七月份总结
❝以后每个月份的最后一天，我都会为公众号进行一次小小的总结。
第一部分
❝七月份初的时候，我们总算完成了心心念念的 基因家族分析分析流程，这一套分析流程基于
Linux系统调用各种软件，基于Python语言处理了部分数据，R语言进行各种可视化。整个分析流程包含了丰富的编程知识，是一个学习生物信息学，或者转型为生物信息学的一个很好的系列课程。
我也在思考是否要录制一个视频课程，手把手带大家敲代码，深度的理解数据处理和数据可视化过程中的代码含义。实现初学者快速入门，小白进阶下一段位。
（再议吧，因为时间的确有限）。
基因家族十张图
推文链接：
进化树 Tree + Domain + Motif + Gene structure 四合一 Tree + Promoter + 统计 三合一 染色体定位 + 物种内共线性 Circos图 物种间共线性 Synteny 图 Ka、Ks和Ka/Ks图 GO 功能注释分析 蛋白质互作图(PPI) 转录组热图Heatmap（Tree+Heatmap） qRT-PCR
❝我们接下来就依次进行一次复习。
上游分析
推文链接：
基因家族分析01_基因家族环境配置和基因组数据的下载
基因家族分析02_hmmsearch筛选基因家族成员
基因家族分析03_blast筛选家族成员
基因家族分析04_hmmsearch&blast结果鉴定、Python自动化爬取家族成员信息
1.进化树可视化
推文链接：
2.Tree + Domain + Motif + Gene structure 四合一
推文链接：
基因家族分析06_进化树_结构域_motif_基因结构四合一可视化
3.Tree + Promoter + 统计 三合一
推文链接：
4.染色体定位 + 物种内共线性 Circos图
推文链接：
基因家族分析流程07_物种内染色体定位共线性(基因复制)分析及可视化
5.物种间共线性 Synteny 图
推文链接：
基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化
换一个排布方式：
6.Ka、Ks和Ka/Ks图
推文链接：
基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化
7.GO 功能注释分析
推文链接：
8.蛋白质互作图(PPI)
推文链接：
9.转录组热图Heatmap（Tree+Heatmap）
推文链接：
首先查看基础版热图:
然后再看进阶版热图:
10.qRT-PCR
推文链接：
第二部分
❝七月份中旬的时候，我开启一波
R&Python比较学习的打卡活动，奈何，浏览率实在是太低了。由于没人看，我也在思考我这么做的实际意义到底有哪些。至于开或者不开，各位朋友们可以私聊我，我统计统计人数，太少的话，我就弃了。
R&Python相关的推文如下：
RPython打卡学习之RPython4DS_01R和Python以及IDE的安装
RPython打卡训练营之RPython4DS_02R和Python基本数据类型
RPython打卡训练营之RPython4DS_03R和Python字符串的处理
第三部分
❝在模仿中精进数据可视化我会继续持续更新。希望大家能给我一些好看的图片以及附上原文。
在模仿中精进数据可视化系列七月推文如下：
在模仿中精进数据可视化_自定义气泡图美化GO_KEGG富集分析的结果
在模仿中精进数据可视化_继续填坑_自定义气泡图美化GO_KEGG富集分析的结果
在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure1进化树
在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制发表级基因家族进化树
在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure3进化树
在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure2进化树
虽然看着难看，但是是受限于数据而已，具体代码全是细节，需要细细品味。
在模仿中精进数据可视化_R语言实现微生物物种组成图（叠状柱形图和冲击图）
在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制配对连线的进化树
Y叔叔永远的神，这一波就能看出Y树对ggplot2的理解了
在模仿中精进数据可视化_R语言绘制ISME中分组_误差棒_统计_柱形图
在模仿中精进数据可视化_从ISME中的热图中掌握分面的细节刻画
在模仿中精进数据可视化_绘制ISME中的带有注释的高质量热图
在模仿中精进数据可视化_不用AI修图完成环状柱形图和柱状图的组合图
在模仿中精进数据可视化_使用R&Python爬取数据并且R语言绘制饼图、甜甜圈图和多层饼图
八月！
❝在模仿中精进数据可视化_使用R&Python爬取数据并且R语言绘制饼图、甜甜圈图和多层饼图昨天的推文，
使用R&Python爬去数据并且R语言绘制甜甜圈图以单细胞转录组的软件统计为例子，算是给大家一个深度的预告了，单细胞转录组将是八月份的重要主题。从头开始，从零开始，包括了R&Python 相关的scRNA-seq的分析。也算是对我自己学习的一个总结。
历史绘图合集
进化树合集
环状图
散点图
基因家族合集
换一个排布方式：
首先查看基础版热图:
然后再看进阶版热图:
基因组共线性
WGCNA ggplot2版本
其他科研绘图
合作、联系和交流
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