编者按
生信文章是什么？
公共数据库怎么还能发生信文章？
怨声载道：“我们是医生，科研是科学家的事儿，凭啥子职称要与文章挂钩”、“临床已让我晕头转向，哪里还有时间泡实验”、“经费经费没得，平台平台没得，到底让我咋个拉出文章来”，答：反抗无效，病要看起，文章该搞还得搞起。要啥没啥，咋个搞？
就问，铺天盖地的大数据，现成的“大馅饼”你捡了吗？还没捡的小伙伴，一起来看看咋个捡。
不要人民币，不要实验室，只要你蹭起公共数据库，零成本轻松搞定生信文章。
啥子？公共数据库怎么还能发生信文章？不是搞临床研究的？
那必须可以，扫码加入临床科学家团队的小黑屋SCI公益实战训练营
带你一起飞！
此公共数据库，非彼公共数据库！！！
GEO
GEO晓得是个啥子不？
GEO是目前国际公认收录转录组数据最全的数据库。
长这样：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
在小黑屋，不光是生信文章的精细教学，还有许多其他的科研技能可以学习，比如临床研究等等。
先前一个自学了生信一年多但进展缓慢的本科生，在小黑屋系统培训数月，已经发表了11篇SCI！
好，现在我们且来看看这篇生物信息学文章学习一下。
生物信息学文章
下面内容可能很晦涩，不要紧，慢慢来，多看几遍，也就懂了！！
解剖一下，题目告诉我们干了件啥事：
基于生信分析鉴定到非小细胞肺癌耐厄洛替尼基因MMP1。
拆分一下：
研究对象：非小细胞肺癌（NSCLC）；
方法：生信分析；
结果：耐厄洛替尼基因MMP1。
PICOS原则解剖一下：
P：耐厄洛替尼肺癌患者；
I：无；
C：基因MMP1（这是啥，看不懂，类比白细胞……）；
O：预后；
S：生信分析
如何做这个研究的呢，我们来看看作者的脉络。
Step1. 耐厄洛替尼 NSCLC细胞和组织中有哪些DEGs？参与什么样的生物学功能？
从GEO数据库下载到耐厄洛替尼 NSCLC的两个数据集，分别是GSE80344（细胞芯片）和GSE19188（组织芯片）数据集。
筛选差异表达基因（DEGs），并对DEGs进行GO和KEGG功能注释（Fig.1-2）。
Step2. 核心基因会是哪一个呢？怎么表达的？
GSE80344和GSE19188 DEGs 取交集发现重叠的上调基因MMP1（Fig.3A），验证集GSE69181/80344/38121/7670/10072和GEPIA2数据库证实MMP1在NSCLC (LUAD and LUSC)中高表达（Fig.3B-E）。
GSE50081和GSE31210数据集进行生存分析证实：MMP1高表达降低患者总体生存率（Fig.3F-G）。
Step3. MMP1介导厄洛替尼对NSCLC产生耐药的蛋白有哪些呢？
蛋白/基因互作分析显示，MMP1与20种蛋白/基因密切相关（Fig. 4a）。
其中，有四个基因在多种癌症耐药发生中起关键作用，耐厄洛替尼 数据集GSE80344发现：ITGA2、BSG、TRIP6在NSCLC中低表达，COPS5高表达（Fig. 4b）。
人类蛋白质图谱（HPA）数据库证实：COPS5在NSCLC组织中的蛋白表达水平显著上调Fig. 4c）。
相关性分析发现：MMP1表达与COPS5正相关（Fig.4d）。生存分析证实：MMP1和COPS5同时高表达降低患者总体生存率（Fig.4e）。
故，COPS5可能参与MMP1介导厄洛替尼对NSCLC产生耐药。
Step4. 靶向MMP1介导厄洛替尼对NSCLC产生耐药的转录因子又有哪些呢？
FunRich转录因子预测发现： 转录因子HOXA9、PBX1、JUND、JUNB和JUN靶向结合MMP1，HOXA9和PBX1是多种癌症耐药发生的驱动基因（Fig.5a）。
Step5. MMP1在耐厄洛替尼 NSCLC参与哪些生物学过程呢？
医学本体信息检索平台(Coremine Medical) 发现：MMP1可能通过调节细胞生长、凋亡、蛋白磷酸化和血管生成等介导NSCLC耐药。
总结，作者通过训练集发现MMP1在耐厄洛替尼 NSCLC中 存在表达差异，验证集证实MMP1在耐厄洛替尼 NSCLC中高表达，且可能通过转录因子调控和蛋白互做机制调控细胞生长、凋亡等介导NSCLC对厄洛替尼耐药。
温馨提示：为什么作者分析了MMP1的互做蛋白和转录因子，因为MMP1作为蛋白，上游可被转录因子结合、下游可与蛋白互做，从而调控生物学功能。
仔细读几遍，是不是发现很简单呢？
找到公共数据库的目标人群转录组数据集（别人做的多个研究），找到差异表达趋势相同的基因，进一步分析和验证可能基因的功能，即可完成文章！
这里留下小黑屋的详细介绍，非常建议大家去参加学习！
临床研究一体化解决方案
零基础4个月完成至少1篇SCI
标准化SCI图表自动化生成
临床研究从入门到精通
从“临床医护”成长为“临床科学家”
不管是为了晋升，课题还是自觉兴趣，也不论你是否有任何科研基础，临床科学家都会帮助你达到自己的目标！
欢迎扫描二维码，加入小黑屋一起学习！
更有SCI三大神器，覆盖自动化SCI图表及写作，以及真实世界研究，包圆临床研究从入门到精通！
风锐统计，像风一样自由
临床科学家团队基于R语言开发的全自动临床研究统计作图软件，可以全自动完成SCI发表级别图表。
风锐EDC，搭建自己的数据库
临床科学家团队自主研发的首个真正以临床医护研究需求为导向的智能临床研究电子数据采集系统。
风锐EDC除了具备完成常规临床试验所需的普通EDC系统功能，如在线CRF数据录入、自动逻辑核查，数据同步管理，受试者随访，数据标准化导出等外，更有体现临床科学家团队“一人行速、众人行远”精神的公共变量库、标准CRF表库和既往数据导入等功能，完美对接风锐统计。
另可根据个性化临床试验需求实现定制，与医院数据库等数据对接和智能AI系统硬件数据识别捕获，大幅度提高临床研究效率，真正帮助医护实现临床研究可持续发展。
风锐AI写作，光速成稿SCI文章
还是不会写，别急，写作神器在这里，填空+选择，一键生成，快速成文不再遥不可及，更能一键润色。
既 往 课 程 好 评
每周三，周日，全网免费公益公开课，欢迎组团学习和打卡！step by step，拿下临床研究！
学 员 风 采
临床科学家团队已举行了线上18期小黑屋SCI公益实战训练营，线下47期实战训练营，学员遍布祖国大江南北，帮助无数个迷茫的医护、临床工作者实现SCI文章0的突破，甚至发表一系列SCI文章，申报各类基金，成为行业大牛，来看往期师兄师姐文章及感悟，有图有真相：
田师兄39分的RCT研究：
还有本科师兄一月完稿11篇SCI......
小黑屋的师兄师姐分享文章见刊的喜悦：
欢 迎 加 入 学 习
还在等什么？心动不如行动！
速速加入，一起成为临床科学家！
