对于免疫力正常的人来说，当乙肝病毒入侵血液和肝细胞时，能快速被免疫细胞所杀死。进入血液循环中的乙肝病毒，也会被免疫力抗体中和。
此时肝细胞会不断的受到损伤，会处于轻度慢性肝炎状态。若没有得到及时正确治疗，会发展成慢性活动性乙肝。
若免疫功能失衡，也就是说体内免疫细胞不足以对抗入侵的病毒，免疫细胞不能有效消灭或控制肝细胞内的病毒，以及那些进入血液循环中的病毒。
肝细胞会持续性受到损伤，导致肝功能反复波动或恶化，此阶段多处于慢性肝炎或肝硬化状态。
当免疫功能严重失衡时，免疫细胞不听大脑指挥，会增强特异性细胞免疫反应，让侵入体内的乙肝病毒和感染的肝细胞出现强烈的免疫反应，大量肝细胞快速坏死，细胞免疫功能衰竭，从而导致肝脏大块坏死或萎缩。
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