tidyplots学习超详细注释版-基于Cursor-(3)

文摘   2024-11-29 00:03   北京  
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教程地址:https://jbengler.github.io/tidyplots/articles/tidyplots.html#remove

删除

除了添加绘图元素之外,您可能还想删除绘图的某些部分。这可以通过remove_*()函数系列来实现。例如,您可能想要删除颜色图例标题,或者在某些罕见的情况下甚至是整个y轴


# 使用管道操作符 %>% 将study数据集传递给后续函数
study %>% 
  # 创建基础散点图
  # x轴为group(分组)变量
  # y轴为score(得分)变量
  # 根据dose(剂量)变量设置颜色
  tidyplot(x = group, y = score, color = dose) %>% 
  # 添加原始数据点
  # 将每个样本的实际观测值以点的形式展示
  add_data_points() %>% 
  # 添加均值虚线
  # 用虚线标记各组的平均表达水平
  add_mean_dash() %>% 
  # 添加标准误误差棒
  # 在均值处添加误差棒表示标准误范围
  add_sem_errorbar() %>% 
  # 移除图例标题
  # 简化图例显示
  remove_legend_title() %>% 
  # 移除y轴
  # 简化图形显示
  remove_y_axis()
remove系列函数

调整

组装绘图后,您通常希望调整一些关于绘图或其组件如何显示的细节。对于这项任务,tidyplots提供了许多adjust_*()函数。

初始图片


# 使用管道操作符 %>% 将study数据集传递给后续函数
study %>% 
  # 创建基础散点图
  # x轴为treatment(处理)变量
  # y轴为score(得分)变量
  # 根据treatment变量设置不同颜色区分不同处理组
  tidyplot(x = treatment, y = score, color = treatment) %>% 
  # 添加原始数据点
  # 将每个样本的实际观测值以点的形式展示
  add_data_points() %>% 
  # 添加均值条形
  # 用半透明(alpha=0.4)的条形表示各组的平均值
  add_mean_bar(alpha = 0.4) %>% 
  # 添加标准误误差棒
  # 在均值处添加误差棒表示标准误范围
  add_sem_errorbar()

在为论文准备图形时,您可能需要确保所有图形的大小一致。tidyplots中的默认值是宽度为50毫米,高度为50毫米。请注意,这些值指的是绘图区域的大小,即由x轴和y轴包围的区域。因此,图标、标题和图例不计入绘图区域大小。

这是完美的,以实现一致的外观,这是最容易做到的,通过选择一个一致的高度在不同的图像上,而宽度可以变化-待定的类别数量在x轴


  # 使用管道操作符 %>% 将study数据集传递给后续函数
  study %>% 
  # 创建基础散点图
  # x轴为treatment(处理)变量
  # y轴为score(得分)变量
  # 根据treatment变量设置不同颜色区分不同处理组
  tidyplot(x = treatment, y = score, color = treatment) %>% 
  # 添加蜂群图形式的数据点
  # shape=1设置点的形状为空心圆形
  # 蜂群图可以更好地展示数据分布,避免点的重叠
  add_data_points_beeswarm(shape = 1) %>%
  # 添加均值条形
  # alpha=0.4设置条形的透明度为0.4
  # 用半透明的条形表示各组的平均值
  add_mean_bar(alpha = 0.4) %>% 
  # 添加标准误误差棒
  # 在均值处添加误差棒表示标准误范围
  add_sem_errorbar() %>% 
  # 调整图形大小
  # 将图形宽度和高度都设置为20个单位
  adjust_size(width = 20, height = 20)

另一个常见的调整是改变题目、轴或图例的标题。为此,我们将使用函数adjust_title()和朋友。


  # 使用管道操作符 %>% 将study数据集传递给后续函数
  study %>% 
  # 创建基础散点图
  # x轴为treatment(处理)变量
  # y轴为score(得分)变量
  # 根据treatment变量设置不同颜色区分不同处理组
  tidyplot(x = treatment, y = score, color = treatment) %>% 
  # 添加原始数据点
  # 将每个样本的实际观测值以点的形式展示
  add_data_points() %>% 
  # 添加均值条形
  # 用半透明(alpha=0.4)的条形表示各组的平均值
  add_mean_bar(alpha = 0.4) %>% 
  # 添加标准误误差棒
  # 在均值处添加误差棒表示标准误范围
  add_sem_errorbar() %>% 
  # 设置图表标题
  adjust_title("This is my fantastic plot title") %>%
  # 设置x轴标题为"Treatment group"
  adjust_x_axis_title("Treatment group") %>%
  # 设置y轴标题为"Disease score"
  adjust_y_axis_title("Disease score") %>%
  # 移除图例标题
  adjust_legend_title("") %>%
  # 添加图表说明文字
  adjust_caption("Here goes the caption")

请注意,我通过将图例标题设置为空字符串adjust_legend_title("")来删除它。这是remove_legend_title()的替代方法,但是结果并不完全相同。我相信你会找到区别的。

另一个常见的任务是调整绘图中的颜色。您可以使用adjust_colors()函数来做到这一点。


  # 使用管道操作符 %>% 将study数据集传递给后续函数
  study %>% 
  # 创建基础散点图
  # x轴为treatment(处理)变量
  # y轴为score(得分)变量
  # 根据treatment变量设置不同颜色区分不同处理组
  tidyplot(x = treatment, y = score, color = treatment) %>% 
  # 添加原始数据点
  # 将每个样本的实际观测值以点的形式展示
  add_data_points() %>% 
  # 添加均值条形
  # 用半透明(alpha=0.4)的条形表示各组的平均值
  add_mean_bar(alpha = 0.4) %>% 
  # 添加标准误误差棒
  # 在均值处添加误差棒表示标准误范围
  add_sem_errorbar() %>% 
  # 调整图形颜色
  # 为不同处理组设置自定义的颜色:
  # - 紫色(#644296)
  # - 橙色(#F08533)
  # - 蓝色(#3B78B0)
  # - 红色(#D1352C)
  adjust_colors(new_colors = c("#644296","#F08533","#3B78B0""#D1352C"))

您还可以使用tidyplots中内置的配色方案。要了解有关这些配色方案的更多信息,请查看文章配色方案。

https://jbengler.github.io/tidyplots/articles/Color-schemes.html


  # 使用管道操作符 %>% 将study数据集传递给后续函数
  study %>% 
  # 创建基础散点图
  # x轴为treatment(处理)变量
  # y轴为score(得分)变量
  # 根据treatment变量设置不同颜色区分不同处理组
  tidyplot(x = treatment, y = score, color = treatment) %>% 
  # 添加原始数据点
  # 将每个样本的实际观测值以点的形式展示
  add_data_points() %>% 
  # 添加均值条形
  # 用半透明(alpha=0.4)的条形表示各组的平均值
  add_mean_bar(alpha = 0.4) %>% 
  # 添加标准误误差棒
  # 在均值处添加误差棒表示标准误范围
  add_sem_errorbar() %>% 
  # 使用海边主题配色方案设置不同处理组的颜色
  adjust_colors(new_colors = colors_discrete_seaside)
配色方案

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灵活胖子的科研进步之路
医学博士,R语言及Python爱好者,科研方向为真实世界研究,生信分析与人工智能研究。
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