欢迎来到锦鲤许愿池！表扬一下身在假期心系生信科研的各位朋友们~diy数据库礼包都领到了吗？虽然说公开数据不会过期、可以反复挖掘，但是随着时间流逝，同一个疾病挖掘同一个数据库的文献越多，越容易出现创新性不足，无法顺利上分的情况。如何稳定上分呢？有种还处在蓝海的方法，可要把握住！我们就从成果发表在Briefings in Bioinformatics上的在线工具ICBcomb讲起吧~
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01
期刊简介
Briefings in Bioinformatics是一本国人友好的生信领域期刊，中科院最新分区中，将它归为生物学2区Top，最新影响因子为6.8。该期刊为当代遗传学、分子和系统生物学的数据库和分析工具的用户发表评论，自引率和年文章数在2021-2023年间爬升后，在2023-2024年度得到控制，分别为7.4%和507篇，体现出较好的质控意识。因此，有类似搭建数据库和分析工具目标的朋友们，可以考虑投稿。
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02
ICBcomb搭建意义
ICBcomb网址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ICBcomb/)
24年1月，华中科技大学郭安源教授团队首次搭建了免疫检查点阻断联合治疗基因表达库。免疫检查点阻断（ICB）疗法的低应答率，限制了免疫疗法在癌症治疗中的应用。应运而生的ICB联合疗法，其基因表达谱和模式尚未被全面研究，导致对ICB联合治疗的理解和新药的鉴定存在限制。
而ICBcomb作为一个综合数据库，能够为ICB联合疗法研究提供全面的表达资源和功能分析。一个重要亮点是，全部从公共数据中下载、挖掘、分析，没有额外的测序预算！
全部利用公共数据+搭建数据库的先驱性
省钱省心的发高分方法
也是手慢无的蓝海！
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03
ICBcomb数据来源
“我们通过搜索关键词 “ICB/免疫检查点抑制剂（ICI）联合疗法 ”或 “PD-1/PD-L1/CTLA-4/抗PD-1/抗PD-L1/抗CTLA-4/联合疗法 ”或 “联合免疫疗法”，从NCBI GEO、NCBI SRA和ArrayExpress收集了与ICB联合疗法相关的表达数据。对于 ICBcomb，所收集的数据集（补充表 S1）必须涵盖至少一种与 ICB 疗法联用的非 ICB 药物（协同药物），并提供以下五组中至少一组的批量 RNA-seq 数据：ICB 药物组与对照组；增效药物组与对照组；联合组与对照组；联合组与 ICB 药物组和联合组与增效药物组。
我们下载了每个数据集的原始测序读数（如有）或其他可用格式（原始计数、TPM、FPKM 等）。此外，我们还从原始文章中收集了样本的实验信息，包括疾病类型、ICB 治疗和药物剂量。”
04
功能简介
从工作流程图中，我们也可以看出ICBcomb区分了五个功能模块，也即五种不同的数据查询方式。用户可分别通过免疫细胞、基因、基因集、数据集和疾病模块查询，同时每个模块都提供下载功能。文章以清晰的使用演示分模块介绍了使用方法，完全不用担心工具到手不会用的问题。
搭建门户网站所需的代码知识
确实是额外的学习成本
可以交给雪球团队！
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网站首页还列出了人鼠数据集的来源与比例，可以作为工作量参考。
恭喜你看到这里！又找到一个稳上分的生信发文方法，这个假期有没有更轻松呢？完全自学各项技能，会是一个琐碎而漫长的过程；来找雪球团队陪跑选刊、分析、搭建、投稿各项流程，就能大幅节省时间精力！如果你不确定自己的疾病方向适不适合搭建，也可以先来询问雪球老师，一次完全免费的咨询也有可能指明你未来的方向！总之，心动的话，一定不要忘记添加雪球老师后回复“个性化”开启发高分SCI的大门。
预祝大家中秋快乐！
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都看到这里了，点个星标再走吧！
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