北京天元中医药博物馆新版logo形态主体为圆形，取意圆满、团圆、圆润大美，中间部位由“天”字变形组合而成，上下分明代表了人与自然、天人合一的哲学理念，辅以渐变感象征着天元生生不息的生命力，契合主之。
“天元”出自《史记·历书》，“天”指天空，也指天道，亦指自然大道。中医把人看成是自然的一部分，主张人要顺应自然发展规律。“元”在《黄帝内经·素问》中有始、本原之意，《本草纲目》中写道：“元者，大也”。“天元”取意“天人合一、回归本原”，既体现了中医药学中道法自然、天人合一的养生理念和哲学思想，也体现了中医药学追求真理、回归本原、而又不断创新的不朽精神。
“放慢脚步，历史拉开帷幕”，这是一场穿越时空的对话。
习近平总书记曾说过：一个博物院就是一所大学校。要把凝结着中华民族传统文化的文物保护好、管理好，同时加强研究和利用，让历史说话，让文物说话，在传承祖先的成就和光荣、增强民族自尊和自信的同时，谨记历史的挫折和教训，以少走弯路、更好前进。
将私家珍藏变为全民共享，这是一种责任；
将学术理论变为全民认知，这是一种担当；
将中医药学变为世界瑰宝，这是一种荣耀。
愿中华医药长青，愿祖国和谐繁荣，愿人类文明进步。
——北京天元中医药博物馆
