📖划重点
江苏大学医学院的团队于2024年9月23日在Cell旗下的《Heliyon》杂志发表了题为“Identification and characterization of multiple novel viruses in fecal samples of ruddy shelducks using viral metagenomics methods”的文章，通过病毒宏基因组学方法，从青海湖的赤麻鸭粪便样本中鉴定和表征了多种新病毒。在赤麻鸭粪便样品中鉴定出的主要病毒是小RNA病毒科、细小病毒科、微病毒科、Vilyaviridae科、星状病毒科和杯状病毒科。其中，两个小RNA病毒基因组已被鉴定为细小病毒科梅格里病毒属的新菌株。此外，还鉴定和表征了感染寄生虫和细菌的病毒。本研究增强了我们对赤麻鸭粪便中病毒群落组成的理解，并强调了病毒进化的动态性，以及持续监测对评估野生动物和公共卫生潜在风险的重要性。
关键词：病毒宏基因组学，Ruddy shelduck 赤麻鸭，小RNA病毒，细小病毒，微病毒，新病毒鉴定，系统发育分析
🔬研究背景
鸭子通常被称为“特洛伊木马”，极易传播致病病毒，而不会表现出明显的疾病迹象。赤麻鸭是一种受国家保护的二级重点野生动物，近年来成为青海湖越冬水鸟中的主要物种。赤麻鸭携带的病毒可能感染人类或其他动物，但对其粪便病毒组的了解有限。病毒宏基因组学方法是一种全面有效的方法，可以用于调查和分析人类和多种动物样品中现有的和新出现的病毒。
🧪采样方法
样品采集： 于2020年12月，从中国西藏自治区日喀则市萨嘎县收集了10只健康赤麻鸭的粪便样品。
样品前处理：将粪便样品与PBS冲液混合，震荡，离心，过滤后将上清液存储在-80°C的条件下。
1. 赤麻鸭粪便病毒组概况：测序产生了437,794个原始序列读段，其中13,211个与病毒蛋白有最佳匹配。病毒种类主要包括小RNA病毒科Picornaviridae（83.6 %）、细小病毒科Parvoviridae（12.4 %）、微病毒科Microviridae（2.5 %）、Vilyaviridae科（0.7 %）、星状病毒科Astroviridae（0.5 %）和杯状病毒科Caliciviridae（0.4 %）。
2. 鉴定出两种新型梅格里病毒，命名为XZDM1和XZDM2，属于细小病毒科梅格里病毒属Megrivirus。
3. 鉴定出一种新型Vilyaviridae病毒，命名为XZCO1，属于Vilyaviridae病毒科Herugrimvirus属的单链 DNA 病毒。
该研究首次揭示了赤麻鸭粪便中的病毒群落组成，并鉴定了多种新型病毒。这些发现强调了病毒进化的动态性，并突出了持续监测以评估对野生动物和公共卫生潜在风险的重要性。未来研究应扩大样本量，并进一步研究这些病毒的致病性和生态学。
1. 采用高通量测序和宏基因组学分析，克服了传统病毒分离培养方法的局限性，且宏基因组比转录组能够更全面地了解病毒组的组成和功能，更利于发现新病毒。
2. 宿主的选取：鸭类极易传播病毒，赤麻鸭又是中国二级保护动物，使得研究立意有一定高度，且粪便采样难度不大，易于操作。
3. 新型病毒的发现：研究成功鉴定出多种新型病毒，丰富了我们对病毒多样性的认识，并为病毒学研究提供了新的研究对象。
4. 还研究了病毒与宿主生态的关系：研究结果表明，病毒群落组成与宿主种类和生态环境密切相关，为进一步研究病毒生态学提供了重要的参考依据。。
