亮点文章 | 大豆GS基因家族全基因组鉴定及胁迫响应分析

文摘   科学   2024-10-02 15:00   北京  

大豆GS基因家族全基因组鉴定及胁迫响应分析

武帅,辛燕妮,买春海,穆晓娅,王敏,岳爱琴,赵晋忠,吴慎杰,杜维俊,王利祥

DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0205


植物吸收氮素有三大来源,主要来源是土壤中铵盐和硝酸盐等无机氮,而硝酸盐需要先还原成铵盐才能被进一步利用。氮代谢包含氮素同化、积累和蛋白质合成等,与植物的生长发育和产量品质密切相关。土壤中NO3-和NH4+等形式的无机氮,先被根系吸收后再通过“GS-GOGAT循环”催化生成有机氮形式的谷氨酰胺,才可被植物进一步转化利用。GS是植物体内氮代谢的关键酶,在同化过程中它催化谷氨酸、ATP和NH4+合成谷氨酰胺。植物中GS酶两种主要的GS亚型,一种是细胞质型(GS1), 一种是质体型(GS2)。在植物中GS1与储存氮源和氮素的转移再利用有关,GS2主要参与硝酸还原产生的氨的同化以及光呼吸过程。植物GS1由多个核基因编码,部分成员已经被分离和克隆出来。本试验根据GS在大豆中的分类(GmGS1α1/2GmGS1β1/2GmGS1γ1/2)和染色体上的位置分布重新命名为GmGS1GmGS8。目前关于大豆GS的报道,除了对其成员的分类还发现相比于其他组织部位GmGS3GmGS4GmGS5GmGS6的表达量在根瘤中较高,还通过对蛋白原核表达的功能研究发现,GmGS4主要参与大豆根瘤的氮代谢。

在早期的相关研究中发现,植物GS响应外界环境中铵盐形态的氮素,GS不仅负责植物氮的同化利用,其本身还在mRNA和蛋白水平上响应外界氮刺激。植物中不同物种的GS家族,当受到外界环境中铵盐形态的氮素刺激时,GS各成员具有差异性响应。而在大豆中进行铵盐处理的报道鲜有研究,故用不同浓度的氯化铵作为唯一氮素来源,研究大豆GS基因家族对铵盐的响应具有重要意义

在非生物胁迫中,盐胁迫导致的渗透胁迫是降低全球作物生产率的最主要原因之一,会大大降低农作物的产量。而植物的GS不仅能响应环境中的氮刺激,还在响应盐胁迫方面有着重要作用。大豆起源于中国,作为重要的粮、油、饲兼用作物,对外依存度高是关乎国家粮食安全的战略问题。目前国外已培育出众多优势基因集合的转基因大豆,而我国作为大豆起源国,资源种类丰富,在转基因大豆育种方向上的研究仍有很大发展空间。

近日,《生物技术通报》在线发表了题为大豆GS基因家族全基因组鉴定及胁迫响应分析研究报告本研究通过分析大豆GS基因家族在非生物胁迫下的响应情况,了解大豆在盐胁迫下的氮素营养代谢情况,为盐碱地的大豆栽培种植提供新思路。

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本文主要包括以下几部分内容:    

1 材料与方法
1.1 材料
1.2 方法
2 结果

2.1 大豆GS基因家族的鉴定

2.2 大豆GS基因结构和蛋白理化性质分析

2.3 大豆GS基因保守结构域和基因系统进化分析

2.4 大豆GS启动子顺式作用元件

2.5 大豆GS表达模式分析

2.6 铵盐处理下大豆GS基因RT-qPCR分析

2.7 盐胁迫下大豆GS基因RT-qPCR分析

3 讨论

4 结论








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谷氨酰胺合成酶作为参与和调控氮代谢途径的关键酶,同化铵盐产生的有机氮是植物生长发育所需氮源的主要来源。植物GS主要有两种,GS1通常由多基因编码,已有大部分物种的GS1成员CDNA被克隆和分离出来,并进行了功能上的验证;而GS2一般由单基因编码,主要定位在叶绿体中,发挥生物学功能。在大豆中GS是由一个小的多基因家族编码的,本研究通过共有的保守结构域(PF00120),从全基因组中鉴定出6个GS1成员和2个GS2 成员。8个大豆GmGS具体可以分成4类,包含3类胞质型和1类质体型,且每类GmGS都有2个拷贝。这种基因复制情况与杨树中的GS相似,杨树GS家族没有冗余,其中两个重复的基因表达,其基因表达产物具有相似的代谢作用。基因冗余可能有助于氮代谢的稳态,其功能与环境条件和发育阶段的变化有关。


氮是驱动植物生长和发育的重要元素,以硝态氮(NO3-)和铵态氮(NH4+)为主的无机氮是植物最主要的氮源。硝酸盐需要先被还原为铵盐,才能进一步完成同化过程,相比之下铵盐是更高效的氮源。然而过量的铵盐往往会造成铵毒害,使植物生长受到抑制。植物GS表达不仅有组织器官特异性,还受发育因子和环境中的光、氮、二氧化碳等的影响。此次试验中用不同浓度的氯化铵作为唯一氮素处理,进一步证实大豆GS家族参与铵盐态氮素响应,对整体研究调控大豆生长发育过程具有重要意义。荧光定量qPCR结果表明: 在不同浓度的氯化铵处理后,GmGS1响应高浓度的铵盐,其余GmGS成员都可能主要在后期响应低浓度的铵盐处理。而在低浓度铵盐处理下,后期响应程度最大的是GmGS4GmGS5GmGS7


植物GS能增强抗非生物性胁迫的耐逆性,逆境条件可以刺激植物体内GS的活性和相应基因的表达,从而增强植物的耐受性,而在大豆中GS家族对盐胁迫的响应鲜有研究。在本次大豆GS响应外界环境的研究中继铵处理后,对有显著响应的基因用盐胁迫转录组数据做进一步的筛选,挑选出可能响应盐胁迫的基因GmGS5GmGS7进行盐胁迫响应分析。通过荧光定量qPCR检测基因在根、茎、叶3个不同部位的表达情况,荧光定量qPCR显示:在高盐胁迫处理后,GmGS5在根、茎、叶组织中表达量均下调;GmGS7 在根、茎组织中表达量上调。GmGS7属于质体型GmGS,与拟南芥等质体型GS一样参与盐胁迫响应。


作为非生物胁迫之一的盐胁迫,随着全球盐碱地的不断增加,正逐渐转变成非生物胁迫的主要因素,所以研究大豆GS对逆境胁迫的响应具有重要意义。GmGS7对低铵和高盐胁迫产生应答,不仅为人工选择大豆氮素代谢途径的研究提供新的靶标思路,还可为培育耐盐大豆新品种奠定理论基础,可能对提高大豆品质与产量具有重要意义














从大豆中共鉴定出8个谷氨酰胺合成酶基因(GmGS1-GmGS8)。GmGSs成员均匀地分布8条染色体上,在氨基酸和保守基序方面GmGS1-GmGS6所含数量相同为一类,GmGS7GmGS8所含数量相同为另一类,各类在结构上存在高度的相似。在氯化铵作为唯一氮源的铵盐诱导过程中,响应最显著的是 GmGS4GmGS5GmGS7,受诱导表达上调。在盐胁迫处理中,GmGS7受盐胁迫诱导表达,GmGS5被胁迫抑制。GmGS7在根中不仅响应低浓度铵盐处理,还在盐胁迫前期参与响应。

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