，教师尤其是骨干教师的收入有较大幅度的提高。
加强了职称评定工作。为贯彻执行《高等教育法》的精神，落实高等学校用人自主权，经江西省人民政府批准，省人事厅决定将高级专业技术职务评聘权下放给具备条件的高等学校。2000年4月，学校取得教授、副教授的评聘权，同时保留了原中国航空工业总公司授予学校的工程、实验两个系列高级专业技术职务的评聘权。学校可以在省人事厅核准的专业技术职务结构比例和岗位职数内，择优评聘高等学校教师系列的教授、副教授，工程系列的高级工程师，实验系列的高级实验师。
2000年9月，江西省人事厅批复同意学校组建的教授、副教授任职资格评审委员会评委库和高级工程师、高级实验师任职资格评审委员会评委库。9月30日，评审通过具备教授任职资格的20人；具备副教授任职资格的47人；具备高级工程师资格的4人；具备高级实验师任职资格的4人。
2008年，江西省重新核定事业单位编制，并启动了事业单位岗位设置。根据《省委办公厅、省政府办公厅转发<省人事厅关于江西省事业单位岗位设置管理的实施意见>的通知》《江西省高等学校岗位设置管理实施办法》，2009年10月制订《岗位设置管理改革实施方案》，并获得上级部门批准。同年12月26日，学校教代会暨工代会审议并表决通过了《岗位设置管理实施办法》。2010年6月，历时两年多的岗位设置聘任工作顺利结束，学校在省内高校中第一批完成了岗位设置工作并及时兑现了新工资标准。全校在职职工中1067人晋升了岗位等级，在职职工中1067人增加了工资，人均增资112元。在高级职称结构比例、高级岗位数等方面均体现了向教学一线倾斜的原则。
学校坚持不断深化职称评审制度改革。2008年4月和10月，分别制定了《专业技术职务申报及评审办法》和《专业技术资格条件（试行）》等文件，进一步规范了职称申报、评审程序，提高了职称评审标准。同年10月22日下发了《艺术、音乐、体育类专业作品及获奖科研工作量折算办法（试行）》，明确规定了艺术、音乐、体育等特殊专业作品及获奖的科研工作量折算办法。在职称评审中进行了代表作省外评审、教学能力教学水平一票否决等，并对业绩材料审核进行了面对面反馈，提高了职称评审的透明度和公信力。2010年，修订了《教学型教授、副教授专业技术资格条件的暂行规定》《专职学生思想政治教育教师专业技术资格条件的暂行规定》等文件，明确规定教学型教授副教授、思政型教授副教授指标单列，并适当降低学术要求，重点考虑工作实绩，进一步调动广大基础课教师以及思政教师的工作积极性。同时，修订了《专业技术资格条件》。
2010年，根据《江西省人民政府办公厅转发省人力资源和社会保障厅省财政厅〈关于江西省省直其他事业单位绩效工资实施意见〉的通知》文件精神，学校制定了《南昌航空大学绩效工资管理办法》《校聘教学科研岗聘任办法（修订稿）》《教学科研人员考核办法（修订稿）》《教学工作量计算办法（修订稿）》《科研工作量计算办法(修订稿)》《教学科研岗管理工作量计算办法（试行）》《专职实验人员工作职责及考核办法（试行）》《管理人员、技术服务人员、工勤人员考核办法（修订稿）》等8个文件。2011年6月19日，学校教职工代表大会审议并表决通过。同年7月1日，学校召开绩效工资实施工作会进行了动员部署；7月13日，完成校聘教学科研岗的评审；7月20日，完成对非教学科研岗人员的审核；7月23日前各学院召开教职工代表大会讨论通过本学院绩效工资改革方案；8月15日前各学院完成院聘岗人员的岗位竞聘工作；9月兑现绩效工资。
进一步加强师德师风建设
2000年，学校制定《职业道德行为规范》，在教师中开展“讲学习、讲师德、讲师能”活动，突出思想道德建设，强化职业道德教育，提高环境美化意识，丰富了校园文化生活，促进了教风学风建设。同年9月，学校首次开展在全校大学生中投票评选“受学生欢迎的老师”活动，校报第465期公布学生会的统计结果。开展评选“昌航之春教学奖” 和“十佳优秀教师”等活动。2002年6月18日，学校举行首届“昌航之春”奖教金颁奖仪式，该奖教金的设立者曹春晓院士亲自为获奖者颁奖。获奖者是电子系万光逵、测控系黎明、教务处刘永立，此后每年评选一次。2010年10月，修订《“昌航之春奖”评选办法》，进一步完善了评审标准和流程。通过评选“昌航之春教学奖”和“十佳优秀教师”等活动，大力弘扬和宣传了优秀教师的先进事迹，对他们进行表彰和奖励，对于激励全校教师不断进取，为培养更多的优秀人才，为学校的发展而建功立业，发挥了积极的作用。
全校教职工热爱教育事业，勤奋工作，在人才培养和科学研究等方面都取得了可喜的成绩，涌现了一批先进个人。如，2001年4月，柯黎明荣获全国五一劳动奖章和江西省五一劳动奖章。2004年9月，黎明获“全国模范教师”称号；陈益平获第三届江西省师德先进个人。2007年，鲁世强获全国优秀教师称号；万雄获江西青年五四奖章。2008年，易青获第五届江西省师德先进个人。2009年，李康平当选全国模范教师及全国教育系统先进工作者；邢丽获得“全国三八红旗手”称号。2010年，张少钦获第六届江西省师德标兵。
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