{rempsyc}:极简代码画出符合SCI发表要求的多种图型!

学术   教育   2024-04-23 12:05   浙江  
之前介绍过使用R包{rempsyc}的函数来简化研究过程中制作论文表格的步骤为了简化制作论文表格的工作,他自己创建了一个函数!

今天继续介绍R包中非常新手友好的一些作图函数。

安装并载入R包:

# 安装与载入R包
install.packages("rempsyc")
library(rempsyc)
作图数据为R自带的iris数据集:

summary(iris)

R包中函数nice_scatter(),画出散点图:

nice_scatter(
  data = iris,
  predictor = "Sepal.Length", # 自变量
  response = "Petal.Width", # 因变量
  has.line =
FALSE, # 无拟合线条
  colours = "steelblue"
# 颜色修饰
)

一个简洁风格的散点图就画好了, 无需使用太多代码

如果想同时画出拟合直线,代码更加简单:

nice_scatter(
  data = iris,
  predictor = "Sepal.Length", # 自变量
  response = "Petal.Width" # 因变量
  )

如果存在多个组,也可以:

nice_scatter(
  data = iris,
  predictor = "Sepal.Length", # 自变量
  response = "Petal.Width", # 因变量
  group = "Species",
# 多组别
  has.shape =
TRUE, # 点的类型
  has.line =
TRUE, # 线的类型
  legend.title = "Species",
# legend题目
  has.confband =
TRUE# 显示置信区间
)

更严谨一点,加上相关系数和p值:

nice_scatter(
  data = iris,
  predictor = "Sepal.Length"
  response = "Petal.Width"
  has.confband =
TRUE
  has.r =
TRUE, # 展示相关系数
  has.p =
TRUE # 展示p值
)

使用另一个函数nice_violin()来画小提琴图:

nice_violin(
  data = iris,
  response = "Sepal.Length",
  group = "Species",
  comp1 = "setosa",
  comp2 = "virginica"
)

上述代码中的comp1comp2,即指定想要比较的两个组别,自动展示*,**⁠,或者⁠***⁠

对小提琴图进行一些修饰,并且想手动填写统计显著性:

nice_violin(
  data = iris,
  response = "Sepal.Length",
  group = "Species",
  ytitle = "Length of Sepal",
  xtitle = "Species of Iris",
  colours = c("darkseagreen", "gold", "purple"),
  ymin = 4, # y范围
  ymax = 11,
  yby = 2,  # y轴刻度
  signif_annotation = c("*", "NS", "***"), # 手动填入统计显著性
  signif_yposition = c(8, 9, 10), # 统计结果的位置
  signif_xmin = c(1, 2, 1),
  signif_xmax = c(2, 3, 3),
  CIcap.width = 0.1, # 置信区间宽度
  alpha = 0.5, # 透明度
  border.colour = "black"
)

如果想查看数据分布情况,画一个密度图:

nice_density(
  data = iris,
  variable = "Sepal.Length",
  group = "Species",
  title = ""
)

也可以画直方图:

nice_density(
  data = iris,
  variable = "Sepal.Length",
  group = "Species",
  groups.labels = c("(a)", "(b)","(c)"),
  title = "",
  histogram =
TRUE,
  bins = 30
)

在检验数据正态性时,可以画个Q-Q图(Quantile-Quantile Plot):

nice_qq(
  data = iris,
  variable = "Sepal.Length"
)

不仅仅是轻松画出Q-Q图,{rempsyc}还贴心提供了专门的函数nice_normality()给大家:

nice_normality(
  data = iris,
  variable = "Sepal.Length",
  groups.labels = ""
)

最后,假设需要观察多个组别的数据正态性,也很容易:

nice_normality(
  data = iris,
  variable = "Sepal.Length",
  group = "Species",
# 多组别
  colours = c("orange", "#619CFF","#F8766D"),
  grid =
FALSE,
  shapiro =
TRUE
)

如果想深入了解这个R包可以查看下方参考文献哦~

好啦,今天的内容就到这里。如果有帮助,记得分享给需要的人


参考文献

[1]. Thériault, R. (2023). rempsyc: Convenience functions for psychology. Journal of Open Source Software, 8(87), 5466. https://doi.org/10.21105/joss.05466

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