在过去的几年里，定量显微镜的工作流程发生了巨大的变化，随着深度学习的出现，工作流程逐渐变得更加复杂。复杂显微镜数据的三维分割等长期存在的挑战，终于可得到解决，新的成像模式，在分辨率和采集速度方面，都打破了记录，每天产生千兆字节（如果不是兆兆字节的话）的数据。随着生物图像BioImage工作流程的转变，高效编排和数据管理的需求不断增加，这就需要多工具互操作性和跨专用计算资源的能力。然而，现有解决方案，在灵活性和可伸缩性方面，仍然受到限制，并且通常局限于离线分析。
今日，法国 波尔多大学（University of Bordeaux）Johannes Roos，Jean-Baptiste Sibarita等，在Nature Methods上发文，报道了Arkitekt，这是用户和BioImage应用程序之间的开源静态网站生成器middleman，可实时实现复杂的定量显微镜工作流程。
从而以可靠和有效的方式，在本地或远程编排流行的生物图像软件。不仅包括可视化和分析模块，还包括执行源代码和试点采集软件的机制，使“智能显微镜smart microscopy”成为现实。
Arkitekt: streaming analysis and real-time workflows for microscopy.Arkitekt：显微镜的流式分析和实时工作流程。![]()
图1:Arkitekt平台的核心设计，成为实时显微实验和流式分析工作流程的静态网站生成器middleman。![]()
图2:在单台计算机上，交互式分析工作流中的代理Arkitekt。![]()
图3:Arkitekt促进了多台计算机上的并行工作流。![]()
Roos, J., Bancelin, S., Delaire, T. et al. Arkitekt: streaming analysis and real-time workflows for microscopy. Nat Methods (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02404-5https://www.nature.com/articles/s41592-024-02404-5声明：仅代表译者观点，如有不科学之处，请在下方留言指正！
