2025年1月14日
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在生物学研究领域，CRISPR筛选作为一种功能强大的发现工具，已广泛用于药物靶点的发现和确认。联合使用细胞适应性或存活率等读出方式，它在基因组范围内进行合并筛选时，展现出显著优势且易于操作。然而，这类筛选在揭示复杂分子机制方面提供的信息通常有限。相比之下，阵列筛选可结合信息丰富的读出方式，但往往难以广泛使用且成本高昂。Perturb-seq（扰动测序）/CROP-seq（CROP测序）筛选技术则是一种极具吸引力的替代方案，它结合了具有高通量读出的CRISPR扰动和单细胞RNA测序，能够研究数千种CRISPR扰动效应。
本研究介绍了一种基于全基因组CROP-seq筛选的方法，用于鉴定与THP1衍生巨噬细胞极化相关的基因。在本研究中，将M0巨噬细胞分化为M1亚型，后者可分泌促炎细胞因子、吞噬微生物并启动免疫应答。本研究采用了compressed CROP-seq策略，将多个sgRNA加载到细胞中，以提高通量，随后对表型结果进行解卷积分析。通过单细胞RNA测序评估巨噬细胞的极化过程，重点关注395种预定义的mRNA标志物。研究结果确定了M1极化的关键调控因子，包括TLR4、INFGR1、JAK1和TYK2。此外，考虑到巨噬细胞可通过复杂的表面受体感知微环境刺激，并调控免疫应答，本研究还将CITE-Seq纳入筛选工作流程。
总体而言，本次实验证实了全基因组CROP-seq筛选的可行性，并为后续利用此技术进行无偏倚药物靶点发现工作奠定了坚实基础。
