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用显微镜或解剖镜检查鱼病，称为镜检。镜检是对目检时所确定的病变部位进行的更深化一步的工作。镜检的取材方法和步骤与目检差不多，即先外部后内部。
一、检查方法
检查比较大的病原体，如蠕虫、软体动物幼虫、寄生甲壳动物等，宜用双目解剖镜。检查比较小的寄生虫，需用显微镜。一般采用下述两种方法检查：
1、玻片压缩法。
玻片可用普通的透明玻璃为原料，将原料切割成12×6厘米大小的方块，边缘磨平即可。
检查时将要检查的器官或组织的一部分，或将体表刮下的粘液、肠道中取出的内含物等。
放在玻片上，滴入适量的清水或生理盐水，再用另一玻片将其压成透明的薄层，然后放在显微镜或解剖镜下检查。
检查时要把玻片从左至右或从右至左慢慢地移动，仔细观察，当发现有寄生虫或其胞囊，以及某些可疑的病象时，应停止移动，集中视力，将上面的玻片一点一点地平行移开(不要影响两玻片之间的检查物)，用镊子、解剖针或微吸管等，将要取出的寄生虫或出现可疑病象的组织从薄层中取出，分别放入盛有清水或生理盐水的培养皿中，以待进一步处理(对鳃的检查不宜用此法)。
2、载玻片法。
适用于低倍或高倍显微镜检查。方法是用小剪刀或镊子取一小块组织或一小滴内含物放在一干净的载玻片上，滴入一小滴清水或生理盐水，盖上干净的盖玻片，轻轻地压平后先用低倍镜观察，若发现有寄生虫或可疑现象，再用高倍镜观察。
二、检查步骤
镜检是在目检的基础上进行的，在目检时要将检查的病鱼编号并记录时间、地点、鱼的种名、大小(重量)、年龄和依次目检时发现的病症与疑象，对需要镜检的组织器官或病象再依次镜检。
1．粘液。
粘液中往往有许多肉眼看不到的寄生虫，可用解剖刀刮取体表粘液，用显微镜或解剖镜检查。
2．鼻腔。
用吸管吸取少许清水注入鼻孔中，再将液体吸出，放入培养皿中(要多吸几次)，用低倍显微镜或解剖镜观察。
3．鳃。
目检后用剪刀从左右鳃各剪取第一鳃两端和中间三个点的组织为代表，每点看2个视野。检查粘细菌可取鳃腐烂处旁边的组织，取下后放载玻片上，加清水静置10—15分钟后检查(因为粘细菌离开寄主后会聚集在一起)，容易看到粘细菌。
4．口腔。
用镊子刮取上下颚的粘液在显微镜下检查。若是检查白头白嘴病，刮下吻部周围的粘液也要过10—15分钟后再观察。
5．腹腔。
剖开鱼体，取出所有内脏后用生理盐水自上而下冲洗腹腔，用平皿盛装冲洗液，稍加搅动，倒去上层清水，下沉水与沉淤物用吸管吸到载玻片上，逐次检查。
6．消化道。
目检后将肠道分为前、中、后三段，每段各取—点，用尖的剪在与肠平行的方向剪开一个小切口，用镊子从切口取一小滴内含物放载玻片上。滴上一小滴生理盐水，盖上盖玻片，在显微镜下每个部分同时检查两次。
7．肝脏。
目检后用镊子从肝上取少许组织放于载玻片上，盖上盖玻片轻轻压平，在低倍和高倍显微镜下观察。肝的每一叶要检查两片。
8．胆囊。
取胆囊时要特别小心，切勿弄破，取出后放培养皿中，目检后取一部分胆囊壁放载玻片上，盖上盖玻片，压平，放显微镜下观察。检查胆汁时用吸管吸取胆汁，在镜下作载玻片法检查。
9．肌肉。
剥去皮肤并目检后，先在前、中、后等部分取一小片肌肉放在载玻片上，盖上盖玻片，轻轻压平，在显微镜下观察，再用压缩法检查。
三、镜下观察病原体的计数方法
镜检时，除了解病原体的种类和对寄主的感染率(%)外，还要了解它们对寄主的感染强度，因而对每种病原体的数量要进行统计。
其方法与标准是：细菌：肠炎、烂鳃、蛀鳍、赤皮病、疖疮等按表现的症状，用文字描述。真菌：水霉、鳃霉，按照对器官的比例大小，用文字和数字说明。原生动物：这类病原体用肉眼难于观察到，镜下观察一般也不可能逐个数清，因而采用估计法以“+”来表示，“+”表示有，“++”表示多，“+++”表示很多。
其中：
鞭毛虫、变形虫和孢子虫的孢子，在高倍镜一个视野下有1—20个虫体记“+”号，20—5b个虫体记；“++”号，虫体51个以上记“+++”号，并注明是以孢子计算的。
纤毛虫、吸管虫庄低倍镜一个视野下有1—50个记“+”号，51—100个记“++”号，100个以上记“+++”号。
小瓜虫可按孢子虫的标准统计。
以上每—种统计数，都以任取放大同倍数的3个视野中观察到虫体的均值表示。
四、镜检须注意的事项
1．要用活的或刚死的鱼检查。
由于鱼的死亡，寄生虫也会很快随着死去，且死后往往会改变形状或崩解腐烂，使原来所表现的症状无法文法辨别。
2．检查的鱼要保持湿润。
若鱼体干燥，体表的寄生虫会很快死去，症状也变得不明显或无法辨认。解剖的鱼体和取出的器官也不能干燥，最好用湿布或湿而洁净的白纸盖在上面，保持一定的湿润状态。
3．内脏检查解剖时要保持器官完整。
要小心的将各器官逐一取出并分开放在解剖盘或其它干净的器皿中；对肠道、胆囊、膀胱等器官更要注意，不能有破损。
4．用过的工具要洗净后再用。
每检查完—个器官时，要将使用过的剪刀、镊子和吸管等工具洗干净后，再用于另一器官的检查。
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