微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物，个体微小，结构简单，通常要用光学显微镜和电子显微镜放大约1000倍才能看到，但也有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝等。微生物千姿百态，它们为了自己的生存与繁衍在以自己特有的方式存在着。可能你从没有看见过微生物，但是你可知道，牛奶是怎么变坏的？美酒是如何酿成的？吃下去的食物是如何消化吸收的？田里的秸秆残茬又是怎么变得面目全非，甚至不见踪影的？这些都是微生物的功劳。
土壤中微生物的种类较多，有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很大，1克土壤中就有几亿到几百亿个。大部分土壤微生物对作物生长发育是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响，当然也有那么些不被人喜欢的致病微生物。正是有了土壤微生物的默默耕耘，大地才会有春华秋实的生生不息。那么微生物在土壤中都干些啥呢?
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二、土壤微生物最显著的成效就是分解有机质
土壤微生物最显著的成效就是分解有机质，比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
然后，土壤微生物还可以分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。这些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工厂，将土壤中的矿质肥料加工成作物可以吸收利用的形态。
生物菌肥配合有机肥效果最牛逼！
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有机肥是富含有机质肥料的统称，它主要包括农家肥、人粪尿、各种禽畜类圈肥、各种绿肥、堆肥、农作物秸秆、柴草、落叶、沼肥等，当然也包括商品有机肥。
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植物（包括果树）不能直接吸收利用植物秸秆、落叶杂草、树皮等有机物质，果树吸收利用的是有机物质经过腐熟、分解后形成的腐殖酸、氨基酸等。
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所以严格的说，未经发酵腐熟的人粪尿、各种禽畜粪、树枝、农作物秸秆、柴草落叶等，只能叫做有机物，不是有机肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生长不光需要氮、磷、钾等无机合成营养和矿物质营养，更需要腐殖酸、氨基酸等有机营养。有机营养是连接植物、土壤、土壤微生物和植物营养的纽带，处于植物营养的中心位置。
有机营养的主要作用有
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（1）直接参与植物新陈代谢。植物可以直接吸收简单糖类、氨基酸、腐殖酸等有机物，这些有机物直接参与到植物内部转化、代谢、合成等生物化学过程。
（2）提高矿物质元素有效性和肥料利用率。腐殖酸中大量的有机酸类等，使土壤中难溶性矿物质养分转成可溶，有利于同亲脂性和细胞膜亲和，提高矿物质营养元素的有效性。
（3）提高作物抗性。腐殖酸中水溶性多糖可调节植物细胞质浓度，降低冰点使植物抗寒，生物碱、酸类物质抵御或杀灭病原菌和有害昆虫，增强植物抗病虫能力。
（4）激活、增加土壤有益微生物。腐殖酸为土壤微生物提供了充足的营养，使土壤微生物种群和数量增加。
（5）改善土壤理化性质。腐殖酸中的活性有机物和土壤矿物质形成有机胶体，促使土壤团粒结构形成，可全面改善土壤水、肥、气、热状况。
施用生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤养分的利用效果。生物菌肥可在植物微生物代谢循环中起催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空隙空间，增加土壤生物活性，增强速效性养分的释放，有利于根系生长，提高植物的抗逆性。
生物菌肥与有机肥配合使用效果最好，有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物，另外有机质是微生物的食物，土壤中有机质越多微生物才能活的更好！
有机物为有益微生物提供大量食物，有益微生物促进有机肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促进，取长补短，相互利用，可以改良疏松土壤，提高土壤的透气性、保水性，增强根系的吸收能力，提高肥料利用率，从而降低化肥的施用量。
无机肥料是通过土壤中有机质的分解、转化、间接供作物吸收，而有机质的增加又促进土壤活性的增加，给微生物创造了生存活动、繁殖的空间，反过来生物菌的大量活动又激活了土壤活性，形成对土壤十分有利的良性循环。
随着有机物的增加，作物的抗逆能力也随之增强，同时把土壤中残留下来的无效磷、无效钾变为有效磷和有效钾，供作物吸收利用，这样可减少化学肥的用量，提高肥效，降低成本。
所以“有机肥+生物菌肥”才是比较好的效果！
来源 有机肥农化大全
