有机合成基础是基元反应是对官能团转变的灵活记忆和应用，此外人名反应在路线设计中也起到了举足轻重的作用，像Michael加成反应，Aldol反应，Tsujui Trost反应，Wacker氧化，NHK反应，Takai反应，Claisen重排，Dieckmann缩合，RCM反应，Wittig反应，Sharpless系列反应，格式反应，Barton系列自由基反应，导向锂化反应，吲哚系列人名反应，喹啉系列人名反应，Cope反应，Beckman反应等等。
涉及到官能团的转化，例如羰基，羟基，氨基，硝基，羧酸，双键，三件，酰胺，缩醛，硼酯，硼酸，锡试剂，金属试剂等等参与的反应。
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