基因家族分析流程总结贴-最终章
❝这应该是基因家族分析流程的总结帖。
公众号的往期教程基本上基于R语言和ggplot2绘制了以下的十张图。
每一张图片都包含了高度的定制化，笔者认为完全可以第一步就抓住审稿人的眼睛。
当然，jcvi是Python的软件，但是其实jcvi我用R也可以画，只不过是没有和大家进行展示。
❝毕竟基因家族真的已经发表的太多太多太多了，凭借一手精美的可视化，完全可以抓住审稿人的眼睛。
使用这一整套的分析流程，几乎可以做到3天一个基因家族的分析速度。
以及远超诸多基因家族论文绘图的水平。
❝基因家族目前发的实在是太多了，市面上也有非常优秀的软件
TBtools来去完成以上的分析过程以及可视化。
❝不过，笔者认为：不会写代码的生信分析人员，多多少少有一些说不过去的。
写代码，不仅是自己逐渐提高思考能力，代码功力，也是在收获中获取成就感的很好的途径。
❝希望也期待：更多的硕士生，博士生，可以根据基因家族这个分析流程，彻底完成生物信息分析人员的转型。成为一个真正的数据分析人员。
基因家族十张图
推文链接：
进化树 Tree + Domain + Motif + Gene structure 四合一 Tree + Promoter + 统计 三合一 染色体定位 + 物种内共线性 Circos图 物种间共线性 Synteny 图 Ka、Ks和Ka/Ks图 GO 功能注释分析 蛋白质互作图(PPI) 转录组热图Heatmap（Tree+Heatmap） qRT-PCR
❝我们接下来就依次进行一次复习。
上游分析
推文链接：
基因家族分析01_基因家族环境配置和基因组数据的下载
基因家族分析02_hmmsearch筛选基因家族成员
基因家族分析03_blast筛选家族成员
基因家族分析04_hmmsearch&blast结果鉴定、Python自动化爬取家族成员信息
1.进化树可视化
推文链接：
2.Tree + Domain + Motif + Gene structure 四合一
推文链接：
基因家族分析06_进化树_结构域_motif_基因结构四合一可视化
3.Tree + Promoter + 统计 三合一
推文链接：
4.染色体定位 + 物种内共线性 Circos图
推文链接：
基因家族分析流程07_物种内染色体定位共线性(基因复制)分析及可视化
5.物种间共线性 Synteny 图
推文链接：
基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化
换一个排布方式：
6.Ka、Ks和Ka/Ks图
推文链接：
基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化
7.GO 功能注释分析
推文链接：
8.蛋白质互作图(PPI)
推文链接：
9.转录组热图Heatmap（Tree+Heatmap）
推文链接：
首先查看基础版热图:
然后再看进阶版热图:
10.qRT-PCR
推文链接：
❝基因家族分析流程，以后不会再更新了，因为基本上也就是这样了。我会把所有的分析流程，脚本和代码，以及编程时的思路，总结出一套完整和完善的分析流程，未来出一个视频课程。这也算是我在该领域做出的一点儿微薄的贡献吧。
❝祝大家科研顺利，文章顺利，诸事顺利，一切顺利。
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保证永久有效，每周更新4-6次; 每一期绘图，全以 Project+脚本+注释的形式展示，方便大家进行学习和复现;在 VIP交流群中对各位朋友进行公众号上的答疑;群里的各位小伙伴如有想绘制的图片，也可以在群里发出，我会在公众号上后续进行展示; VIP交流群里还会推出R语言/Python语言的零基础打卡活动，大家一起持续学习，保持学习的状态！进群方式请加小编的联系方式（文末）。
历史绘图合集
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环状图
散点图
基因家族合集
换一个排布方式：
首先查看基础版热图:
然后再看进阶版热图:
基因组共线性
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