微小 RNA 的发现者——安博斯

学术   2024-10-07 19:01   北京  



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2024年诺贝尔生理学或医学奖颁给两位美国科学家Victor Ambros和Gary Ruvkun,表彰他们发现了microRNA及其在转录后基因调控中的作用。Victor Ambros第一个发现了microRNA。




撰文 郭晓强、冯志霞


摘要


微小RNA(microRNA,miRNA)是一类拥有基因调节功能的 RNA,它们仅由 20几个核苷酸构成,通过与靶基因特定互补序列的结合而影响其表达。miRNA 最早于1993年由安博斯在研究线虫发育过程中发现,但未引起科学界的注意,直到 2001 年才掀起研究热潮。miRNA 是当前生命科学领域研究的一个热点,已在多个物种中发现其存在,并参与了多种生理过程,同时也与疾病发生密切相关,有可能在临床疾病诊断和治疗中发挥巨大应用。


微小 RNA(microRNA,miRNA)是一类长约 21~ 23 个核苷酸的非蛋白编码单链 RNA 分子 ,它们广泛存在于线虫、果蝇和人类等物种中。miRNA 可与一种或多种 mRNA 部分序列互补,从而调节某些特定基因的表达,与生命的生长发育密切相关。miRNA 还参与了多种疾病如癌症等的发生过程,成为当前生命科学领域的研究热点 一 。miRNA 最早于1993年由美国著名遗传学家维克托·安博斯(Victor Ambros)和同事发现。




01
线虫研究



1953年,安博斯出生于美国东北部新罕布什尔州的汉诺佛市(Hanover)。1970年,安博斯考入麻省理工学院并于1975 年获得生物学学士学位,在此 期间他对科学充满了极大兴趣,并研究了肿瘤病毒的细胞转化过程。毕业后,安博斯进入麻省理工学院著名的病毒学家巴尔的摩(David Baltimore,1975 年诺贝尔生理学和医学奖获得者)实验室进行博士学习,重点研究天花病毒基因组的结构和复制过程,对深入理解天花病毒的生物学特征具有重要帮助,由于这些工作安博斯于 1979 年获得博士学位。1979 年,安博斯开始寻找博士后,此时在麻省理工学院又遇上另一位著名的分子生物学家霍维茨(H. Robert Horvitz,2002 年诺贝尔生理学与医学奖获得者),并成功加入该研究小组。


霍维茨在英国剑桥 MRC 分子生物学实验室跟随布雷内(Sydney Brenner,2002年诺贝尔生理学与医学奖获得者)进行博士后研究,帮助建立了一种新 的模式动物—线虫作为发育生物学的研究对象。1979 年,霍维茨加入麻省理工学院,同时带回许多线虫突变体,其中之一就是 lin-4 突变体。lin-4 突变体表现出多种发育缺陷,许多细胞在早期幼虫阶段出现反复分裂模式,这造成 lin-4 突变体无法正常产卵。安博斯决定对 lin-4 突变体进行更深入研究,经过筛选获得 3 个新突变,分别为 lin-14、lin-28和 lin-29。这些突变体表型与 lin-4 相似,但存在一定差异,有些缺陷表型提前,有些则滞后,其中最有特色的一个突变体是 lin- 14,它可出现2种表型(提前或滞后),表型差异依赖于等位基因突变造成的是功能缺失还是功能获得,特别显著的是 lin-4 突变体和 lin-14 突变体正好相反。安博斯这些发现不仅鉴定了第 1 批与线虫发育时序调节相关的基因,而且暗示着这些基因间存在着某种关,为深入阐明发育时序机制奠定了基础。


1982 年,鲁弗肯(Gary Ruvkun)加入霍维茨实验室,成为一名博士后,在这里他与安博斯相识,从此 2 位研究人员开始了长期的科研合作,尽管后来他们拥有不同的实验室,这种合作关系却长期保持。安博斯和鲁弗肯都对 lin-4 和 lin-14 感兴趣,因此都对其进行了深入研究。鲁弗肯发现野生型线虫的幼虫早期发育阶段首先出现大量 lin- 14 蛋白,随后该蛋白含量急剧减少,相反 lin-4 突变体却不出现 lin-14 蛋白下降这种变化,安博斯发现 lin-4 可抑制 lin-14 活性,因此可确 定 lin-4 是 lin-14 活性的重要负调节因子。


1985 年,安博斯加入哈佛大学细胞和发育生物学系并获得教授职位,开始了自己的独立研究。在理解了 lin-4 与 lin-14 相互关系的基础上,他决定深入研究二者作用的分子机制。1989 年,安博斯首先克隆了 lin-14 基因,基因克隆在前基因组时代是一件非常艰巨的任务,而 lin-14 基因克隆为进一步理解 lin-4 提供了保证,正是随后的深入研究发现了一类新型 RNA—— miRNA 。




02
miRNA的发现


1992 年,安博斯将实验室搬到位于家乡汉诺佛市的达特茅斯学院(Dartmouth College),成为生物科学教授,他还于 2001 年成为遗传学教授,继续线虫的发育研究。早在哈佛期间,安博斯实验室就开始了 lin-4 基因分离工作,刚开始他认为 lin-4 编码一种蛋白质,通过调节 lin-14 的基因表达而参与线虫发育过程,阻遏蛋白抑制特定靶基因表达而 调节生命过程的现象当时在细菌中已得到充分阐明。安博斯的同事李(Rosalind Lee)和费恩伯姆(Rhonda Feinbaum)首先使用一段短片段 DNA(700  bp)转入线虫lin-4 突变体内,结果线虫发育恢复正常,这意味着该 DNA 片段可能对应 lin-4 基因,然而该 DNA 片段远小于一般蛋白编码基因的长度,且缺乏该类基因的开放阅读框(open reading frame,  ORF),这意味着 lin-4 基因并非编码蛋白质,而可能是 RNA 。1992 年春天,李和费恩伯姆将 lin-4 对应于一个包含 61 个核苷酸且拥有发夹结构的 RNA(lin-4L),不久又检测到一个更小的 RNA(约 22 个核苷酸,lin-4S)也对应 lin-4 基因。当时已知最短的一类 RNA 为 tRNA , 但其大小也在 75 个核 苷酸左右,而现在如此短的 RNA 尚未见报道,因此认为是实验过程的副产物而未引起足够重视,然而随后的实验仍然得到这种结果,使安博斯开始思考 lin-4 基因可能就是编码一段短的 RNA。


与此同时,鲁弗肯实验室对 lin-14 基因分析发现其 3′端上游包含一段保守的非翻译区(un- translated region,UTR)。1992 年 6 月 的一天,安博斯与鲁弗肯通电话过程中谈到自己的最新实验进展,他们惊奇发现安博斯实验室发现 的 lin-4 S 碱基序列与鲁弗肯从 lin-14 中鉴定出的 UTR 正好完全互补,这意味着二者可通过互补配对形成双 ,而双链结构可能通过尚未发现的机制阻碍了 lin-14 基因最终产生蛋白质。1993 年 ,安博斯和同事将这个结果在著名的《Science》上发表,这是人类发现 的第 1 个具有基因调节功能的 RNA 。尽管 lin-4 被证实是一种具有调节作用的 miRNA (仅包含 22 个核苷酸),然而这项发现在当时并没有引起科学界的太大注意,因为这种现象只在线虫中发现,因此被认为是一个特例,科学家还推测考虑到线虫在发育方面的某些特殊性,因此出现一些罕见的基因调节机制也不足为奇。


安博斯和他的实验室继续研究 lin-4 和它的调节靶点及机制。1997 年,安博斯和博士后发现 lin-4 除了调节 lin-14 基因外还可通过类似机制影响另一基 因 lin-28 的表达, 这说 明 lin-4 拥有多个靶点调节基因。2 年后,安博斯的另一个博士后发现 lin-4 可阻断 lin-14 多聚核蛋白体的形成,这说明 lin-4 抑制了 lin-14 的翻译起始过程。


真正掀起miRNA 研究高潮的是 2000 年,鲁弗肯实验室克隆到第 2 个 miRNA—— let-7,并显示其在多个物种如线虫和果蝇中具有保守性,不久安博斯实验室和其他实验室在线虫和其他生物中发现了大量 miRNA , 并且 也 初步阐明这些miRNA产生过程和作用机制,从而展现一个全新的生物内部世界。




03
miRNA发现的重要意义


miRNA 最早是在线虫中鉴定成功,而目前已在多个物种如人类、大鼠、小 鼠、果蝇和拟南芥等发现其广泛存在,且数量众多,已鉴定超过 500 种 的 miRNA,并预测有 1 000 种以上存在,仅人类基因组中就已发现超过 250 个基 因编码 miRNA,控制着大约 1/3 基因的表达。


最早发现 miRNA 在线虫发育时序调节方面发挥重要作用,而现在已鉴定出 miRNA 参与多个生理过程,从细胞增殖到细胞死亡,从造血作用到神经原形成,在胚胎发育、血细胞特化、癌症、肌肉功能、心脏病、病毒感染、神经细胞信号转导和干细胞行为等过程中都发挥着关键性作用。世界各地的多家实验室都在研究 miRNA,这些“微小”分子控制着大量动植物体内基因的表达,miRNA 在序列、结构、含量和表达方式等多个方面拥有多样性 ,使其显示出更为强大和广泛的基因调节功能。miRNA 的发现还丰富了人们对蛋白质合成控制的认识,在 90 年代,科学家还认为只有蛋白质才可控制靶基 因活性,还无法想象 RNA 也可执行如此功能,且生理作用如此广泛 。miRNA  的发现打开了一个生命科学全新的研究领域 , 美国科学联合会将其评为 2002 年的最大科学突破,并授予安博斯和 1993 年 《Science》论文的2位合作者  Newcomb Cleveland 奖。


安博斯由于在 miRNA 发现方面的奠基性贡献而获得了大量的科学荣誉,如 Lewis S. Rosen- stiel 基础医学奖(2005 年),美国遗传学会金奖 (2006  年),Benjamin Franklin  奖(2008),Gairdner 基金会国际奖(2008),Lasker 基础医学奖(2008)和 Warren Triennial 奖(2008)等,安博斯还于 2007 年当选为美国科学院院士。2008年,安博斯进入麻省医学院,成为分子医学教授,目前全面研究 miRNA 的生理作用 , 为深入理解其生理功能、作用机制及临床应用有重要帮助。


主要参考文献

1    Seydoux  G. .  The  2006  Genetics  Society  of  America  Medal.Ge- netics,2006,172(2):721— 722.

2    Ambros  V.,Pettersson  R.F.,Baltimore  D..An  enzymatic activity in  uninfected  cells  that  cleaves  the  linkage  between  poliovirion RNA and the 5 ′ terminal protein.Cell,1978,15(4):1439— 1446.

3    Ambros  V.,  Horvitz  H.R..Heterochronic  mutants  of the  nemat- ode Caenorhabditis elegans.Science,1984,226(4673):409— 416.

4    Ambros  V. .  A  hierarchy  of  regulatory  genes  controls   a  larva- to-adult developmental switch in C. elegans.Cell,  1989,57(1): 49— 57.

5    Lee  R.C.,Feinbaum  R.L.,Ambros V..The C.elegans heterochr- onic gene lin-4 encodes  small  RNAs with  antisense complem- entarity to lin-14.Cell,1993,75(5):843)— 854.

6    Olsen  P.H.,Ambros  V..The  lin-4 regulatory RNA controls de- velopmental   timing   in    Caenorhabditis   elegans    by   blocking   LIN-14  protein  synthesis  after  the  initiation  of  translation.Dev Biol,1999,216(2):671— 680.

7    Ambros  V. .  The  evolution  of   our  thinking  about  micro  RNAs. Nat Med,2008,14(10):1036— 1040.



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