1 在有机相与水相混合之后测量pH
pH计是经过校准专门用来准确测定水溶液的pH值的，因为校准用的缓冲液是水溶液。如果用来测量混合了有机相的流动相，结果会有所偏差。不过最重要的是测量要保持一致性。如果习惯于混合之后再测pH，也是可以的，只是在发表方法的时候要注明以便别人按同样的方法测量。
2 不使用缓冲液
缓冲液是用来保持特定的pH值并缓冲pH值的变化的。很多因素例如样品基质、空气中的CO2、甚至实验用水的来源都有可能改变流动相的pH值并造成保留时间的漂移和峰形的变化。（甲酸和TFA并不是缓冲液）
3 缓冲体系选择错误
缓冲盐的最优pH区间一般是±1pH。超出这个范围缓冲能力急剧下降。所以在选择缓冲体系的时候要注意体系的pH适用区间包含你所需要的pH。
4 将缓冲液加入有机溶剂
当混合流动相的时候，将缓冲液加入有机溶剂可能会导致缓冲盐析出的问题，很多情况下析出的的晶体非常微小，肉眼观察不到，但是会对泵和柱子造成伤害。所以，需要混合流动相的时候，要反过来，将有机相加入缓冲液中，大多数情况下可以避免缓冲盐析出的问题。
5 用泵混合有机相和水相
虽然新一代的泵能够非常有效非常精确的混合流动相和在线脱气，但是并不是所有人都在用最新的仪器，在有些实验室里，超过二十年的仪器也依然在发挥作用。所以，在较老的仪器上，预混合有机相和水相并且用单通道100%的模式可能会有助于减小极限波动和降低同种方法在不同仪器之间的差异。
6 没有使用正确的酸碱来调整缓冲液的pH值
请使用中和后能够生成相应的盐的酸碱调整缓冲液的pH值。例如磷酸钠盐缓冲液只能使用磷酸和氢氧化钠调节pH值，而不能使用盐酸或氢氧化钾。
7 缓冲液配制信息不充分，例如：称取5g 磷酸钠溶解进1000ml水中
缓冲盐的类型（例如磷酸二氢钠，磷酸氢二钠，磷酸钠）决定了他们的适用pH区间。摩尔浓度决定了缓冲液的强度。所以一定要说清楚用的具体是什么盐，缓冲液的摩尔浓度是多少。
8 在不确定HPLC系统的管路中的液体类型的情况下就直接转换成有机相
如果前次运行管路A中是缓冲盐，那么直接将其用在有机相中极有可能造成缓冲盐析出并堵塞和损坏泵以及相应的管路。所以如果不确定就要在使用前用高水相体系冲洗。
9 为了用尽最后一点流动相，倾斜放置溶剂瓶
在试验中我们经常会遇到这种情况：样品马上就要测完了，可是流动相液快要见底了。这时候很多人会选择用最后一点流动相勉强完成实验或者倾斜溶剂瓶以便管路更好的吸取最后一点流动相。这种做法是不可取的，且不说有空气进入系统的麻烦，流动相成分的改变就会导致很大的误差。在试验过程中，流动相中的有机相会挥发一部分，所以刚配好的流动相与用了一段时间的流动相会有微小的差异。一般情况下影响不大，随着剩余溶剂的减少，这个影响是会积累的，所以，不要太抠门了。
10 超声脱气
超声波具有热效应，用超声波脱气，特别是长时间脱气，可能会加速有机溶剂的挥发，造成流动相比例变化。所以可以在过滤完流动相的时候，保持真空泵运行五分钟再倒出流动相。这样，过滤和脱气就能一步到位。
注：以上有些经验只适用于预混合的流动相，比如9和10。
来源：分析化学
