NepTrainKit 是一个专注于NEP训练数据集的操作与可视化的工具包,主要用于简化和优化 NEP训练集的制作,提供直观的图形界面和分析工具,帮助用户更高效地制作势函数。
2 演示例子:
2.1 数据导入
在本部分,我们仅使用 nep.txt
和 train.xyz
两个文件。你可以将任何文件直接拖入软件窗口进行加载。加载后的界面如下所示,红星标记表示右侧结构在训练集中的位置。
2.2 轨迹播放
接下来,我们介绍轨迹播放功能。在结构索引输入框的右侧,有一个播放按钮。点击后,系统将逐帧播放轨迹,这是一个预览功能。
2.3 数据集编辑
接下来,我们将演示如何编辑和筛选训练集。
2.3.1 最大误差选点
首先,根据能量的最大误差选取前10个点并删除。
2.3.2 最远点取样稀疏
本训练集包含约200个结构。我们设置最小距离为0.01,最多保留100个结构。
2.3.3 手动选择
接下来演示如何手动选择和取消选择结构。
2.3.4 Config_type 选择
接下来,我们演示如何使用 Config_type
进行选择。
该工具通常与上述三个功能联合使用,以便更精确地筛选结构。下面展示如何将 Config_type
与最远点取样结合使用。基于最远点取样稀疏,我们保留了 AIMD 结构。
2. 4 导出数据集
最后,在删除选定结构后,我们可以导出筛选后的数据集。