中农刘剑锋教授团队发表GENOM PROTEOM BIOINF（IF10.3）：通过猪泛基因组揭示结构变异对缺失遗传力的捕获作用

2024-11-21 11:31 北京

近日，中国农业大学动物科学技术学院刘剑锋团队在国际知名期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics）上在线发表题为《泛基因组分析揭示与猪特性相关的基因变异以及结构变异》（Pangenome Reveals Gene Content Variations and Structural Variants Contributing to Pig Characteristics）原创性研究成果。

研究整体摘要图

研究人员对三个典型的中国地方猪种——梅山猪、通城猪以及莱芜猪进行了从头组装，同时结合目前已有的16个其他猪种的基因组，构建了新的猪泛基因组。该泛基因组中包含了24,087个基因家族，其中47.02%的为核心基因家族。同时研究表明，核心基因家族其在基因表达量、表达品种数量（在多少品种中表达）以及表达广度（在多少个体中表达）要显著高于非核心基因家族。

同时研究人员首次在猪上进行了猪图形泛基因组的应用研究，在利用检测得到的结构变异（SVs）的基础上，通过将猪参考基因组与高质量的353,702个结构变异相结合构建了新的图形泛基因组。对于一套包含了300个个体的基因组、转录组以及宏基因组的多组学数据进行分析发现，使用图形泛基因组检测得到的结构变异计算的基因组亲缘关系矩阵对于18,189个分子性状（包括16,037个表达量的性状和2152个微生物性状）的平均估计遗传力要高于使用单核苷酸突变（SNPs）的估计遗传力。而同时使用SVs与SNPs估计遗传力，其效果要远好于仅使用SNPs（0.56 vs. 0.43）或SVs（0.56 vs. 0.46），表明了新构建的图形泛基因组可以有效地帮助捕获缺失的遗传力。

此外，研究人员通过利用图形泛基因组对亚欧猪种进行选择信号分析，鉴定得到了2424个受到选择的SVs，利用这些SVs检测得到了与免疫、生长性状相关的重要基因（如RSAD2和TBX19）。尤其是TBX19基因启动子区域的新插入，该插入可以显著的改变启动子区域的活性，进而可能调节TBX19基因的表达。该研究不仅为猪重要性状遗传机制的解析提供了新的工具，同时也为利用结构变异及其关联基因进行猪分子设计育种提供了重要的资源。

图形泛基因组捕获缺失遗传力

中国农业大学为论文第一完成单位，动物科技学院刘剑锋教授为论文通讯作者，团队博士后杜恒为论文第一作者，团队博士研究生卓越、硕士研究生卢诗雨、副教授周磊和实验师李婉影为论文合作作者。本研究获得了科技创新2030—重大项目（2023ZD0404405），国家自然科学基金（32272844，32302708），现代农业产业技术体系（CARS-pig-35）以及中国农业大学2115人才培育发展支持计划等资助。

来源：中国农业大学

欢迎投稿！

杂志投稿网站（建议优先采用此方式投稿）：

http://xq.aiijournal.com

杂志邮箱：xqzy@caas.cn

投稿电话：010-82106255、82106253

地址：北京市海淀区中关村南大街12号农业信息研究所《中国畜禽种业》编辑部（100081）

近

期

推

荐

关于开展肉鸡育种工作者公益宣传活动的通知
关于开展畜禽种质资源保护利用专题征稿的通知

《中国畜禽种业》微信公众号顶刊优秀论文征稿启事

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU2NzcwNzMwOQ==&mid=2247527033&idx=1&sn=12ad641e6d2f224a477a07ab06d1b28c

中国畜禽种业

《中国畜禽种业》，国际刊号：ISSN 1673-4556，国内刊号：CN11-5342/S，是中国农业科学院农业信息研究所主办的国内外公开发行的畜牧兽医综合类行业期刊（月刊），已被中国知网收录。

科技部：建立科研诚信“一票否决制”

甘肃农大胡江教授团队研发的“普通牛肉质性状关键基因鉴定及调控机制研究”成果被列为2024年度甘肃省科学技术奖励拟推荐项目

西北农林安小鹏教授团队发表ENVIRON INT（IF=11.1）|| 在奶山羊乳腺发育毒性研究方面取得新进展

文献解读丨利用基因编辑技术可100%控制后代性别

优秀肉牛育种工作者王磊：“匠心”立志“河西牛”

山东农大樊新忠教授团队研发的家兔基因组育种芯片、家兔基因组育种芯片、康大麻色肉兔配套系两项成果填补了兔业的全球空白

文献解读丨利用Cas12iMax进行家畜多基因编辑以提高家畜肌肉产量及抗病能力

安徽农大凌英会教授牵头的羊种质资源创新与利用团队成功开发“皖羊1号育种芯片”

中国农业大学李孟华教授团队发表NAT COMMUN(IF=16.1)|| 山羊T2T基因组组装揭示与绒用性状相关的变异

“久治牦牛”顺利通过国家畜禽遗传资源委员会专家现场核验

农业农村部畜牧兽医局印发《畜牧业应对寒潮暴雪天气技术指导意见（2024版）》

中农刘剑锋教授团队发表GENOM PROTEOM BIOINF（IF10.3）：通过猪泛基因组揭示结构变异对缺失遗传力的捕获作用

农业农村部有关负责人就落实《国务院办公厅关于践行大食物观构建多元化食物供给体系的意见》答记者问

科技部：对短期内发表多篇论文、取得多项专利等成果的，开展实证核验！

文献解读丨利用基因编辑技术可100%控制后代性别

西北农林科技大学党瑞华/姜雨团队发表J GENET GENOMICS（IF=5.8）||组装高质量家驴基因组

最后一个保护品种——甘南牦牛收入国家家畜基因库

祝贺！华西牛新品种培育与联合育种创新应用获北京市科学技术进步奖一等奖

云南红河牛成功通过国家畜禽遗传资源委员会现场核验

张家界白羽乌鸡通过国家畜禽遗传资源委员会审定

辽宁省开展畜禽种业统计调查系统指导和国审白羽肉种鸡推广工作

南农黄克和教授团队发表J NANOBIOTECHNOL (IF=11.4)‖在益生菌来源的胞外囊泡缓解小鼠肠道损伤取得新的进展

《中国畜禽种业》第一届编辑委员会第一次工作会议在北京召开

会议通知 | 第四届国际后备牛大会通知（第三轮）

2024年吉林省整合4775万元资金，在全省范围内实施优质冻精免费发放全覆盖政策

内蒙古自治区农牧业技术推广中心国家区域性畜禽基因库建设项目被推荐申报2025年国家现代种业提升工程项目

2024年第9期文章推荐 || 高温季节对蛋鸡生产性能的影响

国家重点研发计划项目“特色畜禽肉特征品质分析与特征标准研究”年度总结会及推进会顺利召开

山西省支持肉牛奶牛种业基地建设，省级核心育种场、种公牛站、良种扩繁推广场分别一次性补助100万元、60万元、40万元

《贵州省畜禽遗传资源保护利用条例（草案）》通过初次审议并公开征求意见

关于开展《2025全国畜牧业数智化典型案例》征集的通知

中国农业大学呙于明教授团队发表MICROBIOME（IF=17.9）||在肠道微生物调控蛋鸡骨骼发育方面取得重要进展

2024年第9期文章推荐 || 雷山县羊布鲁氏菌病流行病学调查及防控建议

新修订后《国家自然科学基金条例》公布

扬州大学龚道清课题组联合溧阳市农业农村局、溧阳市种畜场成功培育出首批冷冻保种后的溧阳鸡后代

麦尔丹·木盖提任农业农村部副部长

张治礼任农业农村部副部长

全国畜牧总站2024年公开招聘公告

第四轮|关于召开湖羊高质量发展论坛暨第四届湖羊选育与创新利用学术研讨会的通知

中国农大田见晖教授团队发表J ANIM SCI BIOTECHNO（IF6.4）：破解母猪批次化生产中定时输精引发妊娠率下降难题

农业农村部发布2024年度农业“火花技术”名单，5项应用于畜禽领域的智能化技术入围

河南农大校长兼任省农科院院长

2024年第9期文章推荐 || 关于如何加快漾濞县畜禽种业振兴步伐的思考

第十八届中国青年科技奖拟表彰对象公布！两位畜牧、兽医科学出身

农业农村部印发全国智慧农业行动计划(2024—2028 年)

西北农林陈玉林教授团队发表ADV SCI（IF=16.3）||在解析植物提取物调控肠道炎症的作用机制方面取得重要进展

农业农村部：全国智慧农业现场推进会召开

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉