📖划重点
青岛中国动物卫生与流行病学中心的团队于2024年2月18日在《Viruses》杂志上发表了题为“Generation of High-Quality African Swine Fever Virus Complete Genome from Field Samples by Next-Generation Sequencing”的文章，评估了利用下一代测序（NGS）技术从临床样本中生成非洲猪瘟病毒（ASFV）全基因组序列的效率。研究者对来自中国辽宁省一起ASF疫情的27头感染猪的34个临床样本（脾脏、淋巴结、肺、肝和血液）进行测序，发现脾脏样本的读数比例显著高于其他组织样本。高病毒载量（Ct < 20）的脾脏样本均达到99.8%的覆盖率。Ct ≥ 20的脾脏样本有一半达到99.8%的覆盖率。血液样本也实现了较高的测序覆盖率。结果表明，从Ct < 20的脾脏或血液样本中可以获得高质量的ASFV全基因组序列。生成的ASFV基因组序列被用于分析中国ASF疫情早期ASFV基因组的系统发育关系，证明了NGS在高效进行ASFV基因组表征方面的应用价值，为疾病控制提供了宝贵信息。
关键词：非洲猪瘟病毒，全基因组测序，临床样本，基因组表征，传染病防治
🔬研究背景
非洲猪瘟 （ASF） 由非洲猪瘟病毒 （ASFV） 引起，是一种致命的家猪和野猪传染性病毒性疾病，它的大流行对全球养猪业造成了严重影响。全基因组测序为病毒株表征、流行病学分析和疫苗开发提供了重要信息。本文从感染现场直接收集临床样本，评估了全基因组测序在生成基因组序列方面的性能。
🧪采样方法
样品采集： 研究选择了2018年10月16日中国辽宁省爆发非洲猪瘟的27只感染猪的34个现场样本，包括脾脏、淋巴结、肺、肝脏和血液样本，每个样品都使用靶向 B646L 基因的实时 PCR 进行检测，Ct值范围从14.73到25.95。
样品前处理：100mg组织样本均质化和离心后，使用200 μL 组织匀浆或血液提取病毒 DNA，建测序文库。
使用 SOAPnuke 过滤低质量读数。使用 BWA 将读数映射到猪参考序列，去除宿主读数。使用 MAQ 将读数映射到 ASFV 参考序列，进行参考序列组装，计算测序深度和覆盖范围。系统发育分析则使用 MAFFT 进行多序列比对，使用 RAxML 构建 ML 系统发育树，使用 Network 软件将编码区的突变用于系统发育网络分析。
1. 脾脏样品的测序效率高于其他组织样品： 与淋巴结和其他组织样品相比，脾脏样品中ASFV读数的比例更高，测序深度更大，更容易获得高质量的基因组序列。
研究表明，NGS是 ASFV全基因组分析的有用工具，也是追踪 ASFV 进化过程的重要工具。脾脏是最高效的样本类型，其次是抗凝全血。高病毒载量的样本可以通过NGS获得高质量的全基因组序列，但在低病毒载量样本中效率显著下降，NGS测序深度需要进一步优化，以提高对低病毒载量样品的测序效率。
1. 系统地评估了 NGS 在不同类型临床样品中生成 ASFV 基因组序列的效率，为 ASFV 基因组测序提供了重要的参考信息。
2. 通过比较不同组织样品和病毒载量对测序效率的影响，确定了获得高质量 ASFV 基因组序列的最佳样品类型和条件。
3. 利用获得的 ASFV 基因组序列进行了系统发育分析，揭示了 ASFV 基因组的进化关系。
4. 提供了对ASFV基因组变异的深入理解，为未来流行病学研究和疫苗开发提供了重要信息。
