📖划重点
佛山科学技术学院和广州仲恺农学院联合团队于2024年11月8日在《Frontiers in Microbiology》杂志上发表了标题为“Virome of red imported fire ants by metagenomic analysis in Guangdong, southern China”的文章，对广东省红火蚁进行了宏基因组学分析。研究共收集411只红火蚁样品，共发现了17种病毒，包括15种新病毒和2种已知病毒，分属5个科。其中14种具有完整基因组的病毒，3种具有部分基因组的病毒。这些发现为红火蚁的病毒学研究提供了新的信息，并为潜在的生物防治提供了更多选择。
关键词：红火蚁，宏转录组，新病毒鉴定，虫害防治
🔬研究背景
红火蚁（RIFA）自大约25年前入侵中国以来，对人类和动物构成了显著威胁，其叮咬可导致烧伤、严重休克甚至死亡。此外，红火蚁还会破坏生物多样性和生态平衡，对农作物、果园和园艺植物的生产造成干扰。病毒作为一种重要的生物防治剂，在控制红火蚁种群方面具有潜力。然而，目前对红火蚁病毒组的了解仍然有限。
🧪采样方法
样品采集： 2022年9月，研究者从中国广东省揭阳市和云浮市的村庄中收集了蚁巢土壤样本，并在24小时内将样本运送至实验室存储于-80°C。
样品前处理：将红火蚁从巢土中分离，用95%乙醇清洗，并进行形态学鉴定和16S rRNA基因测序确认物种。用PBS洗涤后均质化，离心后收集上清液进行RNA提取。
提取RNA，去除rRNA后，对RNA进行逆转录，制备文库，使用Illumina平台进行高通量测序。通过FASTP进行接头和质量修剪，Megahit进行de novo 组装，通过diamond BLASTX程序与nr数据库比较。通过SeqMan程序合并确认的病毒序列。进行RT-PCR以填充空白并验证已获得的序列，并通过5′/3′ RACE kits确定目标病毒的基因组末端。使用Bowtie 2进行mapping，查看组装结果。根据病毒的核苷酸（nt）和氨基酸（aa）进行分类，鉴定新病毒种。通过MAFFT确定参考病毒序列的系统发育关系，并使用PhyML基于最大似然方法构建系统发育树。
1. 共收集432只蚂蚁，其中411只确认为红火蚁。RNA库构建和测序产生了85,900,504对干净reads，其中79,054为病毒reads，组装成95个病毒contigs。
2. 共获得17种病毒的基因组，包括15种未知病毒和2种已知病毒。其中14种具有完整基因组，3种具有部分基因组。
本研究揭示了广东省红火蚁的病毒组，为寻找潜在的生物防治剂提供了新的思路。与之前在美国进行的类似研究相比，本研究发现的红火蚁病毒种类更多，表明不同地区红火蚁的病毒组存在差异。这为控制红火蚁提供了更多选择，并为深入研究红火蚁病毒与宿主之间的关系奠定了基础。
1. 本研究采用了宏转录组测序技术，能够全面地揭示红火蚁的病毒组，并发现新型病毒。
2. 通过系统发育分析，本研究确定了红火蚁病毒的分类和进化关系，为深入了解红火蚁病毒提供了重要信息。
3. 本研究发现了多种新型病毒，为寻找潜在的生物防治剂提供了新的候选对象。
