在进行RT-qPCR（实时荧光定量PCR）实验时，确保核酸样本的浓度和纯度是实验成功的关键。蛋白质、苯酚、胍盐等污染物的残留会严重影响实验的准确性，导致Cq值（循环阈值）偏高，甚至产生假阴性结果。MIQE（Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments）指南明确指出，对RNA样本进行质控是确保RT-qPCR结果一致性的重要步骤。
因苯酚吸收光谱跟核酸相同，传统的A260/A280纯度方法无法有效识别核酸中的苯酚污染，可能导致DNA聚合酶或者逆转录酶失活导致假阴性结果，或者以错误的模板量加入qPCR体系导致Cq值虚高。NanoDrop智能污染物分析技术，可以敏感地识别核酸样本中的蛋白、苯酚、胍盐等的污染，并校正给出真实核酸浓度，保障得出高保真度的qPCR结果。
为了验证蛋白质、苯酚等对RT-qPCR结果的影响，Thermo团队向RNA标准品中混入苯酚、TRIzol、BSA 和血红蛋白后，使用 NanoDrop One/One C 分光光度计上的 RNA 应用测量样品。使用NanoDrop Acclaro™智能污染物分析技术提供了原始和校正后的 RNA 浓度。分别使用校正后的浓度和原始浓度将样品稀释至 25 ng/µL 目标浓度，然后上样到 PCR 板上进行RT-qPCR实验。
通过比较对照组（未污染的样品）、掺杂了污染物的样品（Acclaro™校正前后）发现，对照组的Cq值为24，而掺杂TRIzol的样品在未校正前Cq值上升至25.3，但经过校正后，其Cq值又降低至23.8，接近对照组的水平；同样地，掺杂苯酚校正前后的Cq值分别为28.5和26.6；掺杂BSA校正前后的Cq值分别为31.4和27.4；掺杂血红蛋白校正前后的Cq值分别为28.8和27.9。但是污染物消光系数过高（如血红蛋白）将不能触发Acclaro™校正功能，无法对下游实验进行有效修正。结果显示，苯酚、TRIzol和蛋白质等污染物的存在会导致Cq值虚高，但经NanoDrop Acclaro™智能污染物分析校正后可以使用真实的模板浓度构建qPCR体系，使其更接近原始的数据（无污染物存在时的Cq值），从而获得高保真度的RT-qPCR结果。
因此，通过NanoDrop Acclaro™智能污染物分析技术预先确定污染物并报告准确的校正浓度时，可以有效节省时间、节约资源，避免实验失败。它能够在实验早期阶段就发现问题，给实验者提供有关污染物的详细信息，有助于后续的实验优化和结果分析，从而节省了重新实验所需的时间和资源，避免了实验失败，确保了科研工作的顺利进行。
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NanoDrop的优势
☑1-2μL的测量体积
☑8s内给出检测数据
☑Acclaro™智能污染物分析技术
☑更宽的光谱范围，更高的检测上限
☑自动监测液柱的功能
想要了解其他优势，敬请期待或请阅读本公众号的其他文章！
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写在最后
RT-qPCR实验前的核酸质控是确保实验成功的关键步骤。传统的A260/A280纯度方法无法有效识别核酸中的污染物（如苯酚），污染物会导致RNA浓度被高估和Cq值降低。NanoDrop One/OneC的Acclaro™智能污染物分析技术能检测污染物并报告校正后的核酸浓度，有助于实验前优化方案，从而提高实验的准确性和可靠性。
基因有限公司自2004年成为Thermo Fisher公司在中国区的合作伙伴，至今有近20年的合作历史，负责NanoDrop全系列产品线的售前咨询、售后安装、应用培训和维修维护等服务。目前在中国有数万台装机，服务了几十万用户。
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