根据2024年国家自然科学基金项目指南，国家杰出青年科学基金项目实施了多项改革，其中包括：开展结题分级评价及延续资助工作，评价结果反馈给依托单位，作为科研表现参考；对不超过20%的优秀项目提供第二个五年的滚动支持，资助强度翻倍至800万元/项，以建立对顶尖人才的长期资助机制；将女性申请者的年龄上限放宽至48周岁；推进临床医师科研评价体系改革，增设“临床科学”选项，并组织专项评审；新增医学科学部专用申请书模板；扩大对港澳地区依托单位的支持范围，采用统一评审标准择优资助。
在2024年4月16日举行的首次结题分级评价及延续资助评审会上，41个项目因取得显著进展获得了延续资助，而9个项目则被评为执行情况“差”。近期，多家依托单位已公布了获得延续资助的申请人名单。
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