蛋白质-蛋白质相互作用是几乎所有生物过程的基础,理解控制这些相互作用的分子机制,对于生物医学科学的进步,是至关重要的。人工智能驱动的计算工具,有助于重塑结构生物学的方法。然而,模型数据通常需要经验验证。因此,大规模的预测建模数据,将受益于蛋白质-蛋白质相互作用的高通量生化表征的优化方法。
生物膜层干涉测量法Biolayer interferometry是确定生物分子相互作用速率(称为动力学)的极少数方法之一,并且在常用动力学测量技术中,最适合于高通量实验设计。近日,美国 俄勒冈健康与科学大学(Oregon Health and Science University)Timothy A. Bates,Fikadu G. Tafesse等,在Nature Protocols上发文,逐步说明了如何使用生物膜层干涉测量法进行动力学实验。还描述了竞争法和表位分析实验的基础和执行,这对于抗体和纳米抗体筛选应用特别有用。该程序需要3小时才能完成,适用于对生化技术经验较少的用户。Biolayer interferometry for measuring the kinetics of protein–protein interactions and nanobody binding. 生物膜层干涉测量法,用于测量蛋白质-蛋白质相互作用和纳米体结合动力学。
图1: 生物膜层干涉biolayer interferometry,BLI测量的物理基础。
图2: 示例样本输入窗口。
图4: 从试点实验中,选择Kd估计的理想曲线。
图5: 表位分析Epitope binning实例。
图6: 普通感测图结果的示例数据。
Bates, T.A., Gurmessa, S.K., Weinstein, J.B. et al. Biolayer interferometry for measuring the kinetics of protein–protein interactions and nanobody binding. Nat Protoc (2024). https://doi.org/10.1038/s41596-024-01079-8https://www.nature.com/articles/s41596-024-01079-8声明:仅代表译者观点,如有不科学之处,请在下方留言指正!