📖划重点
南通大学、江苏大学、哈尔滨大学和农科院联合团队于2024年9月27日在《Genome Biology and Evolution》杂志上发表了题为：“Unveiling the Virome of Wild Birds: Exploring CRESS-DNA Viral Dark Matter”的文章，研究了在中国野生鸟类中CRESS-DNA病毒的多样性。研究收集并分析了来自26个鸟类分科的3404个泄殖腔拭子标本，使用病毒宏基因组学技术探索了“病毒暗物质”。研究发现，67.48%的序列属于病毒暗物质，涵盖了多个分类水平。某些病毒科表现出宿主特异性丰度模式，其中鸡形目显示出最高的多样性。陆地鸟类的多样性高于鸣禽，迁徙鸟类的独特多样性高于栖禽。研究还鉴定了10种新的环病毒科病毒、7种Smacoviridae科病毒、167种Genomoviridae科病毒和100种未分类的CRESS-DNA病毒，扩展了对鸟类相关CRESS-DNA病毒的知识。Rep蛋白的系统发育和结构分析提供了对CRESS-DNA病毒进化关系和潜在功能变异的见解。
关键词：鸟类，禽类，CRESS-DNA，病毒宏基因组学，系统发育，新病毒鉴定
🔬研究背景
人类与野生动物的互动日益频繁，增加了人畜共患病病原体传播到人类群体的风险。鸟类作为重要的迁徙动物，在全球范围内传播病原体。环状复制酶编码单链DNA病毒 (Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA，CRESS-DNA）是一类广泛存在的单链DNA病毒。为了更好地了解病毒多样性及其与疾病的关系，本研究利用病毒宏基因组学技术，对中国野生鸟类的CRESS-DNA病毒进行了探索。
🧪采样方法
样品采集： 收集了中国5个省份的3404个野生和养殖鸟类的泄殖腔拭子样本。
样品前处理：将样本进行过滤和核酸提取，去除细胞成分后收集上清液并储存于-80°C。
1. 病毒组概况: 野生鸟类中存在丰富的病毒群落，共检测到36个病毒科和158个病毒属。其中67.48%的序列被归类为病毒暗物质。
2. 宿主特异性: 某些病毒科表现出宿主特异性丰度模式，例如鸡形目显示出最高的CRESS-DNA病毒多样性。
3. 病毒多样性: 陆生鸟类和迁徙鸟类的CRESS-DNA病毒多样性高于鸣禽和攀禽，而迁徙鸟类与攀禽相比具有独特的多样性。
本研究揭示了中国野生鸟类中CRESS-DNA病毒的多样性，并鉴定了多种新的CRESS-DNA病毒。这些发现为深入理解病毒生态学和进化提供了重要的信息，并为未来研究病毒传播、致病机制和生态影响奠定了基础。未来可以研究的方向包括新鉴定CRESS-DNA病毒的功能和致病机制，及它在鸟类和其他动物中的传播途径，评估它对生态系统的影响，开发针对它的防控策略。
1. 采用高通量测序和宏基因组学分析，克服了传统检测方法的局限性，可以全面地识别和鉴定样品中的病毒序列，更利于发现新病毒。
2. 多组学分析: 结合宏转录组学、宏蛋白组学等分析技术，可以更全面地了解病毒与宿主的相互作用。
3. 利用AlphaFold2等蛋白质结构预测工具，可以揭示病毒蛋白的结构特征，为理解病毒功能和进化提供重要信息。
4. 通过系统发育分析，可以揭示不同病毒之间的进化关系，并推断病毒的起源和传播途径。
