Groupy程序:分子模拟和性能计算开源工具

学术   2024-12-19 09:01   中国台湾  
https://doi.org/10.1002/jcc.27527

本文介绍了一个名为 Groupy 的开源、多功能且灵活的代码,用于计算各种分子性质并为分子模拟软件(如 Gaussian)准备输入文件。该代码仅需 SMILES 字符串作为输入,即可输出多种格式的许多有用的新数据和文件。输出信息清晰易读。使用时,给用户的提示非常详细且易于遵循。当计算大量分子的性质时,支持消息传递接口(MPI)并行化以减少计算时间。Groupy 不仅支持使用传统的基团贡献法计算分子性质,还可以直接输出用于机器学习的基团贡献式分子指纹。该代码具有强大的可扩展性,可以用作构建其他程序的外部库。我们希望 Groupy 能为计算化学家和实验化学家在日常研究中带来极大的便利。Groupy 的代码可以从 https://github.com/47-5/Groupy 免费获取。

Groupy安装:

#Download the source code:

git clone https://github.com/47-5/Groupy.git

#One may create an environment using Anaconda:

conda create -n groupy_env python=3.10

conda activate groupy_env

#Install:

pip install .\Groupy\dist\groupy-3.0.0.tar.gz

conda install -c conda-forge openbabel (Do not use pip install openbabel )

Groupy框架:

Groupy仓库:

https://github.com/47-5/Groupy

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