根系构型| NEW PHYTOL:使用 RhizoVision Explorer 通过图像连接和统计方法汇总来自多个根部扫描数据

文摘   2024-11-13 07:02   德国  

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编译:贾蓉

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文章信息

原名:Divide and conquer: using RhizoVision Explorer to aggregate data from multiple root scans using image concatenation and statistical methods

期刊:New Phytologist

2023年影响因子:8.3

在线发表时间:2024.10.06

通讯作者:Larry M. York

第一单位:美国橡树岭国家实验室

文章内容

    根在农业和自然系统中非常重要,可以确定植物生产力和土壤碳输入。有时,样本中的根数量太多,无法放入一张扫描图像中,因此样本被分成几份扫描,而且没有标准的方法来汇总数据。

    作者描述并验证了两种标准化多扫描测量值的方法:图像连接和统计聚合。开发了一个 Python 脚本,可以识别哪些图像属于同一样本,并返回一张更大的连接图像。这些连接图像和原始图像使用免费的开源软件 RhizoVision Explorer 进行处理。作者开发了一个 R 脚本,可以识别属于同一样本的数据行,并应用正确的统计方法为每个样本返回一行数据。

    作者使用来自北部泥炭地和北极的柳枝稷、杨树和各种树木和杜鹃花科灌木物种的示例图像对这两种方法进行了比较。除了中值直径外,这两种方法的大多数根测量值几乎相同,中值直径无法通过统计聚合准确计算。




原文链接:

https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/nph.20151


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