欢迎来到雪梨的生信套路！进行SCI投稿时，经常有朋友面对这种情况：苦于硬件设备或自身技术，多组学分析的工作量卷不过别人；转头想做一个纯孟德尔的研究，发现“山头”都被占了，最后两种方向都发不出文。别放弃！再来看看这两种思路结合的成果吧——不做湿实验也能发10+SCI的思路谁不爱呀！
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像今天介绍的这篇发表在Brain（IF=10.6，医学1区Top）上的文章，属于第一项在肌萎缩侧索硬化症（ALS）中确定特定微生物组与血浆代谢物相关性的研究。曾经绊住大家的创新性不足，这不就巧妙地解决了嘛！从一篇10+优秀文献中我们都可以get哪些思路呢？就来一起看看吧。
Gut microbiome correlates with plasma lipids in amyotrophic lateral sclerosis
肠道微生物群与肌萎缩侧索硬化症患者血浆脂质的相关性
期刊：Brain
IF：10.6
发布时间：2023/09/18
研究设计
本研究纵向分析了ALS患者肠道微生物组的变化，并使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）和双向正交偏最小二乘判别分析（O2PLS-DA）整合微生物组与代谢物数据，运用孟德尔随机化（MR）方法探讨代谢物与ALS之间的潜在因果关系。
我只知道“机制不明，肠道菌群”，为什么选择肠道微生物组结合血浆代谢组呢？
目前对肌萎缩侧索硬化症（ALS）的病理生理学尚不完全清楚。人类胃肠道中的微生物通过肠-脑轴等途径与宿主进行双向交流，微生物组和细菌衍生的代谢物在宿主体内发挥包括免疫调节、代谢平衡等一系列重要的调节作用。宿主疾病（包括ALS）期间，微生物群落失衡，会发生菌群失调。过往虽然有研究ALS患者肠道微生物组和血浆代谢物组的论文分别发表，人们关于肠道微生物与血浆代谢物之间的相关性却知之甚少。而这种相关性可以确定强有力的疾病生物标志物，并可能揭示其机理。
那么，ALS病例组的肠道微生物组和血浆代谢组与对照组相比，发生了哪些变化呢？
总体而言，与对照组相比，ALS 病例中各系统的微生物结构是不同的，即使是按发病节段划分也是如此。研究团队进而在更细粒度的微生物信息水平上，根据病例/对照状态检查了菌属和显著扩增子序列（ASV）的差异。最后，通过两组患者的肠道微生物群KEGG富集分析，推断元基因通路。在ALS中具有高度代表性的11条通路包括与脂质代谢、氨基酸代谢与讲解有关的通路。
研究团队之前对一组ALS患者和对照组患者进行了非靶向代谢组学研究，发现与疾病状态有关的失调循环代谢物尤其包括脂质。接下来的代谢组学研究结果也增强了研究的连贯性与延续性。
在WGCNA分析中，研究团队使用了软阈值重新运行，以最大限度提高聚类效果。最终网络生成的模块中，黑色模块与ASVs和血浆代谢物的相关系数高，p值低，说明它们可能对观察到的ALS表型有利。模块与ALS病例功能状态（ALSFRS-R）的联系中，黑色模块最为显著，且呈负相关，即黑色模块成分水平越高，ALSFRS-R得分越低，疾病进展越快。对黑色模块的网络分析结果表明，脂质与ALS有关，通过黑色模块由各科的7个ASVs介导。黑色模块共36个代谢物中，有26个与ALSFRS-R得分下降明显相关。
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分别说了微生物组、代谢组，终于要说两组学之间的相关性了！
先别急！这种分析工具你熟悉吗？
O2PLS 是广泛使用的 PLS-DA 的衍生工具，它根据每个数据集内部的系统性方差来源，通过最大化数据集之间的协方差来分离组别。O2PLS 可识别跨数据集的系统趋势，如微生物组和代谢组。
在本研究结果中，联合变异的程度相当大，表明细菌的变异伴随着代谢物水平的变化。在高度相互关联的代谢物中，脂质通路占50%。
等等？我不是冲着多组学+孟德尔来的吗？正文五张图都说完了，我孟德尔呢？
这篇文章的孟德尔随机化结果在补充表里~这个综合套路还是很灵活的，以多组学或MR分析为主都可以，具体就看作者怎么安排，以及和审稿人之间怎么沟通。
审稿人太难缠了
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总之，黑色模块不仅与ALSFRS-R功能状态相关性最大，而且在孟德尔随机化确定的 WGNCA 模块中，包含物种最多。受105个SNPs调节的所有11种重叠代谢物都是脂类。孟德尔随机分析表明，血液代谢物，尤其是与脂肪酸和酰基肉碱代谢相关的脂类代谢物，与ALS可能存在由基因决定的因果关系，值得进一步研究。
恭喜你看到这里！如果你的疾病不适合使用新颖的数据库（如处于发文蓝海的CHARLS/CHNS/CLHLS等）分析发文，不妨考虑下多组学+孟德尔这种套路，2024没结束，年发文量已经是2023年的3倍。
很多朋友可能自己生信分析存在不足，或者没有调研充分，导致对自己发10+缺乏信心。其实，你和10+之间的距离可能只差一个信息差。自己的研究和哪些期刊最对口？不同期刊投稿难易度如何？什么样的分析在具有高性价比的同时，还能让审稿人满意不再要求你补实验、补分析？所以，想再搏一搏高分SCI，在2024年末再进步一点点的朋友们——添加雪球老师后回复“个性化”吧！量身定制，全程陪跑，丝滑发表SCI~
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都看到这里了，点个星标再走吧！
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