七月份总结

文摘   2024-09-30 18:50   中国香港  

七月份总结


以后每个月份的最后一天,我都会为公众号进行一次小小的总结。


第一部分

七月份初的时候,我们总算完成了心心念念的 基因家族分析分析流程,这一套分析流程基于Linux系统调用各种软件,基于Python语言处理了部分数据,R语言进行各种可视化。

整个分析流程包含了丰富的编程知识,是一个学习生物信息学,或者转型为生物信息学的一个很好的系列课程。

我也在思考是否要录制一个视频课程,手把手带大家敲代码,深度的理解数据处理和数据可视化过程中的代码含义。实现初学者快速入门,小白进阶下一段位。

(再议吧,因为时间的确有限)。

基因家族十张图

推文链接:

  1. 进化树
  2. Tree + Domain + Motif + Gene structure 四合一
  3. Tree + Promoter + 统计 三合一
  4. 染色体定位 + 物种内共线性 Circos图
  5. 物种间共线性 Synteny 图
  6. Ka、Ks和Ka/Ks图
  7. GO 功能注释分析
  8. 蛋白质互作图(PPI)
  9. 转录组热图Heatmap(Tree+Heatmap)
  10. qRT-PCR

我们接下来就依次进行一次复习。

上游分析

推文链接:
基因家族分析01_基因家族环境配置和基因组数据的下载
基因家族分析02_hmmsearch筛选基因家族成员
基因家族分析03_blast筛选家族成员
基因家族分析04_hmmsearch&blast结果鉴定、Python自动化爬取家族成员信息

1.进化树可视化

推文链接:

基因家族分析05_序列比对以及进化树的构建和可视化

2.Tree + Domain + Motif + Gene structure 四合一

推文链接:

基因家族分析06_进化树_结构域_motif_基因结构四合一可视化

3.Tree + Promoter + 统计 三合一

推文链接:

基因家族分析流程_09.启动子分析及可视化

4.染色体定位 + 物种内共线性 Circos图

推文链接:

基因家族分析流程07_物种内染色体定位共线性(基因复制)分析及可视化

5.物种间共线性 Synteny 图

推文链接:

基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化

换一个排布方式:

6.Ka、Ks和Ka/Ks图

推文链接:

基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化

7.GO 功能注释分析

推文链接:

基因家族分析流程_10.GO功能注释及可视化

8.蛋白质互作图(PPI)

推文链接:

基因家族分析流程11_蛋白质互作网络PPI

9.转录组热图Heatmap(Tree+Heatmap)

推文链接:

基因家族分析流程_12.基因家族成员转录组及可视化

首先查看基础版热图:

然后再看进阶版热图:

10.qRT-PCR

推文链接:

基因家族分析流程_13.qRT-PCR及可视化


第二部分

七月份中旬的时候,我开启一波R&Python比较学习的打卡活动,奈何,浏览率实在是太低了。由于没人看,我也在思考我这么做的实际意义到底有哪些。至于开或者不开,各位朋友们可以私聊我,我统计统计人数,太少的话,我就弃了

R&Python相关的推文如下:

RPython打卡学习之RPython4DS_01R和Python以及IDE的安装
RPython打卡训练营之RPython4DS_02R和Python基本数据类型
RPython打卡训练营之RPython4DS_03R和Python字符串的处理


第三部分

在模仿中精进数据可视化我会继续持续更新。希望大家能给我一些好看的图片以及附上原文

在模仿中精进数据可视化系列七月推文如下:

在模仿中精进数据可视化_自定义气泡图美化GO_KEGG富集分析的结果

在模仿中精进数据可视化_填坑_上一期推文修改坐标轴颜色


在模仿中精进数据可视化_继续填坑_自定义气泡图美化GO_KEGG富集分析的结果

在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure1进化树

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制发表级基因家族进化树

在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure3进化树

在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure2进化树

虽然看着难看,但是是受限于数据而已,具体代码全是细节,需要细细品味。

在模仿中精进数据可视化_R语言实现微生物物种组成图(叠状柱形图和冲击图)

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制配对连线的进化树

Y叔叔永远的神,这一波就能看出Y树对ggplot2的理解了


在模仿中精进数据可视化_ggplot2绘制高端的对称柱形图


在模仿中精进数据可视化_网络分析及自定义布局可视化

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制ISME中分组_误差棒_统计_柱形图



在模仿中精进数据可视化_从ISME中的热图中掌握分面的细节刻画

在模仿中精进数据可视化_绘制ISME中的带有注释的高质量热图



在模仿中精进数据可视化_不用AI修图完成环状柱形图和柱状图的组合图



在模仿中精进数据可视化_PCoA_NMDS分析及可视化

在模仿中精进数据可视化_使用R&Python爬取数据并且R语言绘制饼图、甜甜圈图和多层饼图




八月!

昨天的推文,使用R&Python爬去数据并且R语言绘制甜甜圈图以单细胞转录组的软件统计为例子,算是给大家一个深度的预告了,单细胞转录组将是八月份的重要主题。从头开始,从零开始,包括了R&Python 相关的scRNA-seq的分析。也算是对我自己学习的一个总结。

在模仿中精进数据可视化_使用R&Python爬取数据并且R语言绘制饼图、甜甜圈图和多层饼图

历史绘图合集


进化树合集


环状图


散点图


基因家族合集

换一个排布方式:

首先查看基础版热图:

然后再看进阶版热图:


基因组共线性


WGCNA ggplot2版本


其他科研绘图


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