一、空间细胞互作
单细胞推断细胞互作存在缺陷：仅根据配体-受体的表达水平，没有考虑细胞的空间位置关系，可能会导致假阳性结果。细胞互作研究工具有很多，其中有四条标准：更精准，更定制，更深入，更全面。
stLearn: 输入文件包括基因表达数据，H&E染色图像数据和空间位置信息。
CellChat V2
DeepTalk：需要同步输入单细胞RNA和空间转录组数据
空间细胞互作的多种结果展示方式：细胞空间共定位，领域数量统计，细胞距离计算，配受体基因共表达。
二、compartment/TAD/loops 鉴定与注释
三、ATAC差异peaks与motif富集
这一部分主要还是讲了分析过程及可视化。常用MEME/MEME-ChIP这两个工具
常用FIMO工具
常用AME工具
使用Tomtom工具
从JASPAR中下载motif文件
分析完成之后会得到如下结果
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