研究背景
宏基因组研究揭示了复杂的微生物相互作用，包括水平基因转移（HGT）和功能冗余（FR），在塑造肠道微生物组的功能和稳定方面的关键作用。已经开发了多种关于HGT事件和FR的分析方法和数据库，但对于肠道微生物这一领域，目前仍缺乏有针对性、全面的数据集成和系统分析方法。
针对这一现状，香港科技大学李帅成团队建立了GutMetaNet，一个包含21567个人类肠道宏基因组样本HGT事件及FR分析的数据库，该成果于2024年8月发表在Nucleic Acids Research上。
研究内容
总结
GutMetaNet是目前唯一针对肠道微生物组整合HGT事件数据和FR状况的数据库。相比HumanMetagenomeDB等其他人类肠道微生物组数据库，GutMetaNet提供了HGT和FR数据，更有利于研究微生物基因组可塑性和肠道生态系统整体功能稳定性之间复杂的相互作用。相比HGTree v2.0等HGT事件数据库，GutMetaNet的数据全部来源于人类肠道微生物组，能够更有针对性地反映肠道微生物组这一特定条件下的HGT网络特征，并且能够与相关的临床数据进行关联，便于研究各种疾病表型与肠道微生物组功能间的联系。
参考文献：
[1] Yiqi Jiang, Yanfei Wang, Lijia Che, Shuo Yang, Xianglilan Zhang, Yu Lin, Yucheng Shi, Nanhe Zou, Shuai Wang, Yuanzheng Zhang, Zicheng Zhao, Shuai Cheng Li, GutMetaNet: an integrated database for exploring horizontal gene transfer and functional redundancy in the human gut microbiome, Nucleic Acids Research, 2024;, gkae1007,https://doi.org/10.1093/nar/gkae1007
编译 | H
编辑 | 泉箫
