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近日,麻省理工学院的研究人员在《化学信息与建模杂志》(2024 年发表,DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01420)上指出,化学数据库中两性离子化合物的酸解离常数记录存在不一致问题,这可能对药物设计和环境化学等领域产生重大影响。
研究发现,最大的生化数据存储库之一 ChEMBL 数据库中包含许多错误的 pKa 值。药物分子常形成两性离子,而 pKa 值对其在水中和其他介质中的溶解度以及穿透细胞膜的能力等重要性质有影响。德国亚琛工业大学的 Kai Leonhard 也认为,这些错误可能影响药物发现等领域。
科学家们在无法将 pKa 预测模型获得的值与国际纯粹与应用化学联合会先前编制的实验数据相协调时,意识到了问题。这些差异源于对描述 pKa 值时酸性和碱性术语含义的混淆。
为解决此问题,数据管理员可能需要重新检查已确定错误的许多化合物,并在未来使用更精确的标签和元数据。
研究意义在于提醒研究者应更加仔细地检查和整理任何化学性质的数据,因为其他物理化学性质数据中也可能普遍存在系
References
1 J Zheng et al, J. Chem. Inf. Model., 2024, DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01420IF: 5.6 Q1
2 OD Abarbanel and GR Hutchison, J. Chem. Theory Comput., 2022, 20, 6946 (DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00328IF: 5.7 Q1 )
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