这篇文章介绍一个生存分析中经常遇到的一个参数,名为Harrell' C指数(concordence index)[1],可用于模型的评估。小编还翻了一下这个指数的原始论文,发表于1982年,老古董级别的!题目和摘要如下:来源:文献[1]感兴趣的小伙伴可以深入阅读原文进行学习和研究,请查看参考文献部分。下一步,建立一个cox回归模型,并且查看模型概况,代码如下:
cox_model <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex, data = lung)
summary(cox_model)
其中的Concordance = 0.603就是C指数,并且上述的结果还展示了它的标准误(se = 0.025)。还有一个独立的函数,名为concordance(),它可以帮助我们更好的理解C指数,比如它到底是如何计算出来的,代码如下:但是结果的底部多出了一行数值,而这些数值可以用于“手动”计算出C指数。其中的C对应结果中的concordant; d对应discordant; tx对应tied.x。
(11910+311/2)/(11910+7793+311)
此外,这个函数还可以计算多个模型的C指数,将会非常实用,代码如下:
mydata <- na.omit(lung)
model1 <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex, data = mydata)
model2 <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data = mydata)
model3 <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + meal.cal, data = mydata)
concordance(model1, model2, model3)
好啦,今天的内容就到这里。如果有帮助,记得分享给需要的人!1. Evaluating the Yield of Medical Tests
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