2024年11月23日，华中农业大学章元明团队在Plant Communications在线发表题为“The integration of quantile regression with 3VmrMLM identifies more QTNs and QTNs-by-environment interactions using SNP and haplotype-based markers”的研究论文。该研究将分位数回归和3VmrMLM整合提出的q3VmrMLM方法显著提高了QTNs及其环境互作的检测功效，q3VmrMLM-Hap也增加了复等位基因和稀有变异的检测功效；与分位数回归关联分析方法相比，首次实现了多基因背景控制；与3VmrMLM相比，将全基因组扫描的Wald检验改为秩得分统计量。
https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.101196
研究背景
研究内容
图1 q3VmrMLM的基本框架
在1439个杂种F1数据的重新分析中，q3VmrMLM（179）检测的异质QTNs数显著多于3VmrMLM（123）、SKAT （27）和iQRAT（29）方法（图2，显示一个关联分析图）；q3VmrMLM-Hap（121）检测的低频QTNs比q3VmrMLM（51）、3VmrMLM（43）、SKAT（11）和iQRAT（12）方法更多；两种新方法共检测到261个前人已报道基因，其中175个已知基因被现有方法检测到，说明新方法与3VmrMLM方法具有互补性。
图2 q3VmrMLM检测的1439个杂种F1抽穗期QTNs和QTN×环境互作
作者简介
参考文献
Sun Wen-Xian, Chang Xiao-Yu, Chen Ying, Zhao Qiong, Zhang Yuan-Ming. The integration of quantile regression with 3VmrMLM identifies more QTNs and QTNs-by-environment interactions using SNP and haplotype-based markers. Plant Communications, available online ** November 2024, 101196
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