Nature Plants| 黄芪甲苷的全生物合成

学术   2024-11-24 18:40   广东  

Nat Plants | 药用三萜类皂苷:黄芪甲苷的全生物合成

黄芪(Astragalus membranaceus)在传统中药中被应用已有超过2,000年的历史。其主要活性三萜皂苷成分,即黄芪甲苷,因其多重健康益处和在医学中的应用而受到极大关注。尽管如此,黄芪甲苷的生物合成机制仍然有待解析。本研究组织了黄芪的染色体水平基因组。通过鉴定到两种影响黄芪甲苷生物合成所需的修饰酶,发现了一个三萜类化合物生物合成基因簇,从而揭示了完整的黄芪甲苷生物合成途径。该生物合成途径的特点是包含一系列选择性的羟基化、环氧化和糖基化反应,这些反应由三种细胞色素P450、一种2-酮戊二酸依赖的双氧水合酶和两种糖基转移酶介导。在烟草中重建这种生物合成机制使得异源合成黄芪甲苷(AG)成为可能。

基于基因组分析含有AmOSC3的生物合成基因簇

利用MGI-SEQ短读长、Oxford Nanopore长读长和高通量染色质构象捕获(Hi-C)技术,获得了黄芪 (2n=18)染色体水平基因组,基因组大小为1.44Gb,BUSCO评估92.44%完整性。典型的萜类化合物生物合成基因簇具有一个标志性的萜类合酶基因,负责在植物中生成萜类骨架的多样性。首先在筛选黄芪基因组中潜在的AG生物合成基因簇时,对负责AG生物合成的对应萜类合酶基因AmOSC3作为一个高优先级靶向基因。因此,在8号染色体上鉴定出了一个包含AmOSC3、一个CYP450evm.model.LG08.328)和一个UGTevm.model.LG08.329)的疑似生物合成基因簇。有趣的是,有针对性的比较基因组分析表明,CYP450/UGT/AmOSC3簇与先前预测的蒙古黄芪中的三萜类基因簇具有同源性,而这两个基因簇仅存在于这两种产生AG的植物中。
在扁豆、黄芪、蒙古黄芪和华南黄芪中,对evm.model.LG08.328evm.model.LG08.329AmOSC3基因的同源性分析

尽管基于组成和分布可能表明其是合适的候选基因,但最终排除了CYP450/UGT/AmOSC3簇作为AG生物合成基因簇的可能性,因为对应的CYP450UGT在所有分析的组织中几乎都存在表达。通过将黄芪的AmOSC3和拟南芥中的AtCPR1转化进高产寡糖酿酒酵母BY-T311中,构建CC-4酵母转化体系。并用于随后对evm.model.LG08.328进行体内功能特性的实验。发酵液的高效液相色谱(HPLC)分析表明,在CC-4中表达evm.model.LG08.328并没有产生任何新产物。同时,在体外酶活性分析显示,evm.model.LG08.329对各种AG的糖基化没有催化活性。不包含AmOSC3和其他必要基因的生物合成基因簇的缺失表明,负责AG生物合成的关键基因可能分散在基因组的其余部分。
图1 | 黄芪甲苷IV的化学结构及其在黄芪中的生物合成途径

AmCYP88D25AmGT11的功能鉴定

基于转录组的基因表达谱分析已被证明对于识别参与天然产物生物合成的候选基因是有效的。鉴于已经确定了许多CYP450在植物中催化四环三萜氧化的酶,在AGs积累最多的黄芪根部显示特异性或高表达的15个CYP450候选基因进行功能分析。HPLC分析显示,在CC-4中研究的15个CYP450候选基因中,AmCYP88D25是唯一导致新产物出现的基因,该产物被鉴定为16-羟基环齿萜醇。因此,确定了AmCYP88D25作为负责AG生物合成途径中的C-16羟基化的氧化酶。
研究发现UGT73家族成员倾向于催化三萜糖苷化。因此进行了全面的系统发育分析以鉴定黄芪中的UGT73基因。在获得的31个UGT73成员中,显示根部优势表达的四个基因(AmGT2AmGT7AmGT9AmGT11)和一个(AmGT72)与功能性特征化的三萜糖苷化UGT21密切相关的基因成功克隆。体外酶活性分析显示,AmGT11AmGT72都能催化3-O-糖苷化,产生黄芪甲苷。值得注意的是,动力学分析显示AmGT11对尿苷二磷酸木糖(UDP-Xyl)的催化效率明显更高于尿苷二磷酸葡萄糖(UDP-Glc),而AmGT72表现出相反的催化性能。从蒙古黄芪中克隆的两个UGTAmmUGT15AmmUGT14,被报道显示具有类似于AmGT11AmGT72的催化特性。由于AG主要是3-O-木糖基化并在根部浓度最高,确定AmGT11最有可能负责3-O-木糖基化,因为它对UDP-Xyl有偏好并具有根部特异性表达。
图2 | AmCYP88D25AmGT11AmGT72AmGT36的基因功能分析。

负责AG生物合成的潜在BGC

AmCYP88D25AmGT11在黄芪染色体上的定位显示它们位于1号染色体上的相邻位置。在靠近AmCYP88D25AmGT11的染色体区域中寻找候选基因,发现两个CYP450基因(AmCYP88D7AmCYP71D756)和两个UGT基因(AmGT36AmGT37)在一个约4Mb的基因组区域内。在豆科植物物种之间进行了比较基因组分析,包括蒺藜苜蓿、黄芪、蒙古黄芪和紫云英显示这个基因簇在所有黄芪物种中均存在,但在蒺藜苜蓿中不存在。在蒙古黄芪中,这个同源簇也在一个约4Mb的区域内,并包含AmCYP88D25AmCYP71D756的一个额外拷贝以及AmGT37的缺失。值得注意的是,先前确定的AmmUGT15(Amm02G011460.1)在这个簇中被观察到,证实了它与AmGT11的同源关系。综合考虑簇内的基因组合以及在黄芪和蒙古黄芪之间观察到的高度同源,可以推断这个基因簇是负责AG生物合成中下游骨架装饰步骤的潜在BGC。
图3 | 参与AG生物合成及基因功能特征的BGC

AmGT36在AG生物合成中的作用

AmGT11AmGT72不同,AmGT36AmGT37都是UGT93家族的成员。尽管它们的氨基酸序列相似性达到97%,但只有AmGT36成功从黄芪的cDNA中克隆。体外酶活性分析显示,AmGT36能够识别3和5作为底物,并通过6-O-葡萄糖基化催化分别从中生成4和1(图2c、e)。进一步的实验评估AmGT11对4的UGT活性。像其同源物AmmUGT1514一样,AmGT11也催化从4生成1(图2f)。这些结果表明,AmGT11AmGT36表现出底物多样性,可能通过两个平行途径完成AG生物合成途径中3的3-O-木糖基化和6-O-葡萄糖基化的过程(图2h)。为了更深入地了解AmGT36的功能,作者进行了对其动力学性质的进一步分析,结果显示5是其优先底物。

AmCYP88D7AmCYP71D756的化合物修饰

在产生2的酵母菌株CC-4中表达AmCYP88D7AmCYP71D756并未检测到任何新产物,这表明AmCYP88D7AmCYP71D756对2没有显示出催化活性。因此转向研究它们在6的修饰中的作用,结果显示6是由AmCYP88D25介导的对2的氧化产物。事实上,当AmCYP88D25AmCYP88D7同时在酵母菌株CC-4中表达时,会导致6,16-二羟基环雄三烯醇(8)的产生和鉴定(图3b)。这表明AmCYP88D7很可能负责对6的C-6位置进行羟基化。
同时表达AmCYP88D25AmCYP71D756,对AmCYP71D756的催化活性进行研究。令人惊讶的是,观察到了6的24,25-二羟基化产物环孕甾三烯酮A(9)的产生(图3b)。因此推测9很可能是24,25-环氧-16-羟基环雄三烯醇(10)的环氧环启动产物。换句话说,AmCYP71D756使用6作为底物,并催化24,25-环氧化生成10。为验证这一假设,使用表达AmCYP71D756的酵母微粒体制备进行了体外酶活性分析,结果显示6被转化为10。
为了进一步了解AmCYP88D7AmCYP71D756之间催化关系的基本逻辑,作者在CC-4中同时表达了所有三种CYP450(包括负责产生6的AmCYP88D25)。令人意外的是,除6、8和9之外没有检测到新产物(图3b)。然而,与仅表达两种CYP450的菌株相比,8和9的产量(通过HPLC峰面积确定)明显较低(图3b)。这意味着AmCYP88D7AmCYP71D756很可能催化10和8的氧化,导致产生可能在酵母中进一步代谢的不稳定产物。
为进一步进行体内功能验证,三种CYP450(以及AmOSC3AtCPR1)在烟草叶片中瞬时过表达,最后检测到环孕三烯醇(11)(图3c),其具有一个24,25-邻二羟基基团。根据类似的推测,认为24,25-环氧-6,16-二羟基环雄三烯醇(12)是AmCYP88D7AmCYP71D756催化6的氧化反应的真正产物,而11是由烟草的内源环氧化酶从12产生。为进一步验证AmCYP88D7AmCYP71D756的功能,使用表达AmCYP88D7AmCYP71D756的酵母进行了体外酶活性分析,结果显示AmCYP88D7AmCYP71D756具有催化活性,分别从10和8生成12(图4a)。这些结果表明AmCYP88D7AmCYP71D756共同作用于通过10和8氧化6(图4a)。
图4 | 烟草中通过瞬时表达重构完整的1生物合成途径

AmOGD1驱动20,24-THF环的形成

AG生物合成途径中剩余的步骤涉及C-20氧化和20,24-THF环的形成。在1号染色体上AG基因簇周围的∼1Mb区域中只观察到一个CYP450基因,且在根中几乎不表达,因此,研究重点转向不同类型的氧化酶。有趣的是,在目标BGC中发现了编码2-酮戊二酸依赖双氧酶的基因AmOGD1,其在根中具有高水平的组织特异性表达(图3a)。通过将其与潜在底物2、6、8、10和12一起结合,显示了AmOGD1的催化活性,且显示12被是AmOGD1的首选底物。因此,AmOGD1很可能负责C-20位置的氧化(图3e),并通过模型系统验证了AmOGD1还介导后续的THF环形成事件,即3的形成通过AmOGD1催化的12的初始C-20羟基化(图3e)。

AG生物合成基因的功能分析

利用上述详细的体内和体外酶活性测定,描绘了完整的AG生物合成途径(图4a)。具体路径为:AmCYP88D25催化2的C-16羟基化生成6,随后作为底物分别由AmCYP88D7AmCYP71D756催化C-6羟基化和C-24,25环氧化形成12。然后,AmOGD1催化12的C-20羟基化,随后进行分子内加成反应生成3。AmGT36AmGT11在并行途径中进一步对3进行糖基化,形成1。
为了进一步验证该途径在植物中的有效性,利用RNA干扰(RNAi)介导的基因沉默来生成黄芪的转基因毛状根,并成功获得了23个独立转化的RNAi株系,分别靶向AmCYP88D25AmCYP88D7AmCYP71D756AmOGD1AmGT11AmGT36。与每个RNAi 株系中目标基因的有效沉默相一致,AGs生产量显著减少。与此同时,在AmCYP71D756-RNAi和AmGT36-RNAi株系中观察到中间体8的显著积累,以及1的类似物。这些发现直接证实了AG生物合成基因所提出的作用,从而确认了植物中推断的AG生物合成途径(图4a)。
The relative content of 1 (blue columns) and AG III (orange columns) in AmCYP88D25-RNAi lines (a), AmCYP88D7-RNAi lines (b), AmCYP71D756-RNAi lines (c), AmOGD1-RNAi lines (d), AmGT11-RNAi lines (e), and AmGT36-RNAi lines (f)

烟草中实现AG生物合成

在确定了负责1生物合成的所有酶(图4a)后,在烟草中重建了完整生物合成途径。在烟草中表达AmOSC3AtCPR1以及本研究中鉴定的所有六种修饰酶后,观察到1的产生(0.293 mg/g植物干重;图4b)。通过过表达上游三萜前体形成途径基因NbtHMGR(烟草的3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因)进一步优化成功将1的产量提高到2.224 mg/g植物干重。
为了解析途径中最后两个糖基转移酶AmGT11AmGT36的确切功能,进行了另一个烟草表达实验,从中将它们摒弃。结果只产生化合物3(图4b)。当重新引入AmGT11时,观察到了生物合成中间体5的积累(图4b)。用AmGT36执行相同实验则导致4的积累(图4b)。单独存在AmGT11AmGT36均导致中间体5和4的积累,但它们的同时表达导致1的形成表明这对在体内展示了一定程度的底物多样性(即它们各自可以接受5和4作为底物)。此外,在表达所有酶或除AmGT36外所有酶的烟草转基因体系中,还检测到了与1相同分子量的产物17(图4b),这表明17可能是烟草内源UGT催化的5的葡糖苷衍生物。
Xu, B., Huang, JP., Peng, G. et al. Total biosynthesis of the medicinal triterpenoid saponin astragalosides. Nat. Plants (2024). https://doi.org/10.1038/s41477-024-01827-4

总结

在这项研究中,作者组装了黄芪的高质量基因组。对包含AmOSC3的BGC进行的进化功能分析显示,该BGC在黄芪和蒙古黄芪中均保守,但没有功能证据表明其参与将中间体2导向AGs。通过结合基因组注释、转录组表达数据、系统发育树分析以及体内和体外酶活性测定的综合方法,确定了氧化酶AmCYP88D25和糖基转移酶AmGT11负责AG生物合成后期阶段。值得注意的是,AmCYP88D25AmGT11的基因组位置发现了一个包含另外三个氧化酶和一个糖基转移酶的BGC,但没有包含标志性三萜合成酶基因AmOSC3或其同源基因。这一发现能够完整阐明黄芪的AG生物合成途径。最后,通过在烟草叶片中成功异源生产出黄芪甲苷。

黄胜雄 研究员


黄胜雄,男,中国科学院昆明植物研究所研究员,课题组长,博士生导师。2007年于中国科学院昆明植物研究所获博士学位,先后在香港赛马会中药研究院、美国威斯康星麦迪逊大学和美国斯克里普斯研究所(The Scripps Research Institute)从事博士后和研究助理工作,现任中国科学院昆明植物研究所·植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室·研究员。其研究方向紧紧围绕天然产物化学这门学科中的核心内容展开,涉及结构新颖的活性天然产物的发现与化学合成、天然产物生物合成途径中酶化学机理和合成生物学。
迄今已在SciencePNAS等国内外主流期刊发表SCI研究论文70余篇,所有文章的总引次数为1145,他引662次。部分研究成果作为研究热点被评述,其中以第一作者发表的JACS论文被美国化学会新闻期刊《C&E News》做了题为“Bleomycin Potency Boost”的专题亮点研究报道。目前主要从事天然产物的发现、生物合成和合成生物学方面的研究。

陈士林 院士


陈士林,中国工程院院士、中国医学科学院学部委员,现任成都中医药大学首席教授、香港浸会大学荣誉教授。兼任CGCM(中药全球化联盟)副主席、中国质量协会中药分会会长、日本东京药科大学客座教授;为教育部“长江学者和创新团队计划”创新团队负责人,曾任中国医学科学院药用植物研究所所长、中国中医科学院中药研究所所长等。担任APSB、Chinese Medicine、CHM、《药学学报》等刊副主编。获得第二届全国创新争先奖章。
陈士林为本草基因组学学科创始人,创建了基于ITS2的中草药DNA条形码鉴定方法体系,完成专著《中国药典中药材DNA条形码标准序列》,从基因层面解决中草药物种真伪鉴定的难题,被评为2016中国十大医学进展;通过全基因组解析提出灵芝为首个中药基原药用模式真菌,被Nature China选为中国最佳研究亮点推介。
完成并发表人参、丹参、赤芝、菊花、卷柏、穿心莲、紫芝、紫苏、黄连、红豆杉等全基因组图谱和相关组学研究,成功培育并获批11个中药材新品种证书或良种证书。主编《本草基因组学》并由科学出版社出版,列为全国高等医药院校规划教材;出版《药用植物分子遗传学》,奠定药用植物分子遗传学基础;完成并编著《中国中药材产地生态适宜性数值区划》,避免中药材盲目引种栽培。获吴阶平医药创新奖、Agilent Thought Leadership Award、诺奖之星等荣誉;获国家科技进步二等奖3项。
发表论文500余篇,包括国际著名期刊Nature Plants,Nature CommunicationsPNAS等,论文被引用3.2万次。H指数86 (Google Scholar),入选Elsevier公布的全球终身科学影响力榜单。
来源:MEPGT

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